陈寅恪这边已得到安抚，重庆方面的叶企孙迫于压力，亦来信向傅斯年作了道歉式解释，其理由大致是：梅贻琦在得知陈寅恪抵达桂林后，欲出川资招回这位史学大师继续服务于联大，以保存清华实力。叶企孙得知这一消息，既为中央研究院总干事，自然要为中研院的兴亡出谋划策，为抢在清华之前抓住陈寅恪，才与朱家骅紧急协商，在得到朱的同意后，顾不得繁杂的典章制度，于匆忙中直接从重庆向陈寅恪发出了聘书。想不到此举引起了傅斯年一番暴怒。
叶的动机已经明了，傅斯年的“暴怒”之火却未完全消解，他对叶的所作所为表示“盛意可感”之后，没有就此打住，而是在复信中不厌其烦地大谈清华、北大与中研院发聘书的不同，谓“此次清华发聘，系继续旧办法；本院发聘，是更改旧办法”。言外之意是中研院的办法要比清华先进和高明得多，你作为中研院的总干事何以不明二者之高下？又谓“若当时兄嘱毅侯兄去信时，末了写上一笔'盼大驾早来李庄，为荷'，弟亦不至着急矣”。言语中似乎仍是不依不饶。最后，傅斯年表示“为国家保存此一读书种子”，还是要聘请陈寅恪就任史语所职，并以长者对待孙子的架势，指令叶企孙再给陈寅恪发一聘书，并在信中亲自列出了聘书的文字格式：
专任研究员暂适用兼任研究员之待遇
月薪一百元外暂加薪四十元
注：此为十年相沿之公式（最初“为适用特约待遇”）。有换文，两方轮转，后来不转了。如改此式，恐须先在本所所务会议中一谈，弟觉此式似可不必改也。
叶企孙接到傅斯年的指令，甚感不快，回想自己在清华的地位与势力，曾几度出任代理校长，掌管清华一切事务，就连德高望重的梅贻琦也让着七分。而今自己身为中央研究院一人之下的总干事，居然连发个兼职人员聘书这种小事也要由一个小小的所长亲自授命，真是莫大的耻辱。想到此处，叶企孙愤怒地当着总办事处工作人员的面大声说道：“傅斯年此人太过于high…handed（霸道）了！”②遂把傅信弃之一边不再理会。尽管傅斯年“气魄大，要钱、花钱，都有本领”，在别人看来“历来的总干事，都敬重他而又多怕他”（董作宾语），但叶企孙却不吃这一套，敬傅而不惧傅，心中有自己的主张。见傅斯年来势凶猛，大有不依不饶之势，于心灰意冷中理智地采取了敌进我退、惹不起躲得起的战略战术，萌生了挂起乌纱帽一走了之的打算。尽管在傅斯年的遥控、施压下，叶企孙最终还是给陈寅恪寄发了“兼任”的聘书，但从此不再过问此事，至于陈寅恪是走是留，是死是活，一切都与他无关了。
1943年1月16日，借梅贻琦赴重庆办理公务之机，与叶企孙进行了密谈，二人商定叶可于夏秋离渝返昆，重操旧业。当天的梅氏日记有“午饭后与企孙久谈”，“特种研究所将来并入各系。企孙明秋可返校”之语（按：“明秋”是指阴历）。8月，叶企孙不顾朱家骅再三挽留，坚决辞去中央研究院总干事职，返昆任教。辞职的公开理由是，“觉得长期脱离教书，不合适”，“当初离开昆明时，是向联大请的假，按当时规定不能超过两年”云云。但据叶的家人（侄女）说，其叔父在中研院的同事曾向她透露，最主要的一个原因则是“跟傅斯年合不来”。叶在中研院的助手、后为清华物理系教授的何成钧证实了这一说法，并谓：“叶企孙有东南大学（后并为中央大学）、清华大学与美国学术机构的学术与人脉背景，当时的中央研究院十几个研究所，人员大多都是这个系统的。叶人缘好，处事公道，很得这些所长与研究人员的欢心。而傅斯年是北大与欧洲系统的人物，这个系统在中研院的人数并不多，傅之所以能在此立脚，还有些作为，就是靠他性格中具有的山东响马与水泊梁山好汉们那股敢打硬冲的狠劲。但他那一套不是很受人欢迎，叶先生就曾亲自跟我讲过傅斯年太过于high…handed（霸道），不能跟他共事等话。据说傅斯年到了台湾也还是很high…handed，这是他本人性格决定的，是没办法改变的事。”③
重返清华（2）
