还是由于谍报的错误，次日到达阿克城下时，法军发现阿克城墙十分坚固，并有250门火炮严阵以待，迎接从海上或陆上来犯的敌人。尽管守军只有5；000人，但是法军缺乏海上的支援和攻城的重炮，而且驻守城堡的杰扎尔，这个波西尼亚奴隶出身的军人虽然已经有70 多岁了，却是个十分难以对付的、无所畏惧的老头。此外，两天前赶来的西德尼·史密斯部队更增加了守军的炮火威力并截断了拿破仑从亚历山大运往海法港的辎重后援。事实上，史密斯为守军提供了上千训练有素的炮手和数十门火炮。同时，拿破仑在布里埃纳军校的同学，现在是史密斯舰队的一名军官的菲利波，也帮助土耳其人和法国人为敌。由佩雷少将从达米塔运来的大炮还需要数周甚至一个月才能到达，太晚了，也太少了。更糟的是，史密斯护送奥斯曼帝国的运兵船前来增援杰扎尔，使法军的兵力更加处于优势。如果拿破仑如同原来计划的那样提前10天赶来，赶在史密斯的前面，而不在阿里什耽搁的话，攻占阿克可能要容易得多。而目前攻占阿克的形势不容乐观。尽管如此，拿破仑率领着4个师团开始了一场用挖地道的方法对城堡展开中世纪式的围城战。
第十一章 通往大马士革之路（2）
拿破仑担心在阿克城外遭到从大马士革向阿克逼近的土耳其军队的钳制，他于3月30日派他最信任的副官朱诺带领着500人去内陆侦察。4月10日，他们遭到了人数大大超过他们的数千敌人的包围，好在克莱贝尔率领的1；500人的小分队及时赶到将阿拉伯人击退。4月15日，缪拉率领的骑兵纵队越过约旦河，有效地拦截了大马士革的援兵。但是，法军的谍报和时间表再一次发生错误。由大马士革出发的约25；000人的骑兵和10；000人的步兵越过白雪覆盖的塔博山，出其不意地来到了克莱贝尔军队的面前——无论人数、弹药还是装备都远不及对方的克莱贝尔军一时束手无策。此时，拿破仑亲自率领着步兵师团翻过多石的山丘前来为克莱贝尔解围。虽然土耳其的兵力仍然是法军的9倍，但拿破仑出其不意的炮火将人数众多却纪律涣散的阿拉伯骑兵打得一败涂地，向大马士革的方向落荒而逃。这就是1799年4月16日的塔博战役，该战役成功地击退了大马士革的援兵，并且使法军能够集中兵力围攻阿克城。拿破仑的出击拯救了数千法军，不仅扭转了可能使法军陷入钳制包围的不利局面，反而对阿克城形成了钳制的态势。
但是，阿克城久攻不下，形势逐渐恶化。加之，卡弗雷里将军因手臂中弹在简陋的条件下截肢后于4月18日去世的消息使拿破仑深受刺激——他不仅失去了一位无人能够替代的军事工程师，而且还失去了一位在军中难得的他真正喜欢、尊敬和信赖的军人。而且，蒙日到达阿克不久就患上了疟疾，生命垂危，有几次险些死去。拿破仑常常数小时地守在昏迷不醒的蒙日的病床旁，不时地给他盖好毛毯。直到4月底，这位不屈的几何学者才得以死里逃生。
除了这个令人宽慰的消息外，没有任何可以让这位法军司令官高兴的消息了。4月15日，运炮的船终于到达雅法港，并于4月底运到了阿克城下，使拿破仑得以向杰扎尔的城堡发起猛攻。从5月1日到10日，攻城持续了10天，虽然一座塔楼被部分摧毁，形成了一个临时的突破口，但由于瘟疫的流行和大量的伤亡，法军拒绝踏着自己同伴腐烂的尸体攻城。在最后的进攻中，拉纳受了重伤，5月20日，邦将军和拿破仑的副官克鲁塞阵亡。
由于高级将领死的死、伤的伤，德热内特率领着由2；300伤病员组成的弹药和军需都十分匮乏的军队，对付由于受到来自罗得岛的援军和史密斯舰队火炮增援而变得更加强大的阿克守军。5月17日，拿破仑宣布他决定放弃围攻阿克返回开罗。但和以往一样，拿破仑必须挽回面子，这一次他的做法甚至使他的士兵都哑然失笑。拿破仑在塔博山发表了一份公告，宣称他对土耳其获得了伟大的胜利：“我们人数不多的军队经过过去3个月在叙利亚的炎热下作战，缴获了40门大炮，抓获了6；000名俘虏，加沙、雅法和海法的要塞已被夷为平地，我们现在要返回埃及了。”拿破仑宣称目前放弃攻城是为了防止土耳其人在亚历山大进行大规模的登陆。
