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次年清廷以袁世凯练兵有功晋其为直隶按察使仍专管练兵事宜。
第三节出卖维新志士剿灭义和团光绪二十四年（1898）康有为、梁启等资产阶级维新派人士动具有进步意义的变法运动。对此袁世凯佯为赞成阴实反对。七月变法达到顽固势力频频密谋破坏。维新派为了将变法进行下去同时出于对袁世凯的表面认识乃建议光绪帝召袁进京结以恩遇以备不测。八月初一日（9月16日）光绪帝召见了袁世凯擢其为候补侍郎。袁恐引起顽固派怀疑接连拜谒权贵解释并探听风声。初三日夜维新派中最为激进的谭嗣同只身至法华寺见袁世凯坦率地告以直隶总督荣禄和慈禧太后欲废光绪帝的阴谋请其竭力相救否则便向慈禧太后出求得富贵。袁世凯正言厉色地表示：“圣主乃吾辈所共事之主仆与足下同受非常之遇救护之责非独足下”“若皇上于阅兵时疾驰入仆营传号令以诛奸贼则仆必能从诸君子之后竭死力以补救。”当谭说荣禄不易对付时袁怒目而视说：“诛荣禄如杀一狗耳。”2初五日（2o日）光绪帝再次召见袁世凯。当日下午袁世凯回天津后立即向荣禄告密。次日晨慈禧太后动政变1。袁世凯进一步获得慈禧太后和荣禄的信任。十月荣禄奏设武卫军以袁世凯的“新建6军”为“武卫右军”。光绪二十五年五月（1899年6月）袁世凯晋升为工部右侍郎兼管钱法堂事务。
六月袁世凯率军由山东操演行军阵法回到天津开始组织人员编纂《训练操法详晰图说》七月进呈御览。该书强调练兵必须把封建宗法思想教育放在第一位军事训练放在第二位次系统地介绍了资本主义国家的军事方略和训练技术成为清廷以后训练新军的重要军事教科书。
是年底山东人民掀起的反抗帝国主义教会侵略的斗争已经遍及全省不久便爆为义和团反帝爱国运动。十一月初四日（12月6日）清廷命袁世凯署理山东巡抚。他在抵达济南任所的次日即颁布《禁止义和拳匪告示》坚决主张剿团保教。由于清廷再三谕令不可一意剿击袁世凯开始尚未完全采用高压政策而是严缉要查禁瓦解。光绪二十六年二月十四日（19oo年3月14日）清廷实授袁为山东巡抚。五月直隶义和团大批涌进北京慈禧太后宣布义和团众为“义民”。俄、英、美、日、德、法、意、奥八国联合侵略军由天津向北京进犯。慈禧太后命袁世凯派兵火驰援。袁不敢与列强开战仅派少数人马搪塞。继之参加“东南互保”任列强向京津侵犯、屠杀中国人民而不抵御；通饬全省严密保护洋教士和一切洋人护送到通商各口；保护教会优恤教民。而对义和团则极端残忍山东境内团民为其剿灭殆尽。
2《宋教仁集》下册第496页。
1梁启：《谭嗣同传》《戊戌变法》第4册第52页。
第四节在直隶推行“新政”
同年十二月（19o1年1月）慈禧太后宣布筹办“新政”。光绪二十七年三月（19o1年4月）成立督办政务处推行“新政”。同月袁世凯提出治国十策即慎号令、教官吏、崇实学、增实科、开民智、重游历、定使例、辨名实、裕度支、修武备以“求富”、“求强”。八月以后在山东开始整饬杂税厘捐设立银元局开办课吏馆、校士馆创立商务总会和大学堂力行“新政”。九月二十七日（11月7日）经荣禄、奕劻等推荐晋署直隶总督兼北洋大臣位居各省督抚之上。十月十八日（11月28日）清廷以其“共保东南疆土”“卓著勋劳”2加其太子少保衔。光绪二十八年五月初四日（19o2年6月9日）实授直隶总督兼北洋大臣。
袁世凯督直以后身兼清廷参预政务大臣、会办练兵大臣、办理京旗练兵事宜大臣、督办电政大臣、督办关内外铁路大臣、津镇铁路大臣、京汉铁路大臣、会议商约大臣八大要差极力迎合清廷加紧推行“新政”成为清廷的重要决策者。
