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1940年暑假，听说欧洲方面战况稍有好转，陈寅恪再返香港等候赴英之机。想不到这次又出了差错，刚到香港不久，忽得中国驻英大使郭复初发来电报，谓因时局关系，赴英之事需延期一年。心灰意冷的陈寅恪欲再次孤身一人返回西南联大。恰在此时，日军为切断广西与越南之间的国际交通线，出兵攻占南宁，昆仑关陷落，滇越交通中断，致使陈寅恪无法回昆，而夫人唐筼除心脏病外又患子宫病。陈氏走投无路，一面写信请傅斯年“如本所及联大有迁地之消息，乞速示知”，一面做携家眷迁川之打算，并通过时在香港大学任中文系主任的许地山，在港大暂时谋得一客座教授职位，以换取微薄的薪金维持生计。
当陈寅恪在势如牢笼的港岛左冲右撞，总是突不出重围之时，1941年12月8日，震惊世界的珍珠港事件爆发了。此时已辞去中央研究院总干事、刚刚携妻带子乘船抵达李庄的傅斯年为陈寅恪一家的命运忧心忡忡，拖着病体连续拍发电报，请求中英庚款负责人杭立武等人设法营救。经过杭立武、朱家骅等人一番苦心孤诣的秘密筹划，陈寅恪于被困香港近半年后的1942年5月5日，终于突出重围，携家登船逃离坟墓般的孤岛，取道广州湾（即湛江）返内地，一路艰苦跋涉，于6月抵达桂林，落脚于中央研究院物理研究所。1938年初，长沙临时大学与中研院史语所、社会科学研究所等机构撤离长沙迁往昆明时，物理所、地质所、心理所等三个研究所也随之撤离。鉴于各方面原因，三个所抵达桂林后不再前行，在离桂林市40华里外的良丰镇郊外山脚下安营扎寨住了下来。多亏这个营寨的人员鼎力相助，陈寅恪一家于艰难跋涉中暂时有了一个歇脚之地。
按照陈寅恪长女陈流求的说法，“父亲原打算继续上路赴四川李庄历史语言研究所”，而史语所的同仁也翘首以待，渴盼着这位“三百年仅此一人”（傅斯年语）的史学大师到来，为抗战期间中国四大学术中心之一增添新的活力与砝码（另三处学术中心是重庆、昆明、成都）。遗憾的是，陈寅恪夫妇身体状况均不允许继续前行，使这一计划随着岁月的流逝而渐渐偏离了前行的轨道，终致大师的身影与李庄擦肩而过。
1942年8月1日，陈寅恪给傅斯年信中道出了自己不能继续前行的详情：“然二月之久，舟车劳顿，旅舍喧呼，俟到山中，稍获休息。岂知久劳之后，少息之余，忽觉疲倦不堪，旧病如心跳不眠之症，渐次复发。盖神经兴奋既已平静，大病又将到而尚未到矣，此时必须再长期休息，方可渐复健康。若短期内再旅行，重受舟车劳顿之苦（旅费亦将无所出，此姑不论），必到目的地，恐将一病不起矣！前上一书言，欲与中英庚款会商量，设一讲座于广西大学，即是此旨，想蒙谅解。”信中可见，身心俱疲的陈寅恪极想在桂林这个山清水秀的古城小憩一阵，等身体稍好一些之后再做他图。此前，陈寅恪已致信中英庚款负责人杭立武，商量设讲座事，已蒙同意。所聘薪金由中英庚款与广西大学合出，为两家合聘之局，每周开课三小时。虽“月薪则不多”，但虑及“半年或数月之内，弟个人及全家皆不能旅行，又不可无收入以维持日食，授课之时既少，可整理年来在港大讲授旧稿，藉此暂为休息过渡之计，作渐次内迁之准备”。
雾都遥念陈寅恪（2）
陈寅恪对自己面临的窘境和日后的打算说得极为清楚，只是在此信尚未发出时，重庆方面的中央研究院新上任的总干事叶企孙，已命人于前一日将聘书匆匆发往桂林，请陈寅恪出任“中央研究院历史语言研究所专任研究员”。而这一切，正在李庄主持工作的史语所所长傅斯年却蒙在鼓里。当得知叶企孙竟瞒着锅台上了炕，置自己这位史语所掌门人于不顾，擅自聘陈寅恪为“专职”后，傅斯年怒火顿起，立即以笔当炮向叶企孙讨伐起来。