法军将阿克城下的大炮撤下，由雷尼尔将军形容枯槁的师团断后，拿破仑于5月20日离开阿克，和大病初愈的蒙日一道乘坐着他的轻便马车，由克莱贝尔将军的师团开路返回埃及。从卡梅尔山到雅法的4天行程中法军历尽磨难。“法国军队遭到难忍的饥渴的折磨。饮水极其缺乏，加上沙漠的炎热，士兵在灼热的流沙上行军，军心涣散，士气十分低落。”布列纳记述道，“我亲眼看到一位被截肢的军官被抬担架的人抛弃在路上……我看到被截肢的重伤员和无数被瘟疫折磨得奄奄一息的士兵被遗弃。经过的村庄、城镇和农田被愤怒的士兵放火焚烧。整个村庄一片火海。”法军借一切机会发泄心中因军事失利和受到的磨难而郁积的悲哀。
我们完全被垂死的人、瘟疫患者和纵火者包围了……大火熊熊，浓烟遮天蔽日。我们的右面是大海，我们的左面和后面是沙漠和我们沿路留下的废墟。
5月24日，到达雅法，拿破仑发现没有船只给他运送伤病员。事实上，海军少将佩雷已经抛弃了陆军，在将大炮运送到之后就返回了埃及。拿破仑知道自己是没有能力将大量的伤员运回埃及的，但是又不愿意将他们留给土耳其和阿拉伯人的屠刀；他命令德热内特将伤员用鸦片毒死，医疗队的军官拒绝执行这项命令。拿破仑到医院探视了伤残者、瘟疫患者和眼炎患者。然后，他命令将重伤员留下，他命令在离开时将城墙炸掉。
拿破仑以胜利者的姿态回到开罗并发布了他最新的《陆军公告》，声称他“带回了许多战俘和军旗。我已将杰扎尔的宫殿和阿克城的堡垒彻底摧毁。我杀得敌人片甲不留，阿克城的市民全部从海上逃离。杰扎尔受重伤”。谎言！这一切从头至尾都是谎言。“我必须承认，记录拿破仑口授的这些军事报告是件痛苦的事。”布列纳说。但当他对此提出异议时，拿破仑只是一笑了之，说：“Mon cher（我亲爱的），你真是个傻瓜。你实在是什么也不懂。”布列纳不得不同意，他的确不理解这个人。
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第十一章 通往大马士革之路（3）
在率领着残兵败将回到开罗前，拿破仑就已经计划着放弃远征军回到法国去。他将要使用的借口是法国又一次与奥地利和俄国开战——法军犹豫不前，需要他回去收拾残局、重整旗鼓。拿破仑在围攻阿克城时就从报纸上得知了法军在欧洲战场失利以及巴黎政治局势不稳的消息。拿破仑在叙利亚战役中使尽浑身解数，却惨遭失败，损兵折将，损失约3；000人，加上在埃及战役中损失的7；000人，共损失约10；000人。他的3名副官和数名将军阵亡，大量其他军官不止一次受重伤。他的许多军官公开违抗他的命令，对埃及战役强烈不满。甚至连他的亲弟弟路易也背弃了他。全军的总军需官竟是个可耻的大骗子，已被他革职查办。尽管沿路抢劫，军需仍然匮乏，军费比来时减少了1/3。被征服的国家不断发生反叛，开罗成了灾难的起点，大瘟疫每天都夺去埃及人和法国人的生命。他的舰队被击沉。他的貌似辉煌却构思拙劣的远征完全失败了。
希望幻灭的拿破仑·波拿巴于6月14日回到了开罗的艾兹拜基耶广场上的宫殿。在开罗拿破仑也没有得到任何他希望的、出乎预料的好消息。相反，奥斯曼帝国的小舰队在西德尼·史密斯率领的皇家海军分舰队的保驾下，现在已经来到了海上，据报告正在向亚历山大进发。拿破仑不得不再一次靠他的军队和大海来抵御敌人的进攻，然后，他将从海上回到法国。拿破仑早已事先秘密安排了三桅快帆船，6月21日，他命令新任命的海军司令冈托姆赶紧备妥船只和粮食。拿破仑将把一支所剩无几的残破军队留在埃及，同时，由于6月埃及科学院的第一次重开的结果，他还要将那支医疗队也留在埃及。
