菌研究人员来到中国哈尔滨，在拉滨线上的背荫河车站附近，建立了由日本关东军领导的细菌研究所，内称七三一部队，又叫石井部队，对外称为“关东军防疫给水部。”两年后，研究所又增加了化学武器，即毒气的研究。一九四二年五月，他被授予中将军医。
石井是两个月前被捕入狱的。入狱以来，他深深感到自己罪大恶极，也准备在接受国际法庭的审判时，老老实实交代自己的罪行，而且已经作了死的打算。前天，他写了首题为《报应》的打油诗，表明自己的这种心迹：
“卅年研制无人性，丧尽天良是结论。细菌杀人实残酷，毒气杀人罪孽深。老实认罪非求生，只求无人步后尘。一弹毙我是照顾，零刀碎剐是报应。”
三月十六日下午三点，石井四郎由四名美籍法警从东京巢鸭监狱押到国际法庭，在第三十五审讯室接受审问。参加预审的，除了中国、美国、苏联、荷兰四位法官外，还有国际法庭派来的两名日语翻译、两名英语翻译和两名记录员，以及日本同盟通讯社记者田沼治功和古贺仁太郎。
下午的预审由向哲浚主持。他间了问石井的籍贯、年龄、职务、军衔之后说：“希望你抱老实态度，如实交代你在七三一部队的罪行。”
石井说：“我已作了如实交代的打算，也作了以死谢罪的打算。”他说罢，从口袋里掏出那首《报应》诗，起身向向哲浚一鞠躬，双手捧着诗稿递给向哲浚。
向哲浚看了《报应》诗后，交给其他人传阅，然后对石井说：“希望你言行一致，现在开始交代。”
“罪行大多，加之思想太乱，一时不知从何交代起。”石并不知所措地望着四位法官，“还是请你们提问吧！你们提问什么，我就交代什么。”
“也行。”向哲浚说，“那就先交代研制细菌和毒气的组织机构吧！”
石井交代，在中国东北地区除了七三一部队本部以外，还有牡丹江支部（第六四三部队），林口支部（第一六二部队），孙吴支部（第六三七部队），海拉尔支部（第五四三部队）。卢沟桥事变以后，又先后在北平建立北支甲第一八五五部队，在南京建立荣字第一六四四部队，在广州建立波字第八六○四部队。
石井说：“这些部队都由我统一指挥，总人数为九千八百五十八人，其中百分之八十五的人为研究人员，其余的是行政管理人员和后勤人员。比如我的三个哥哥属于行政管理人员，大哥虎男是我的行政参谋长，二哥刚男是关押原木、也就是用来作各种试验的活人监狱的典狱长，三哥三男是处理经试验致死者的尸体解剖、炼人油的总负责人。”
“炼人油？”古贺仁太郎惊问道，“炼人油干什么？”他一时吃惊，忘记记者在这种场合没有提问的权力。
“炼出的人油，一部份运回日本作机器的滑润油，一部份卖给不明真相的中国人吃。”
“罪过，罪过！”古贺仍惊讶不已，“惨绝人寰！”
“是的，惨绝人寰，我罪该万死！”石井把头低了下去。
向哲浚提问：“你们研制了多少种细菌和毒气杀人？”
石井慢慢抬起仿佛有千斤重的脑袋：“细菌武器方面，有鼠疫菌、霍乱菌、坏疽菌、鼻疽菌、伤寒菌、副伤寒菌、结核菌、破伤风菌、牛瘟疫病菌、红色麦锈菌等十余种；毒气有糜烂性毒气、刺激性毒气、窒息性毒气三大类，具体有芥子气、路易氏气、苯氯乙铜、亚当氏气、二苯氯胂和光气六种。”
“你们用多少活人进行两种武器试验？”向哲浚问。
石井掏出一个小笔记本，戴上老花镜翻了翻：“用了三千八百五十个原木，也就是活人作细菌试验。我们说原木，是暗语。用了二千四百五十个活人作毒气试验。这些人只有五百六十二人是俄罗斯人，二百五十四人是高丽国人，其余的都是中国人。这些中国人的百分之九十是在战场上打了败仗的俘虏，其余的是日军抓来的所谓好战分子。这六千多人没有一个活下来的，我惨无人道，我死有余辜！”
