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战争第一阶段的战况表明，一方面，三桂军事力量正处鼎盛，战果继续扩大，一方面，康熙正调兵遣将，部署防线，未及展开全面攻击。因此，便出现了吴军进攻，清军防御的局面，双方都不可能速胜。在清军抵住了吴军的强大进攻之后，就不可避免地形成了对峙的新局势。
到康熙十三年底，王辅。臣叛于宁羌州，在全国已形成了三大战场，这就是：以耿精忠占据福建，攻取浙江、江西为左翼东部战场；以王辅。臣、王屏藩占据的四川与甘肃、陕西大部地区为右翼的西部战场；以吴军占据下的湖南，地当全国中心，为正面的中路战场。这三大战场，无疑是以吴三桂所在的湖南战场最为重要。三桂自离云南北进，抵达湖南后，来往于常德、澧州、长沙、湘潭之间，最北至松滋，亲临前线指挥。吴军的主力、精锐近二十万人都集中于湖南一隅之地，分布在长沙、岳州、萍乡、松滋、常德、澧州等几个战略据点。其中，以七万兵力据守岳州、澧州诸水口，与驻守江北的清军对峙；又以七万兵力、总兵十余人、“猓猓”兵三千驻醴陵、长沙、萍乡诸处，抗拒江西的岳乐部清军。《清康熙实录》，卷52，19页。三桂驱使云贵土司苗、壮等少数民族的土军前来湖南助战，组成一支有四五十只大象的象军，也调来前线。采伐贵州、湖南的山木，造楼船巨舰，往来水上，控制水路。调拨四川、湖南的粮食以供军需。
三桂最重视的是岳州，特派他的侄儿吴应期率数万精兵防守。应期十分骁勇，能冲能拼，是三桂的一员得力猛将，把岳州交给他，三桂感到放心而无忧了。
岳州不只是湖南也是长江中下游“水陆冲要之地”。它位于浩瀚的洞庭湖之畔，长江南岸，三面环水，一面通陆地。而洞庭之水又与长江一脉相通，因此借助洞庭之浪，可顺水至长江，出湖南省境，水陆并行，随心所欲。而借一脉之便，从长江即可进入洞庭，入湖南省境，必经岳州。南北东西，行旅转运，欲得水陆兼有之利，岳州乃不可逾越之区。在军事上，得岳州，可控制湖南之命脉，可断南北交通，故此城为兵家必争之地。三桂刚起兵时，康熙已洞见岳州极端重要，严令驻防部队“宜亟固守”；同时，又派出都统觉罗朱满、一等侍卫毕桑阿等率增援部队水陆兼行，速往协守。《清康熙实录》，卷48，11页。岂料清军未及固守，岳州已为吴军袭取。三桂以岳州为他在湖南立足的一个战略支撑点，集兵七万。特令吴应期加强防守。他动用大量人力物力，在岳州城内外构筑防御工事：在城外陆路一面，挖通三道壕堑，筑堡垒，设陷坑、鹿角、挨牌，以阻止清步骑兵攻城。在洞庭湖峡口处，攒立梢桩，以阻止清水军船只进入湖内，守备相当严密。同时，三桂又在澧州、石首（今仍名）、华容（今仍名）、松滋等处派驻重兵，与岳州成掎角之势。三桂把岳州的存亡，看成是他的生命线，据投诚的吴军守备薛麟兆所见，三桂时时关注岳州的防御，还特派他的护卫至岳州，向应期传达方略，“令贼将坚守，且趣进兵”，由此看来，三桂作了长期固守湖南的打算，这大概就是他企图划江为国的计划的一部分！
清军失守岳州后，康熙一再严令催促清统帅尽快夺回。康熙十四年六月，他特派多罗贝勒尚善为“安远靖寇大将军”，同固山贝子章泰、镇国公兰布率蒙古兵四千、旗下兵的一半攻取岳州。命将军尼雅翰、都统朱满、巴尔布、护军统领额司泰参赞军务。《清康熙实录》，卷48，14页。清军侦察岳州城防御情况，深感吴军“据守颇坚，难以进取”。康熙便改变作战计划，命令将军尼雅翰率部赴江西，与副都统甘渡海兵会合，并率袁临总兵赵应奎，由袁州进取长沙，夹攻岳州。