拿破仑要求组成一个委员会报告叙利亚战役中法国军队所遭到瘟疫的影响程度，以便通过这样的统计说明大量人员伤亡的原因。通过这个报告他将推卸自己的责任，而医疗队将承担军队减员的主要罪责。这对于德热内特医生来说是太过分了——他跳起来指责拿破仑亲自命令他毒死了成千的伤员和瘟疫患者，而不将他们带回埃及治疗——他只愿为医疗队本身的责任负责，他指责拿破仑是要将罪责“加到每个人的头上”。他当场提出辞职，要求退役返回法国。拿破仑则当场拒绝了他的要求。他将这个医生留在了埃及，虽然拿破仑以后最不愿意在埃及见到的就是他。
返回巴黎后首要的也是最头疼的事情是如何解释当前的形势，拿破仑在报告中说：“叙利亚战役的最大的成功是，我们完全控制了整个沙漠地区，其结果我们在这一年内挫败了敌人侵略我们的计划……我们在这里建立了牢固的基础。”事实上，拿破仑在阿尔拉什的前哨基地并未得到巩固，整个埃及，包括埃及南部占全国2/3的领土都还没有在法军的控制之下，因为驻守这些地方需要军需后勤的供给和足够的军队。拿破仑承认瘟疫流行已经波及亚历山大和雅法，但他报告督政府瘟疫并没有影响开罗和埃及的其余地区。事实上，几个月来开罗的医院里收容的瘟疫患者已经是人满为患。拿破仑承认法军损失了5；344人，为此，他提出急需补充至少6；000人的生力军。他说如果给他15；000人的话，“我们便可以打到任何地方，甚至打到君士坦丁堡”。他要求增加100名医生和外科医生。 他指出目前的人数不足于对抗敌人发动的海陆联合进攻，“如果不能按照我的要求派来援兵，那么我们这里只能求和”。
一个月后的一个傍晚，一名阿拉伯使者带来了驻守亚历山大港的马尔蒙的一份紧急报告。这天，1799年7月11日，土耳其军在英国和俄国舰队的保护下，已经抵达阿布基尔湾，穆斯塔法·帕萨的15；000人马已经登陆上岸。阿布基尔要塞和阿布基尔后面的一处堡垒都已经落入敌军之手，驻守的法军全部被俘，亚历山大遭到猛烈的炮轰。易卜拉欣贝伊军在加沙重新集结，南面的穆拉德贝伊军正在威胁开罗。拿破仑必须刻不容缓地率领他的10；000多人开往前线。
拿破仑于7月15日指示德塞：“如果登陆行动果然十分重要，你应该放弃整个上埃及，只留下少数人据守那里的要塞”，“将我刚才从亚历山大得到的消息立即转告雷尼尔，命他立即集结队伍”。拿破仑命令贝尔蒂埃立即将同一消息填报克莱贝尔将军（现在在达米亚塔）和其他人，同时拿破仑带领军队向亚历山大进发。他命令迪盖将军将关押在开罗的数千战俘秘密处决，尽量不要引起公众的注意。同时，拿破仑命令马尔蒙将军在阿布基尔和罗塞塔一线构筑防线，在比凯特集结，以威逼敌军两翼。
7月16日凌晨4点，拿破仑率部出发，连对他高度不满的布列纳也不得不佩服他的临危不惧、刚毅果敢和快速反应。3天后，他赶到阿拉马尼亚。他命令马尔蒙据守亚历山大，克莱贝尔保卫罗塞塔，拿破仑自己则在中路据守比凯特，缪拉的骑兵则在阿布基尔和防线之间做后援。拿破仑告诉克莱贝尔，他并不认为敌人的兵力会比自己强多少。
第十一章 通往大马士革之路（4）
7月20日和22日，消息传来，第二批敌军登陆。敌人来势凶猛。法军方面，拉纳的师团已经靠近阿拉马尼亚，迪盖抽调了大量的开罗守军，约12；000人已经上路。开罗医院里只要能够站起来的人都重新拿起了武器。贝尔蒂埃要“给土耳其人一个教训，最后确保法国在埃及的地位”。
“要保持高度的警惕，”拿破仑提醒马尔蒙，“军官，特别是高级军官，晚上睡觉不能脱下军装。夜间加强巡查，务必确保人人知道自己的岗位所在。”他命令带狗守夜以防偷袭。只有到了生死存亡的关头，拿破仑才会调集全埃及的兵力来对付土耳其的登陆。拿破仑令德塞进一步调集兵力对付易卜拉欣贝伊军，他告诉德塞，他将在阿布基尔“攻击敌人并将他们全部赶进大海”。拿破仑是在只有很少的炮兵以及他将面对的敌人的总兵力究竟有多少尚不清楚的情况下制订出这些军事计划的。
7月22日，拿破仑命令拉纳将军的师团和拉尼斯的师团在比凯特