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此时织田信长正在为武田胜赖而头疼，于是当富田长繁写信说自己并无叛意的时候，他也就顺水推舟，给了对方越前守护代的职衔。可惜长繁也同样不得人心，北陆一向宗总大将下间赖照和军师七里赖周趁机潜入越前，随即召集一向一揆十三万大军包围了长繁的本城府中。长繁出城逆击，大破敌军，但在追击过程中被不满的部下暗杀，一向一揆随即控制了整个越前国。
于是，在长筱击败武田胜赖以后，织田信长率军再征越前，朝仓氏旧臣纷纷响应，一路势如破竹，一向一揆势分崩离析，很快就遭受到大屠杀的凄惨命运。据说越前各一向宗寺院的主持都被织田军搜出处以磔刑，参与暴动或被怀疑参与暴动的百姓则全被斩首，前后杀死三到四万人，越前几乎变成“血国”。
战后，织田信长增筑北之庄城，以重臣柴田胜家为城主，并将越前八个郡作为胜家的封地，剩余的大野郡封给金森长近和原长赖，府中周围两郡封给佐佐成政、前田利家和不破光治——人称“府中三人众”——作为胜家的与力（副手），全权委托北陆军事。
这是织田氏第一个军团——北陆军团——组建的开端，然而军团长柴田胜家所获得的权力并不完整，织田信长留下了九条法规来约束他的职权范围，胜家等人依旧牢固地置留在织田氏统一的政治结构中。这与旧时代的分封制度有着本质上的区别，后来德川幕府在其基础上建立了完整的诸侯管理体制。
次年为天正四年（1576年），元月，织田信长命令丹羽长秀在近江国安土山上修筑一座前所未有的宏伟城堡，作为自己新的主城。这座安土城先后修建了三年，至天正七年（1579年）正月方才完工，它是织田氏政权的标志，也是“安土时代”名称的来源。
安土有“平安乐土”之意，安土城构造极其雄伟：城与丘陵东西相连，西北有安土山；城郭建于突出琵琶湖面的小半岛上，三面围以湖水，因奥岛、伊崎岛而与琵琶湖分开，成为方圆二里许的内湖。城内分本丸、二丸，均建于中央丘陵之上，后面则为长方形的天守阁——信长改变了天守阁的旧名，而呼之为“天主台”。这与其说他是亲近天主教，不如说他是自命为日本的“天主”，将以此城君临天下。
四月，织田信长再度对本愿寺用兵，派遣荒木村重、细川藤孝、明智光秀和原田直政四将从海陆两线展开进攻。本愿寺中此时也集结了上万兵马，面对汹涌而来的织田军，以铁砲和弓箭顽强抵抗。织田军不敌退却，信长的爱将原田直政命丧荒野。
原田直政之死，使织田信长大为恼怒，立刻亲往前线，统率三千精兵，冒着来自敌方雨点一般纷飞的枪弹，杀开一条血路，攻克四天王寺，追击到城户口，斩杀石山军两千七百余人。本愿寺方被迫收缩阵线，于是信长就在石山四周构建起十余座城堡，命佐久间信盛、松永久秀、水野信元等将守备，意图切断外援，将敌人困死、饿死。
然而织田信长的如意算盘很快就被打破了，在显如上人和足利义昭的请求下，中国地区最大的势力毛利氏派遣水军前往增援石山本愿寺，并运送粮草物资。毛利水军主要由濑户内海贼大名三岛村上氏（因岛、来岛和能岛），以及儿玉、粟屋等直辖船团组成，巨大的战船足有七、八百艘之多。
面对强敌，负责警护水面，阻断本愿寺外援的织田方将领真锅七五三兵卫、沼野传内等人匆忙率各色战船三百余艘前往迎战，这就是第一次木津川口海战。在众寡不敌的战斗中，无数火矢和焙烙玉（火药球）落在织田水军头上，毛利水军在付出很小的代价后，就将织田水军击灭，真锅、沼野等将全部战死——对本愿寺的包围圈就此被撕裂了。