陈寅恪与叶企孙在北平清华园时期就来往密切，堪称挚友。卢沟桥事变前后，叶与陈曾就战争局势与南迁之事多有商谈，可谓患难与共，直到迁往长沙、昆明仍保持深厚的交情。当陈氏携家由港抵达桂林的消息报到中央研究院总办事处时，叶企孙遥望东南，以极大的热情和爱心关注着这位史学大师的命运。未等陈寅恪伏笔作书报告详情经过，叶以上海人特有的细腻与精明，开始为陈氏一家未来的生活打起了算盘。1942年6月9日，叶致书傅斯年，大意说：陈寅恪已到桂林，史语所是否有聘其为专任研究员的打算？月薪多少？又说：“薪似可从一月份支起，但从六月起实付寅恪，以首五月薪抵销旅费之一部分。以寅恪夫妇之身体论，住昆明及李庄均非所宜，最好办法，似为请彼专任所职，而允其在桂林工作，不知尊意如何？”
傅斯年接信看罢，表示不能同意，因为专职与兼职有根本区别。在复叶企孙的信中，傅说：“陈寅恪来史语所任专职，则是傅氏本人及全所同人渴望日久之事，但由于中央研究院和本所有严格的制度和服务规程，故陈寅恪不能常住在桂林而遥领本所专任研究员之薪水，必须来李庄住在史语所租赁的房中办公，才可以拿专任之薪。如果陈果能来李庄，其薪金自应为六百元又临时加薪四十元。否则，不能为之。”
傅斯年进一步解释说：“弟平日办此所事，于人情之可以通融者无不竭力，如梁思永兄此次生病，弄得医务室完全破产。寅恪兄自港返，弟主张本院应竭力努力，弟固以为应该，然于章制之有限制者，则丝毫不通融。盖凡事一有例外，即有援例者也。”此信写罢，傅斯年似觉仍有话没有解释清楚，又在信笺上端一空白处特地注明寅恪何以历来称为“专任研究员暂支兼任薪”之故云云。
叶企孙接信后，觉得傅斯年所言有理，于6月30日回信说：“关于寅恪事，尊见甚是，请兄电彼征询其意见，倘彼决定在李庄工作，清华方面谅可容许其续假也。寅恪身体太弱，李庄昆明两地中究以何处为宜，应由彼自定。”傅斯年接信，没有按叶企孙所言去做，理由是：“以前此已两函与之商榷此事，而电文又不能明也。然寅恪来信，未提及弟信，来信嘱弟托杭立武兄设法在广西大学为彼设一讲座云云”，索性把叶信扔到一边不再搭理。
可能是对陈寅恪的处境关照心切，叶企孙对此种变局却视而不见，热情不减，坚持聘陈寅恪为史语所专职研究员。按他的想法，既然在李庄的傅斯年不再理会，那就自己以总干事的名义做主直接颁发聘书寄往桂林。7月下旬，中央研究院总办事处办事员刘次箫在致傅斯年的信中附一消息说：“叶先生函商院长聘陈寅恪先生为专任研究员，月薪六百元外加薪四十元，院长已批准照办。俟叶先生将起薪月日函复核，聘书即当寄贵所转寄桂林也。”
雾都遥念陈寅恪（3）
傅斯年看罢此信，如同冷水泼头，当场把信摔在地下，大喊一声“他凭什么！”跳将起来。傅斯年此前已说得非常明确，陈寅恪如任史语所专职，就必须来李庄，但陈氏尚未表态，自己亦未强行令其来川，两边当事者皆静观其变，以待形势的发展。作为一个远在重庆的中研院“闲曹”……院长手下的总干事，每天要处理的事务如此之多、之杂、之紧急，何以迫不及待地跳将出来，踏着鼻子上脸，旁若无人地发号施令？如此不把自己这位号称“黄河流域第一才子”、“学界大鳄”放在眼里，①这不是故意找事吗？尽管自己大病在身，但还没有行将就木，或者真的像孔祥熙之流期盼的那样“快不行了”（按：傅在重庆住院治病时，与之不睦的孔祥熙放风，说傅“快不行了”，傅大为恼怒），说不定哪一天会百病俱痊，返老还童，再度窜出深山老林，笑傲江湖，号令中研院各诸侯以威天下。如今，叶企孙竟公然蔑视自己这只卧虎的存在，岂不是欺人太甚？想到此处，傅斯年满怀悲愤之情，提起如椽大笔，于8月6日向叶企孙发出了一通连珠炮式的“声明”：
一、弟绝不承认领专任薪者可在所外工作。在寅恪未表示到李庄之前，遽发聘书，而6月份薪起，即由寅恪自用，无异许其在桂林住而领专任薪。此与兄复弟之信大相背谬。