与岳州隔江相望的是清军大本营荆州。康熙一开始就选取此城，作为战略重点进行布防。他正确地估计到吴军北上，必走湖南渡江，因此，他力图凭借长江之险，在荆州布防，拦腰阻拦吴军，使其不得渡江，在此顶住吴军的军事压力，便可集结大军，作为渡江反攻的基地，进行充分的准备。只是三桂进至长江南岸，便停止前进，才使康熙的这一战略计划得以侥幸实现。否则，吴军及时渡江，长驱直进，荆州尚未设防，肯定会使局面为之改观！这就是三桂的战略失误，促成了康熙的成功。
吴氏政权的覆亡，招致整个家族的毁灭。吴氏是一个庞大的家族，几乎没有一个善终的。除了吴三桂和他的妻子张氏死于昆明城陷之前，免受斧钺之苦，其余无不死于非命：其子、孙、侄如其子吴应熊、其孙世霖、世В段庥ζ凇⑴龅鹊龋虿宜烙阢谙拢虮忻。蛞杏诠遥蛳嗖杏谙羟剑堑募沂艋蛑炅溃蛎蝗牍俑鸬拿梨啾欢嵴肌Ｋ⒒呐哟蠹也灿谝蝗罩浠谟小＝峋质呛鼙业摹Ｈ鸬牟渴簟⑼苏撸涫滓肿雍凸歉梢布负跄烟佣蛟耍追妆谎荷隙贤诽āＵ馐侨鹗О艿闹苯雍蠊弧�
吴氏满门灭绝，并未使康熙和廷臣们感到丝毫怜悯，相反，他们认为必须这样做。他们看到吴氏家一颗颗人头落地，报以满意的欣慰。政治。斗争如同战场上两军格斗，你不杀他，他一定会杀你，二者必居其一。谁若手软，或稍一迟疑，性命就会被对方取去！所以，同自己的最危险的政敌作殊死之斗，根本不需要怜悯，也不需要有点滴的同情，要的就是铁的手腕，流血的镇压。这才是一个政治家的特色呢。康熙当之无愧！战争已经结束了，一切生死予夺大权重新操在康熙和朝廷之手。本来，乱源业已清除，照理说，一切都成为过去，应面向未来，如何治理国家。但是，事情远未结束，他们还感到只镇压吴三桂一族还是不够的，必欲把其党羽全部干净、彻底地消灭掉，如斩草必须除根，不留一点儿令人不安的隐忧。于是，清洗与镇压同时进行……
在战争进行期间，康熙为了分化、瓦解和孤立吴三桂，一再施以招抚之策，百般诱使“归正”。政策相当宽大，待遇相当优厚。不管谁在吴氏政权中任何种职务，犯有多么严重的“情罪”，只要放下武器，立即会得到极优厚的待遇，对以往之事，一概免究。康熙表示，“朕决不食言”，可“昭之日月”。这些诺言，都行之于文字，载入件件诏书之中。可是，当战争胜负已成定局，特别是在攻下昆明之后，康熙马上想到处置已降的吴三桂的党羽，时机已经来到。在他的指示下，朝廷开始甄别，以种种理由和口实，将已降的原属从叛的骨干分子逐一查出，定罪处死。举其要者，叙其原委，以明历史真相。
在响应吴三桂起兵的政治势力中，最重要的人物莫过于靖南王耿精忠了。他在福建起兵，给三桂以巨大的支援。至康熙十五年冬投降，康熙既往不咎，免去一切处分，恢复其靖南王爵，他的属下人官职如旧，他主动要求随大军剿台湾郑氏之军，正合康熙之意，要他“立功赎罪”。他在收复福建沿海被郑军占领的泉州、漳州后，驻守潮州。次年（康熙十六年）四月，精忠为表达自己的忠心，把自己的儿子耿显祚送入京师侍奉皇帝，实则是送“人质”，消除朝廷对自己的疑虑。
十一月，藩下参领徐鸿弼、佐领刘延庆、护卫吕应晹、典仪陈。良栋、护军苏云会等人联名向兵部揭发精忠“归顺后尚蓄逆谋”的罪行五款：（一）违背康亲王杰书之命，不全部供出“奸党”人员；（二）暗中勾结“海贼”（指台湾郑氏），互通音讯；（三）曾与叛将刘进忠“执手耳语”，说：“乞降非所愿”；（四）暗令心腹储藏铅药，等待“异日取用”；（五）遣散旧兵归农，令他们各携武器走，不准留给征剿的清军。尤其是在投诚前杀死范承谟以灭口，足见其罪重大，兵部大臣以徐鸿弼等人揭发信上报给康熙。
精忠的弟弟昭忠正在福州，他事先已得到徐鸿弼等人的揭发信，也将此事及时向康熙做了报告。《逆臣传？耿精忠传》，卷2，35页。