先增募新军改革军制。光绪二十八年（19o2）修订募练新军章程十一条和募兵格式八条仿行外国的征兵制度开始招募新军。至光绪三十一年（19o5）共练成北洋常备军六镇。北洋六镇新军的编练使袁世凯的兵力骤增至万人。六镇的军官除第一镇外皆其嫡系加之在政界网罗培植的许多党羽逐步形成一个以袁世凯为脑的北洋军事政治集团。
其次创办巡警。光绪二十八年四月（19o2年5月）袁世凯率先在保定创设警务总局1所分局5所开办巡警学堂。七月接收天津时又将在保定训练好的3ooo名巡警调进设南北巡警局同年冬成立巡警学堂后又增添马巡、河巡、暗巡和消防队将巡警制度推广到乡村和铁路在直隶全省建立起警察网。光绪三十一年又利用革命党人企图炸毙考察宪政大臣事件建议清廷设立巡警部预防革命党人潜伏维持治安。并推荐亲信徐世昌任该部尚书、赵秉钧为侍郎控制了警政。
第三整饬吏治。他饬令道府厅州县一律将所得陋规交公酌给公费以杜绝受贿止官之贪；设立官吏考验处考验甄别初到和新选新补官员；设立调查处采访舆论了解官员政绩调查案件以便举劾；设立法政学堂和胥吏学堂招收候补官员和幕僚入校学习命未赴任的州县实缺各员先赴日本参观以开官智。但这些措施根本不起作用吏治依然如故。第四提倡实业。光绪二十八年袁世凯在保定创立农务局和农事试作场购买农业机械聘请日人南原正三指导种植。并附设农业学堂教授蚕桑种植和糖酒制造。在天津设立直隶工艺总局作为官办实业的总机关诱掖奖励全省绅民兴办实业。派人到外国和外省学习工业技术批准给明者以专利权。在袁世凯的大力提倡下直隶近代工商业得到一定的展。
第五广兴教育。袁世凯坚决主张废科举兴学堂光绪二十八年在保定成立学校司次年奏请递减科举中额改学校司为学务处领导全省教育。饬令该处设置研究所研究学校编制和教授方法派员考核官绅办学情况令各地设劝学所、宣讲所筹备公款积极办学；分批派遣人员赴日考察教2慈禧太后动政变的具体日期尚有几种说法此说较为流行。
育选派留学生赴日学习师范并捐银2万两表率群僚和士绅出资办学。光绪三十一年又领衔与其他督抚合词奏请立停科举推广学校。经其提倡直隶办学之风大兴在各省之中成绩名列前茅。
第五节回籍“养疴”
清末国内出现了革命和立宪两股资产阶级民主运动潮流。一部分资产阶级知识分子秘密组织团体开展推翻清皇朝、建立民主共和国的革命活动挽救国家民族的危亡。另一部分资产阶级知识分子则认为只有君主立宪才能达到民族独立国家富强的目的。他们反对以革命手段推翻清皇朝提出废除封建制度人民参与政权设立国会和责任内阁制定宪法实现资产阶级君主立宪政治的迫切要求。某些官僚也奏请实行立宪。清廷为消弭革命缓和日益尖锐的阶级矛盾在大势所趋下决定派遣载泽等大臣出洋考察政治。袁世凯对革命运动坚决主张镇压而对立宪运动却不敢公然反对。光绪三十一年（19o5）当立宪的声浪愈来愈大时他便与周馥、张之洞联名奏请实行立宪。其后立宪的调子越唱越高力图把自己装扮成立宪的倡导者和推动者以保住本人地位进而攫取更大权力同时抵制革命。光绪三十二年六七月间考察宪政大臣回国奏请立宪。袁世凯奉命设立天津自治局拟定章程先试办地方自治。旋入京参加清廷召集的宪政会议面奏慈禧太后请改革官制组织责任内阁。七月清廷布上谕仿行宪政先改革官制以为预备立宪基础任命袁世凯参预编纂官制。讨论官制改革时袁世凯力主实行责任内阁制企图与席军机大臣奕劻出组内阁掌握中央政权实行独裁统治并借以限制君权免遭光绪帝将来报复后因多数官员抵制未能得逞。会上一些满族亲贵提出实行立宪必须加强中央集权削夺督抚权力。对此他因关系自身利害大加反对。九月二十日（11月6日）清廷公布中央官制强调“专责成”袁世凯被迫于十月初三日（11月18日）上折辞去各项兼职并交出四镇兵权给6军部。