叶企孙于1943年秋辞去中央研究院总干事之职，回到西南联大，继续担任清华大学“特种研究事业”委员会主席。中研院总干事一职，由留法博士、生物物理学家李书华继任。1945年，李辞职，朱家骅聘请物理学家萨本栋出任总干事兼物理研究所所长。
1945年8月，西南联大理学院院长吴有训调任重庆中央大学校长，叶企孙继任其职。抗战胜利后，西南联大常委梅贻琦因频繁往来于重庆、南京、北平之间办理学校复员事宜，叶企孙被国民政府教育部指定代理清华大学校长、联大常委并主持联大校务。在此期间，西南联大分到了两个公费留学生名额，叶企孙力荐年少聪敏的物理学天才李政道。许多年后，荣获诺贝尔物理学奖的李政道颇为感激地说道：“叶师破格地推荐当时只是大学二年级学生的我去美国作博士生……所以没有叶师和吴大猷教授，就没有我后来的科学成就。叶师不仅是我的启蒙老师，而且是影响我一生科学成就的恩师。”
1946年秋，清华大学复员回到北平，重新在美丽的清华园复课。叶企孙担任校务委员兼理学院院长，再度成为梅贻琦之下清华园响当当的二号实力派人物。1948年底，在解放军围城之际，梅贻琦仓皇南飞，清华大学很快被解放军接管，校务暂由文学院院长冯友兰署理。梅贻琦在南飞之前，曾与叶有过相商，据叶企孙在“交待材料”中披露：“清华复员以后，吾曾一度向梅贻琦说：倘有短期出国研究物理学或1949年10月，陈毅参观清华大学与教授们在大图书馆铜门前合影留念。前排左起：叶企孙、张奚若、陈毅、吴晗；后排左起：潘光旦、张子高、周培源
科学史的机会，吾可以考虑。后来，美国某基金会（我记不清那一个了）来信，说已给我一个研究科学史的学侣补助金（fellowshipstipend），研究地点在麻省理工大学或哈佛大学。吾收到这封信时，人民解放军已接近北京郊区。吾愿意留在清华，等候解放。我没有答复基金会来信，也没有去领款。”当叶企孙决定放弃这个机会时，梅贻琦仍想拉叶离开北平，并有了与叶一同到福建省利用海外一批基金重新建立清华大学基地的打算。但叶在硝烟炮火中经过一番摇摆、观望，最后“自信作孽无多，共产党也需要教书匠”，便决定既不出国也不南飞，坚持留下来迎接对他来说并不了解的新政权。后来由于国民党政权在大陆迅速土崩瓦解，梅贻琦南飞后在福建重建清华的梦想随之破灭。
1950年3月，根据新中国中央人民政府指令，清华大学校务委员会改组，冯友兰被踢出圈外，由叶企孙出任主任委员（校长），主持全校工作，成为清华大学当之无愧的一号人物。据与叶共事几十年的一位清华老教授说：就叶的性格和思想言，属于敦厚学者型人物，性温口讷，“似不能言者”，且有牢固的自由、独立思想，原不适于寄身“仕”位。虽曾几次代理校务，但那只是他很少有人与之匹敌的声名与学术地位使然，而且多属维持和留守性质，真正长期搞行政工作，既不是他的特长，也不是他的愿望。至于政治，更是他一向唯恐避之不及的。当年在重庆任中研院总干事时，身为国民党中央组织部长的朱家骅不止一次拉他入国民党，都为其所拒，因而叶的一生一直是个无党派人士。不仅如此，他独善其身，终身不娶，视学生为儿女，度过了悲欣交集的一生。（按：据清华大学物理系教授虞昊说，叶之所以不娶，是由于暗恋着一直孀居的寡嫂之故。）
尽管叶性温口讷，但骨子里流淌的却是自由知识分子的血性，面对强权与一群随着政治风潮上下左右地扑腾的见风转舵者，他毫不客气地给予批评与嘲讽。1949年1月19日，中共北平军管会文化接管委员会代表钱俊瑞、张宗麟，在零星的枪炮声中率部赴清华园正式接管这所大学。对于这一历史性场面，叶企孙浮想联翩，曾对他的一位知近友生说：“国民党在1927年，也有一些如张道藩那样的人，和今天的钱俊瑞这些人一样，朝气蓬勃，也像年青有为的样子，但后来变坏了……”叶所说的“变坏”，是一种隐喻，暗含了对未来政治制度及其附庸者的担忧。也就在这一年，清华一些学生被迫作自我检查，以消除家庭对自己的影响。叶企孙对此颇为不满，说道：“共产党的自我检查，很有点像基督教、天主教的忏悔，如果让清华的教授也这样做，可能有好些人会自杀。”叶的言论，不幸在几年后竟成谶语。