格伦斯基很窝火：“第一次世界大战结束后缔结凡尔赛条约时，就具体讨论了禁止使用毒气的问题，你们日本国是该条约的签字国。以后，又有一八九九年七月缔结的禁止使用毒气的海牙宣言，一九二五年六月签订的禁止使用化学武器和细菌武器的日内瓦议定书。当时的日本外务相都曾代表日本政府在上面签了字的，你们为什么践踏国际公约，还在研制和使用细菌武器和化学武器？”
“头脑发热，忘乎所以，无法无天，灭绝人性，才敢于践踏国际公约！”石井又把头低了下去，“我只能这样交代。”
莫诺两眼一瞪：“难道没有具体内容了？”
石井沉思一会，把头抬起来：“记得六年前八月的一天，当时的陆军相东条英机先生接见我，说我立了大功，奖励我五十万日元。接见时他说，使用细菌武器，其成本是使用枪炮子弹的五分之一强；使用化学武器成本还略低一点，是五分之一弱。他说，更重要的是节省了大量钢材，而钢材又是日本所短缺的。不仅如此，而且能够使敌人造成严重伤亡，我们却安全无恙。退一万步说，即使投放细菌武器、化学武器的飞机被敌人击中，也只丧失一个驾驶员和两个投放手。陆军相说，钢铁制成的炮弹、炸弹只能杀伤一定范围的人，受轻伤者很快就能治愈，再度投入战斗；而细菌战，有效范围能够人传人，村传村地不断扩大，能够使病毒浸入人体内部，死亡率比炮弹、炸弹高得多；一旦染上疫病治愈率很低，很难企望这些人再度上战场打仗。”
他脸色惨白：“东条先生还说，由于在野外使用细菌武器见效慢，一般染上疫病几天、十几天人才死亡，所以我们使用立竿见影的化学武器比较多。”
他又把头低下去：“我这样说，并非把责任推到东条先生身上。总之，研制这两种杀人武器的罪魁祸首是我石井四郎。”
向哲浚问：“你们在中国使用过多少次细菌武器和化学武器？致使多少中国人民死亡？”
石井又翻开小笔记本：“细菌战一共进行以下几次。第一次是一九四○年七月，我亲自率领一支由五架飞机组成的航空队，飞到中国华中战区，将装在投撒器里的八十公斤伤寒菌、六十公斤霍乱菌和八公斤鼠疫菌，投在浙江宁波和金华一带。据驻华中日军总司令部调查报告，这一次有八万五千六百多人感染疫病，其中有百分之三十左右的人同时感染两种疫病，死亡率比较高，共有二万二千六百多人死于非命。”
他起身向向哲浚一鞠躬：“我罪孽深重！”
向哲浚手一挥：“坐下继续交代！”
石井捧着笔记本的双手微微发抖：“一九四一年四月间，我派六架飞机在晋冀鲁豫边区的新乡、滑县、浚县和晋绥边区的河曲、保德、兴县、岚县等地投下四百公斤鼠疫菌。半个月后，接到驻华北日军总司令部的报告，共有三十五万人感染鼠疫，死亡者多达一十五万六千余人！同年六月，我又派出两架飞机从吉林长春，那时叫新京，飞到武汉，再转常德，在常德投下五十公斤鼠疫菌，造成八千五百多人死亡！”
他取下老花镜，放在嘴边呵口气，掏出手帕擦了擦又戴上：“一九四二年七月问，我派一支由三十五人组成的远征队，由七三一部队生产部长川岛清带领，乘火车抵达南京，由南京荣字第一六四四部队配合，先去南京两处战俘营，将一百公斤注射有伤寒菌和副伤寒菌的大饼分给五十名战俘吃，然后将他们释放出去，让疫病四处传染，具体感染和死亡情况，由于无法跟踪不清楚，但死亡惨重是肯定的。”
“但中国政府很清楚。”向哲浚说，“你们那次犯罪，使两种伤寒疫病传播到湖南、湖北、广东、广西、江西、浙江、江苏、安徽等八个省的大部分地区。据不完全统计，共死亡十八万七千多人！你真是罪大恶极！”
“我罪大恶极，我死有余辜！”石井起身向向哲浚鞠躬又坐下，“接着，这支远征队又乘飞机分别飞往四川的万县和重庆，浙江的金华。义乌和衢县，江西的赣州等地，将三百公斤炭疽热菌、一百公斤霍乱菌、五十公斤鼠疫菌投撒在这些地方，据驻华中日军总司令部调查结果，总共有六万五千多人感染这些疫病死亡！”
石井四郎开始交代使用化学武器残杀中国人民时，雷宁克从皮料提包里拿出加拿大渥太华国立公文馆保存的一份关于第二次世界大战初期和中期，日本在中国进行化学战的资料复制件念道：