康熙扣留了上述报告，隐而不发。主要原因是时机不成熟，此时正征剿吴三桂，必须稳住已降但心怀疑惧的这批人，惟恐打草惊蛇，再生意外。还将影响到未降的人不敢来降。至十七年春，才令精忠从潮州回福州驻扎，令其弟昭忠携其祖父耿仲明骸骨还京。至秋，吴三桂去世，加速了吴军的崩溃，清朝形势顿时大为好转。康熙开始考虑如何处理精忠。他虽然已降清朝，但康熙仍把他视为一只猛虎，担心他留在福建如放归深山，不知何时会再出来作乱！他要把他擒住。可他不想鲁莽行事，他要一步步去做，不动声色。他先给康亲王杰书一封密信，说明他不撤精忠的王爵，是为了稳住他及其藩下之众。现在如下令让精忠来北京，又怕他生疑惧，“变生意外”。康熙授意康亲王可暗示精忠，让他自己主动提出进京陛见皇帝，他即可批准。这样做，不但连精忠，就是他的部属也不会生疑的。恰好康亲王也报告精忠的罪行，请求逮捕处死。康熙不赞成，说“逆党”“归正”的不止千万，如将精忠马上处死，其属下或其他余党可能要寒心，如果他能自请来京，那么一切都会顺利、平安无事。他要康亲王“当加意开导”他。其实，康熙的这番话也不是心里话，他自有打算，不便过早地告诉他，免得他坏了自己的部署。
康亲王杰书做了一番工作，精忠料知躲不过，于康熙十九年三月上疏，请求入京觐见。康熙立准，命马九玉为福州将军，管辖靖南王藩下部队。精忠到京不久，其弟阳忠、聚忠又联合揭发了精忠叛逆罪行，请求予以严惩。他们一再要求惩治自己的兄长，一则划清界限，免使自己受连累；一则很可能已了解康熙和朝廷的意图，及早上疏，变被动为主动。
精忠这只“虎”已入笼中，惩治的时机已经成熟。于是康熙批准了昭忠兄弟的请求，连同以前扣留未发的揭发材料一并交给法司进行审问。精忠极力分辩，自陈他“归顺后，绝无叛志”。然而，从康熙到朝廷必欲惩治，已是既定方针，他的分辩有谁去听一句！法司即以所揭发的事实定成叛逆罪，议决严处：应革去精忠王爵，与其子耿显祚及骨干分子曾养性等人俱应凌迟处死，家产籍没。康熙打算等把所有逆党要犯捉拿到京时再“核议”，暂时把精忠看押起来。这时，他采取措施彻底解决耿藩的问题：迁移精忠的亲属归旗，原属精忠的旧
部在浙、闽当官的都还京；马九玉也被解除职务归本旗。这一措施，便把耿藩从组织上彻底瓦解，不复存在了。以上见《逆臣传？耿精忠传》，卷2。36~37页。
就在耿精忠被授意进京“陛见”时，即康熙十九年三月，尚之信的护卫张永祥、张士选也赴京“首告”之信“谋叛事”。世祖与议政王大臣密议：命刑部侍郎宜昌阿等人以巡视海疆为名赴广东，调查之信的罪状。同时携张永祥、张士选同回广东，秘密询问都督王国栋、之信的弟弟副都统尚之璋。国栋也参与揭发之信的事件。他曾表示，他可以将之信逮捕。康熙很信任他，即委以此任。揭发尚之信的还有他的两个母亲舒氏、胡氏、总督金光祖等人。此时，之信正在广西平叛，他要求撤还广州。康熙指示，宜昌阿等抵广州后，可详察具体情况，如应撤还，即报告说广州“不可无之信”，可以将他一人调还广州。嘱宜昌阿不要过多株连，如发生意外，可“酌便行事”。宜昌阿等钦差按上述旨意，离京南下。《平定三逆方略》，卷51，1~2页。他到广州后，发现城内无满兵，便在半夜密调赖塔部满兵二千入广州，以防意外。
尚之信对朝廷密谋逮捕他一概不知。这时他还在为平叛效力，提议会同镇南将军舒恕所部从贵县（广西贵县）、他同总督、提督两臣由浔州（桂平）水陆进取武宣（广西武宣）。康熙批准了他的进兵计划。《平定三逆方略》，卷51，5页。之信很快夺取了武宣。
康熙表面上批准之信进兵武宣，而暗中指令“密图擒拿”。宜昌阿至广州即设计逮捕他。《清康熙实录》，卷90，17页。宜昌阿与王国栋等密谋，密令总督金光祖、提督折尔肯、总兵官班际盛、副都统金榜选等赴武宣逮捕之信。之信毫无思想准备，