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1966年5月25日，聂元梓等七人签名的《宋硕、陆平、彭佩云在文化革命中究竟干些什么？》的大字报在学校大饭厅东墙上贴出。这张大字报成为文化大革命正式开始的一个标志。聂元梓等北大师生的行动，显然不是官方用枪口逼着实施的，而是他们自觉自愿的干的。中央文革的引诱当然是原因之一，但最主要的还是这帮师生有内在的“革命”的愿望。内因起着决定性的作用。这就说明，北大自身的传统中就有某种毒素的存在。
这种毒素要追溯到京师大学堂的时代，这种毒素是先天就具有的。许多学者谈到“回归”问题，希望后五十年的北大向前五十年的北大回归。其实，比回归更加重要的乃是清理自身血液中的毒素。仅仅作简单的回归解决不了任何问题。前五十年的北大当然有很多可歌可泣的故事和人物，但前五十年的北大与现代中国社会之间关系尴尬，既格格不入又企图融入，处于两难的境地，因此它的发展举步维艰。
京师大学堂的建立，是满清统治者为了维护自身统治的需要，跟弘扬学术、创新文化关系不大。设立一所大学，本来是一个教育的问题，在中国却成为一场激烈的意识形态的斗争，京师大学堂在戊戌变法运动中得以脱颖而出，而在戊戌变法惨败后却奇迹般地保留下来，这背后自然有复杂的政治背景。无论是改良派还是保守派，都把京师大学堂当作手中的一个筹码来看待，很少有人把它当作真正意义上的“大学”来看待的。德国作家伯尔反复强调，一切有良知的知识分子都应当远离权力，然而，北大从一建立的时候起，就与权力如影随形。
庚子事变之后，慈禧太后任命学部及刑部尚书张百熙担任京师大学堂管学大臣，她把重新开办大学堂作为挽回朝廷在义和团运动中丢尽的面子的方法之一。张百熙深受慈禧太后的信任，位高权重，让张百熙来当管学大臣，就好像今天让一名政治局常委来兼任北京大学的校长一样。而朝廷的愿望，如同张百熙所说，“今值朝廷锐意变法，百度更新，大学堂理应法制详尽，规模宏远，不特为学术人心极大关系，亦即为五洲万国所共观瞻。”学术已经不是纯粹的学术，而跟“人心”并列，从而蒙上了一层厚厚的道德教化的色彩，担当着为政治服务的工具作用。
1898年以来，京师大学堂始终处于政治斗争的核心地位。美国学者魏定熙在《北京大学与中国政治文化》一书中指出：“北京大学具有的政治象征意义来自于它建立时的精英地位和它与中央政府的紧密联系；它又具有文化象征意义是因为它的教职员站在由国家支持的争取实现中学与西学新的平衡的最前列。这种政治中心与文化中心的结合几乎使北京大学的教育和学术活动也产生了政治的影响，在那里，有关文化的问题的争论也会折射出围绕政治权力的斗争。”新与旧的斗争，中与西的冲突，京师大学堂都处与漩涡的中心。各种政治力量都在利用它。而满清极其以后的历代统治者更是把它作为自己的禁脔。
何清涟在谈到北大与政治权力的关系以及北大的传统时，认为：“我觉得这不是一个回归的话题，因为自1949年以后，北大就完全被纳入意识形态的范畴，从此就再也没有挣脱过。即使有些微的举动，也只是青年学生残余的自由传统，与北大体制无涉，而且这个传统到了90年代，比80年代更加淡静了。所以我觉得不是一个回归不回归的问题，我觉得北大一直在体制内，在意识形态的羽翼下面。”何清涟的说法可能有些绝对了。北大还是有挣脱或大致挣脱意识形态的羽翼的时候，在“五四”运动前后蔡元培执掌北大校政的那几年、在西南联大的那几年、在1957年那个短暂的夏天以及在80年代的某些时刻，北大还是取得了自己所能够争取到的最大程度的独立性。这样的时刻毕竟是少数，何清涟的基本判断是正确的，北大独立的时候少，被束缚、被奴役，甚至主动献身让强权束缚和奴役的时候多。