“日军使用化学武器，是一九三七年一月在上海使用刺激性毒气即催泪性毒气和喷嚏性毒气开始的。以后，随着毒气研制的变化，杀伤力越来越大，也越来越惨无人道。一九三八年四月，在台儿庄使用的是窒息性毒气；一九三九年七月，在山西南部前线使用的已进化为糜烂性毒气。”
这份资料最后说：“到一九四一年六月止，日军用飞机投放毒气弹九百六十五次，致使中国军民死亡三十五万八千六百余人。”
雷宁克念完问石井：“这份资料上记载的是不是事实？”
“写材料的人情报准确。这都是我派人干的，我罪该万死！”石井翻了翻笔记本，“这份资料上说的情况是到一九四一年六月为止。下面我补充交代，一九四一年六月到十二月，还进行过八十五次化学战；一九四二年为一百二十六次，一九四三年为二百三十七次，一九四四年为五十八次，一九四五年一月到八月日本投降为止是三十二次。让我计算一下，”他默默计算了大约五分钟。“一九四一年下半年到日本投降这段时间，进行化学战五百三十八次，致使中国军民造成二十一万四千三百余人的死亡！罪恶，罪恶，就是千刀割万刀剐我也应该啊！”
向哲浚与三位法官低声商量几句，宣布休息十分钟，石井坐在原地不动，脑子里乱七八糟，一个劲吸着香烟。翻译、记录员和记者们来到阳台上呼吸一会新鲜空气。四位法官坐在里面的休息问，低声商量着预审怎样继续进行。
十分钟很快过去，预审继续。向哲浚将两本记录让石井看一遍，要他在上面签字。石井看得很仔细，足足看了半个小时，然后在两本记录上分别写道：“以上所记全为我所交代。石井四郎，三月十五日下午五点三十五分。”
向哲浚对石井说：“你的犯罪行为暂时交代到这里。你回监狱后认真反省，明天上午继续交代。如果你真的是你在《报应》一诗中所说的‘只求无人步后尘’，那就将你保存的一切资料都交出来。”
“一切资料？”石井一怔。
“是的，一切资料。”向哲浚说，“诸如你们进行各种细菌研究、各种毒气研究的全部技术资料，两种武器的各种试验，包括在人身上的各种试验和动物身上的各种试验的全部资料，等等。”
“这些资料都毁了。”石井说，“这并非我交代罪行的态度不诚实，的确是毁了，我把问题说清楚了，你们就会知道我不是在说谎。”
“你说吧！”向哲浚说。
石井说：“去年八月，苏联对日本宣战，百万苏军向关东军发动全面进攻时，我奉命回国接受在中国东北地区进行化学战的任务，许是天理难容，我回国后就重病不起，住进东京大医院接受治疗，才使我少犯一次罪。我离开七三一部队回国时，将这些资料装入十二口大木箱钉好，交给我大哥虎男保管，如果关东军失败，就要他用飞机将这批资料运回东京，并要我大哥亲自押运。但是，我大哥迷信关东军是战无不胜的日本王牌军而不可能失败，大意了。等到眼看关东军的失败已成定局，想把这批资料运走时，东北地区的几处机场已全部控制在苏军手里了。虎男打电话向关东军总司令山田乙三先生请示怎么办？山田先生指示将他们统统烧毁。”
他叹息连连：“可惜了！这是若干资金和若干条人命换来的科研成果，也应该算是人类的财富啊，真是太可惜了！我这样说，并非我还想研制两种武器杀人，相信法官先生们也不会这样看问题。”
格伦斯基问：“真的统统烧了？”
“无半句谎言。”石井说，“你们可以调查。山田先生关押在巢鸭监狱，他可以作证。烧毁这批资料时，七三一部队的生产部长川岛清、生产部分部长柄泽勇正、七三一部队情报部调查课长山岸研一郎等三人在场。他们现在被关押在苏联的哈巴罗夫斯克（伯力）监狱，可以让他们出庭作证。”
“我们会作调查。“向哲浚说，“难道你家里没有保存任何资料？”
石井想了想说：“还保存八千张用人和动物作两种武器试验的幻灯片，我愿意交出来。那是非常残酷的画面