光绪三十三年三月二十日（19o7年4月2日）清廷改革东三省官制任命徐世昌为东三省总督兼管三省将军事务唐绍仪为奉天巡抚朱家宝署理吉林巡抚段芝贵赏布政使衔、署理黑龙江巡抚。此四人均属袁党是由袁世凯推荐给奕劻的。任命一公布举朝哗然。三月二十五日（5月7日）御史赵启霖上折参劾段芝贵向奕劻送寿礼1o万两并向其子农工商部尚书载振献歌妓杨翠喜词连袁世凯。慈禧太后大怒立即撤销对段芝贵的任命令醇亲王载沣和大学士孙家鼐查办。袁世凯极力包庇查证毫无结果奕劻父子安然无恙赵启霖竟遭革职处分。参案一结束袁世凯即与奕劻勾结起反击进行报复。他们认为赵启霖上参折系军机大臣瞿鸿禨和邮传部尚书岑春煊所指使便将矛头指向瞿、岑掀起“丁未政潮”。先借机奏请授岑为两广总督将其排斥出京。继之贿买御史恽毓鼎捏词参劾瞿鸿禨使瞿于五月开缺。最后又诬蔑岑春煊为康有为、梁启同党阴谋要慈禧太后归政光绪帝蒙蔽慈禧太后将岑开缺。
五月清廷公布地方官制谕令官员条陈预备立宪意见。六月十六日（7月25日）袁世凯以日法协约订立上密折请求“赶紧认真预备立宪”其实质是企图将铁良和凤山攻倒夺取6军部和业已交出的四镇兵权成立既代君主负责又不对资政院负责的内阁实行假立宪欺骗人民。3天之后又奏请派遣大臣前往德国、日本考察宪法简择王公近支赴英国、德国学习政治、兵备。七月成立天津议事会和董事会通令全省以天津为模范办理地方自治。
袁世凯与奕劻狼狈为奸结党营私遭致御史的交章弹劾。慈禧太后疑虑丛生于光绪三十三年七月二十七日（19o7年9月4日）免去其直隶总督兼北洋大臣职务调任外务部尚书、军机大臣。
是年九月清廷不顾浙江、江苏绅民业已奏准招股修筑沪杭甬铁路的事实颁借款修路谕旨把筑路权送给英国。两省人民痛路权丧失立即掀起坚拒借款、铁路商办的热潮争相集款自办。袁世凯以“外交重大信议约权在朝廷”1为理由不准江、浙人民反对。十一月两省代表进京力争他仍坚持借款筑路遭到国内舆论的强烈谴责。
光绪三十四年立宪派人士为了实现真正的君主立宪制度不满意清政府宣布的“预备立宪”以九年为限要求在二三年内召开国会。江苏、安徽、北京、直隶、吉林、山东以及八旗士民代表均呈递国会请愿书。袁世凯反对召开国会阴阻都察院代奏。同时因衔恨于康有为、梁启和马良密结亲贵排斥自己挑唆慈禧太后将梁启组织的立宪团体政闻社加以“煽乱”罪名勒令解散从而撕下了他积极倡导立宪的伪装。
光绪帝和慈禧太后相继病逝后3岁的溥仪继承皇位摄政王载沣监国执掌政权。新朝优赏军机大臣袁世凯加太子太保衔。载沣深切痛恨袁世凯在戊戌变法期间出卖其兄光绪帝对其贪权置势亦极疑忌极想把袁除掉。因遭到奕劻坚决反对和军机大臣张之洞劝阻光绪三十四年十二月十一日（19o9年1月2日）载沣借口袁患足疾下令将其开缺命回原籍休养。袁世凯携眷返河南最后定居彰德（今安阳市）城北门外的洹上村。表面上过着隐逸生活实际上时刻准备东山再起。
宣统三年（1911）武昌起义爆后革命党人连克武汉三镇建立湖北军政府推举原清军第二十一混成协统领黎元洪为都督。清廷举朝惶惶命6军大臣荫昌督率6军两镇前往镇压。袁世凯见时机已到立即活动布置。帝国主义也广造“非袁不能收拾”的舆论。内阁总理大臣奕劻、协理大臣那桐、徐世昌一向与袁沆瀣一气此时同时提议起用袁世凯向载沣施加压力。载沣起初不允他们便以辞职不上朝议事相要挟迫使载沣于八月二十三日（1o月14日）任命袁世凯为湖广总督督办剿抚事宜。袁嫌官微权轻复奏足疾未愈不能立即受命。
1《德宗景皇帝实录》卷488第17页。
第六节东山再起攫取民国总统二十八日袁世凯电奏招募防军1。25万名。次日电奏段祺瑞、王士珍、段芝贵等北洋高级将领归己指挥。革命形势迅猛展湖南、陕西同时光复。载沣被迫再作让步九月初六日（1o月27日）授袁为钦差大臣节制调遣所有赴援水6各军。初八日山西独立6军第二十镇统制张绍曾屯滦州提出开国会改定宪法组织责任内阁等十二条政纲清皇朝在迅崩溃。袁世凯见此初九日离开彰德南下视师。十一日奕劻内阁总辞职载沣授袁世凯为内阁总理大臣着其进京组织完全内阁仍旧节制调