让我们把目光投向京师大学堂时代。直面北大传统中的负面因素，必须从最深最深的根系开始着手。19世纪下半叶，中国面临亡国灭种的危机。1898年6月11日，光绪皇帝颁布“明定国是诏”，内称：“京师大学堂为各行省之倡，着军机大臣总理各国事务大臣会同妥速议奏。”12月，京师大学堂正式开学，有学生近百人，入学前的身份多为官员，毕业后供职于国家的行政部门。京师大学堂成立以后，继承了国子监的部分职能，管辖全国各省学堂，既是当时中国的最高学府，又是最高的教育行政机关。
北大人在回顾这段历史的时候，一般都是洋洋得意，所谓“北大领导世界”的说法让他们陶醉。殊不知，这恰恰是一所大学的“命门”所在。北大诞生之初，其政府部门的身份就强于独立的知识、文化综合体的身份。大学堂以“中学为体，西学为用，中西并用，观其会通”为办学方针，以“激发忠爱，开通智慧，振兴实业”为目的，以“端正趋向，造就通才”为纲领，以“修身”伦理为育人之始基。由此可以看出，学术为意识形态服务的价值取向非常浓厚。京师大学堂不是一棵参天的大树，而是一株“爬山虎”。在北大百年的历史中，几乎从来都是“政治”压倒“学术”。北大的名声，很大程度上是因为在政治上频频出风头而获得了，而不是因为学术上的杰出成就而获得的，这是每一个北大人不得不直面的残酷现实。
在1917年蔡元培出任北大校长之前，北大大体上是一潭死水，正如魏定熙所说：“它与首都官方文化的密切关联远远超过了它作为国家有活力的文化和政治力量的存在。”在晚清时代，京师大学堂的官员和老师们都获得了极高的官衔和俸银。京师大学堂总教习的地位和国子监的祭酒一样，每月有俸银300两；普通教师的地位则与翰林院的五经博士一样，每月有俸银30两到50两。每年春节，大学堂的总监照例会带着学生进皇宫去给慈禧太后和光绪皇帝请安，而慈禧和光绪则会发给师生数量不菲的赏银。京师大学堂的师生跟大皇权的关系是恩宠与被恩宠的关系。学堂开始讲述一些新的知识，但传统的祭孔之类的重大礼仪依然被强调，京城长久以来的文人官僚文化仍然占据着主导地位，权力的等级森严和对儒家的敬拜仪式仍然如同往常一样举足轻重。
京师大学堂被官方牢牢地控制在手中，成为显示官方具有改革的决心和开明的姿态的样板。官场的文化深深地渗透进这个半是学府半是政府的机构之中。当时，大部分的学生都是不得意的候补官员们，走正途走不通了，只好把进京师大学堂作为一个“偏门”来姑且一试。几乎所有的学生都拥有仆人，这些仆人叫学生为“老爷”。“老爷”学生们不仅不用交学费，而且膳食全部免费，如果表现良好，还能够获得优厚的“奖学金”。当时的学生在日记中记载，他们常常把高额的津贴用来看戏和逛八大胡同。有一名叫俞同奎的学生饶有兴趣地回忆了这段时期的生活状况：“我们不仅不需要交学费，学校还给我们提供饭菜。每次吃饭，八个人一桌，每桌有六菜一汤。在冬天，伙食更好，四个菜还有个火锅，顿顿鸡、鸭、鱼、肉……要是伙食不好，学校堂提调即庶务科长之类的职员，马上就会发火，并惩罚厨师。有一次，伙食不好，堂提调很生气，马上把厨师叫来，让他跪在食堂前面的台阶上。只是由于学生求情，才饶了他。”
老北大选址在皇宫边上，离紫禁城只有几步之遥。这里原来是康熙皇帝四公主的府第。1898年7月20日，光绪皇帝上谕中批准了将“地安门内马神庙地方空闲府第”作为大学堂所在地，显示了朝廷对大学堂的高度重视。此处面积广大，有许多亭台楼阁和寺院，高耸的围墙将内外隔开，使学校十分封闭。而学生们自我感觉极其良好，他们把一间礼堂戏称作“寝宫”，装饰华丽、面积宽敞的图书馆则被称为是“公主闺房”。北大学生的优越感从京师大学堂的选址开始，就牢牢地树立起来了。在早期国外对京师大学堂的介绍中，有这样一种有趣的说法，把它称为“皇家大学”。这种说法有没有一定的道理呢？