当江山易主、政权更替后，政治就更不是叶企孙这位“不谙新事理、新逻辑”的人所能玩得了的了，他被人稀里糊涂地扶上墙，不知道看风视水、左右逢源之术，悲剧性的命运也由此开始。随着1951年秋展开的“思想改造”运动与“胡适思想批判”运动，作为清华大学一把手的叶企孙，表现令当局“大为失望”。到了这个时候，他不但不按当局的意图改造自己的思想和大骂胡适、傅斯年等“反动文人”，却还在不知趣地倡导“高校教学与科研要自由、民主”等与时兴的“阶级斗争”、“集体主义”等政治口号相对立的思想。同时他还更加不知轻重地提倡“凡事都要独立思考”一番，并谓对学术如此，对政治问题也是如此等等。对当时爆发的朝鲜战争，叶认为这是“美国的一种战略考虑，是针对苏联极权主义阴谋”的战争，并且断言“战争永不会消除，帝国主义消灭后，共产党内部又要打了，南斯拉夫就是一例”。又说：“共产党的报纸太刻薄，如'美国娼妓'等这些用词是不应该写的。”与此同时，他针对正在积极向中共靠拢的冯友兰发表的《美国法西斯化》一文提出批评，谓“写得太过分了”云云。
重返清华（3）
叶企孙的言论和表现终于激怒了当局，上级“组织部门”开始发动清华师生对其展开“狂风暴雨式的批评”。叶一看势头不对，略有省悟，被迫在大会上作“深刻检讨”。此时，已在思想运动和“精神洗澡”中获得“新生”的清华“进步”师生们，以“深厚的无产阶级感情”，纷纷指责叶是“以资产阶级观点办清华，是继承梅贻琦的传统和遗毒”，没有几个回合，叶企孙像一只过街老鼠，在一片喊打声中被赶下台来。
此刻，由于学习苏联的教育模式，教育部决定对全国高校进行大规模调整，同时由教育部聘请的苏联专家陆续到校当起了“太上校长”。1952年6月27日，“京津高等学校院系调整清华大学筹备委员会”成立，当局决定刘仙洲任主任委员，钱伟长、陈士骅任副主任委员。原出身机械科的清华工学院教授刘仙洲荣登大位后，立即勒令叶企孙“应向教育部自请处分”。已经倒台的叶企孙在三番五次检讨之后，最后由“组织”出面作了结论性的调子：“他现在已在清华失去了威信。故拟不再采取群众大会方式对之进行批评，打算找一些人帮助他一下，如没有什么变化，就拖着尾巴过关，以后再耐心地在长期中给以教育……”这个结论，实际上是一个暗含杀机的隐语，即以后再慢慢收拾他。自此，叶企孙踏上了一条危机四伏、命悬一线的夜行之旅。
1952年10月，院校调整基本完成。根据教育部指令，天津南开大学由私立改为国立，隶属教育部直属院校。由美帝国主义归还庚款起家的清华大学，自然属于重点调整与“清算”的对象。为减少美帝国主义在清华留下的印痕与毒素，其属下文学院、法学院、理学院等三个学院全部从清华革掉，并入北大，清华得到的只是北大一个小小的工学院。在这场调整中，清华被从整体上肢解和“清算”，元气大伤，只作为一个工科大学孤独地存活下来。而作为“五四运动”发源地的北大，则成为最大的受益者，不仅兼并了清华的三个学院，还兼并了中法大学与中国大学的一部分，同时还接收了赫赫有名的燕京大学的校产与全部教职员工和学生。北京大学陆续撤出京城中心以沙滩红楼为主要根据地的三院，尽数迁到城郊海淀镇原燕京大学校园内开课，清华、北大始成为间隔一块开阔地的近邻。20世纪80年代末，一位国际知名的华裔学者，因慕蔡元培、陈独秀、傅斯年等前辈的大名，曾专门前往坐落在海淀镇的北京大学凭吊“五四摇篮”，一时传为笑谈。④另外，据说燕京大学被停办肢解后，校园本来准备给1950年10月3日以华北大学为基础合并组建的中国人民大学，但是人大的当权者