二、自杏佛、在君以来，总干事未曾略过所长直接处理一所之事。所长不好，尽可免之；其意见不对，理当驳之。若商量不同意，最后自当以总干事之意见为正，但不可跳过直接处理。在寅恪未表示到李庄之前，固不应发专任聘书，即发亦不应直接寄去（以未得弟同意也），此乃违反本院十余年来一个良好Tradition之举也。
三、为弥补寅恪旅费，为寅恪之著作给奖（或日后有之，彼云即有著作寄来），院方无法报销，以专任薪为名，弟可承认。在此以外，即为住桂林领专任薪，弟不能承认。
此事幸寅恪为明白之人，否则无异使人为“作梗之人”。尊处如此办法，恐所长甚难做矣。弟近日深感力有不逮，为思永病费，已受同人责言。今如再添一个破坏组织通则第十条之例，援例者起，何以应付。此弟至感惶恐者也。
如此言词激烈的檄文作完后，傅斯年仍觉尚有千头万绪的言语没有尽情说出，继续挥动大笔，以家长对孩子、老师对学生、长辈对晚生的口气教训：
即令弟同意此事，手续上亦须先经过本所所务会议通过，本所提请总处核办。总处照章则办理。亦一长手续也。又及与此事有关院章各条文：组织通则第十条“专任研究员及专任副研究员应常川在研究所从事研究。”第二条“本院各处所及事务人员之服务均须遵守本通则之规定”。此外，间接有关者尚多，故领专任研究员薪而在所外工作，大悖院章也。
傅斯年将一连串的“炮弹”淋漓尽致地倾泄而出，愤懑之情渐渐缓解，突然觉得应该以最快的速度打消陈寅恪就聘的念头，否则将出现不必要的麻烦。他拟了“总处所发聘书，乃假定兄到李庄者”的电文，请那廉君连同信件一同发了出去。
8月14日，傅斯年的激愤心情已趋平和，经过理智思考，怕陈寅恪接到电报后产生误会，“此固以寅恪就广西大学之聘已解决，然或有得罪寅恪太太之可能”。于是又即刻修书一封，先是促其尽速迁川，“瞻念前途，广西似非我兄久居之地”，“若不早作决意，则将来更困难矣”，然后对自己不满叶企孙发聘书之事，又向陈寅恪作了解释：“此事在生人，或可以为系弟作梗。盖兄以本院薪住桂，原甚便也。但兄向为重视法规之人，企孙所提办法在本所之办不通，兄知之必详。本所诸君子皆自命为大贤，一有例外，即为常例矣。如思永大病一事，医费甚多，弟初亦料不到，舆论之不谓弟然也。此事兄必洞达此中情况。今此事以兄就广西大学之聘而过去，然此事原委就不可不说也。”
陈寅恪接信后，于8月30日复信道：“弟尚未得尊电之前，已接到总办事处寄来专任研究员聘书，即于两小时内冒暑下山，将其寄回。当时不知何故，亦不知叶企孙兄有此提议。（此事今日得尊函始知也，企孙只有一书致弟，言到重庆晤谈而已。）弟当时之意，虽欲暂留桂，而不愿在桂遥领专任之职。院章有专任驻所之规定，弟所夙知，岂有故违之理？今日我辈尚不守法，何人更肯守法耶？此点正与兄同意也……以大局趋势、个人兴趣言之，迟早必须入蜀，惟恐在半年以后也。总之，平生学道，垂死无闻，而周妻何肉，世累尤重，致负并世亲朋之厚意，唏已。”
陈氏不愧是傅斯年的莫逆之交，他已从傅信中解读出“本所诸君子皆自命为大贤”的个中况味，为了不致引起诸位“大贤”的误会，陈寅恪特以这种一切尽在不言中的方式，不动声色地为傅斯年解困。陈氏出身家业兴旺的名门望族，没有破落大户傅斯年那种自喻为“吾少也贱”的人生背景。有人云：“陈寅恪只是一位两耳不闻窗外事的书呆子式大师尔！”但通过他此次洁身自律，对世事的洞达明晰，以及为傅斯年巧妙解脱同仁可能产生误会所献的移花接木之术，可见此言大谬矣！
重返清华（1）
重返清华
陈寅恪这边已得到安抚，重庆方面的叶企孙迫于压力，亦来信向傅斯年作了道歉式解释，其理由大致是：梅贻琦在得知陈寅恪抵达桂林后，欲出川资招回这位史学大师继续服务于联大，以保存清华实力。叶企孙得知这一消息