北京大学中文系陈平原教授在讲述老北大的故事时，有一篇专门的文章——《紧挨着皇宫的大学》。世界上没有哪所大学离皇宫这么近，离皇宫近是否意味着离权力中心近呢？陈平原透彻地分析说：“在望得见皇城的地方念书，形成何种心理期待，似乎不言而喻。即使帝制已经取消，高高耸立的皇宫，依然是某种文化符号。每天阅读此符号，不可能完全熟视无睹。或者欣赏，或者厌恶，但是有一点，皇宫所包含的‘政治’、‘权力’、‘中心’等意味，很容易感染阅读者。北大师生之故意不提紫禁城，不等于毫无心理积淀。每回学生示威游行，都要在天安门前演讲，当然不只是因那里地方宽敞。进入民国以后，‘天安门’作为政治符号，取代了‘紫禁城’的地位；更因其具有某种开放性，兼有‘公共空间’与‘权力象征’的双重意义，成为政府与民间共同注目的焦点。”很有趣的是，50年代北大从沙滩迁到燕园，依然是从王公的府第到王公的府第，燕园在圆明园与颐和园旁边，颇有皇家气象。尽管从城市中心到了郊区，但北大的王公贵族气一点也没有削弱。
80年代以来，北大虽然日益平民化，但是北大人为“帝王师”的情结依然没有泯灭。在90年代，因为进入一个以经济为主导的时代，所以，以北大经济学为典型，出现了学者任不寐所说的“环中南海现象”。这批经济学家，仅仅是“环”，还没有进去，他们首先假装自己是“独立”的，并能够熟练操“西崽”语言的。从皇宫边上的大学到宠臣的花园，北大的奴性依旧，于是，北大的经济学家们染上了浓厚的幕僚情结或帮忙主义。用任不寐先生的话来说，就是“坚守在岸上大呼小叫，捕风捉影，缺乏面对社会问题的应变能力和实证性思考，没有历史感也没有现实感，缺乏现实精神和人道关怀是中国经济学的特征之一。”任不寐的批评是针对中国整个经济学界的，但是我觉得北大的经济学尤其有这种“皇家派头”，以能够被“御用”为光荣。任不寐在分析文化背景时，注意到，“士大夫是有别于百姓的。这种可怕的传统影响着我们的学者，让他们寄生在皇家俸禄和小民仰慕上，寄生在官方理论的概念和政策术语上，并只限于在书房里寻找答案。‘学而优则仕，仕而学则优’。我们发现，经济学界没有新概念，‘新概念’最早永远先见于文件而后得以引用，引用先见于‘番邦’而后得以传抄。”具体到北大的经济学家们，这一症候更加明显。北大的经济学是如此，北大的其他学科何尝又不是如此呢？对于北大来说，校园位置是否在皇宫边上或者在宠臣的花园里，并不是最重要的，而是骨子里的东西、是某种意识、是某种精神。如果北大不能根绝自身的“皇家”心态，北大永远成不了一所现代意义上的大学。
与西方大学体制的建立相比，北大以及北大所代表的中国大学制度的先天不足十分明显。中世纪的欧洲，大学最早是在教会的庇护下成长起来的。教会对大学有某种约束作用，但另一方面，也使得大学独立于世俗政权之外，获得了相对的学术的独立性。国王们是没有权力管理大学的，更不可能像中国的政府一样，详细地制定大学的教学计划，把政府所认同的主流思想灌输到大学教育中去。13世纪随着城市的成长，城市知识分子与大学之间建立了有机的联系，同时也在努力使大学从教会的阴影下摆脱出来。
法国历史学家雅克？勒戈夫在他的名著《中世纪的知识分子》一书中指出：“13世纪是大学的世纪，因为这是一个社团组织的世纪。”当时，各大学在它们出现的城市里，由于它们成员的数量与质量，是一种令其他势力感到不安的力量的表现。它们在有时与教会势力，有时与世俗势力开展的斗争中，获得了自主权。
作为一种社团力量，欧洲的大学跟教会和世俗政权两面作战。
首先是与教会作战。原先，大学成员是教士，地方上的主教把他们看作是自己的部属。教学从属于教会，大主教把大学事务委托给自己的一个心腹来管理，这个人叫“校董”或者是“总监”。他们是不愿意放弃自己的权威的，文化毕竟是信仰的问题，主教坚持要对文化进行控制，但崛起的知识分子对此进行了坚持不懈的斗争。1213年，巴黎的大学总监被迫放弃了颁发执照即授课许