铁砲的传来
日本人称火枪为“铁砲”，这种新式武器是战国时代由葡萄牙人传入的。在此以前，日本人已经会使用投掷火器，比如“焙烙玉”，但还不会使用管状火器。管状火器最早是我国唐代发明的，后来传至阿拉伯世界，阿拉伯世界再传欧洲。相当长一段时间内，东西方管状火器各自发展，到了明朝初期，中国已经拥有了世界上最庞大的火器部队“神机营”。明朝中期以后，欧洲的火器技术逐渐赶超中国，技术回流东亚，日本就是在这种情况下得到了管状火器（当时主要为火绳铳）技术的。
天文十二年（1543年），一艘葡萄牙商船被台风带到了日本九州南端的种子岛，当地领主种子岛时尧初次接触到了火绳铳，立刻以重金买下两支，这一事件即被称为“铁砲的传来”。但是得到了铁砲，并不意味着懂得使用，更不意味着懂得制造。传说种子岛时尧下了很大本钱，甚至把自己的女儿都送给葡萄牙人为妻，这才终于搞到了制造工艺——此后“种子岛”也就变成了铁砲的代称。
第三年，被后世称为“萨摩铁砲锻冶之祖”的名工匠八板清定在种子岛时尧的支持下，终于仿造出了日本自己的第一支铁砲。从此以后，这种新式武器在乱世中很快传播并普及开来。然而到了战国后期，最著名的铁砲制造场却并不在九州，而在濑户内海东端的畿内地区，这里逐渐产生出纪州、堺和国友三大制造基地。
当时的老式火绳铳非常落后，不但瞄准精度差、射击距离近、故障发生率高，并且最要命的是射击速度慢得惊人：第一步，先要打开火药袋，取出一定份量的火药放入铳管，再用铁钎舂实，然后放入铅弹；第二步，磨擦火石，点燃火绳；第三步，瞄准目标，扣动扳机，使火绳落下点燃火药。因此最初铁砲并不被重视，只作狩猎和狙击敌方将领之用。战国群雄中，第一个将铁砲大规模运用到实战中的，乃是甲斐的武田信玄。
然而，靠着铁砲群发威力打赢一场战役，并从而名垂青史的，却是织田信长。传统认为他在长筱合战中集中了破天荒的三千支铁砲，运用革命性的三段射击术，从而使强大的武田骑马武士成片倒下，溃不成军。然而事实上，三段射击——即将铁砲兵分为三组，一组填弹，一组瞄准，一组射击，如此则可在短时间内最大程度集中火力，提升射击威力——并不新奇，更不神秘，我国早在汉代就曾有过弩矢三段射击的先例，其原理和铁砲的三段射击并无二致。
当时全日本最强大的铁砲集团，要数纪伊的杂贺党，杂贺党也能轻松聚集起上千支铁砲，并且射击高手比比皆是。杂贺党在石山战争初期曾站在净土真宗一边，利用强大的铁砲技术协防本愿寺，屡次给进攻的织田军以沉重打击。织田信长或许就是在与他们的对战中，轻易学到了铁砲三段射击的技术。
●毛利氏的壮大
毛利元就于弘治元年（1555年）通过严岛合战杀死了强敌陶晴贤，随即命三子分道直进，很快就灭亡大内家，吞并了防长两国。其长子、家督毛利隆元还将军势伸入九州，在丰前门司城大破丰后守护大友义镇。
转过头来，毛利氏又东进与尼子氏争夺石见诸豪族的支持。永禄三年（1560年），正亲町天皇即位，因献纳继位费用之功，毛利元就被封为陆奥守，隆元封大膳大夫，元春封骏河守。同年，幕府将军足利义辉促成毛利、尼子两家和谈，并赐隆元安艺守护职。十二月，正当壮年的尼子晴久去世了，其子义久继承家督之位。
此后三年，毛利氏东击尼子，西战大友，虽然仍是两线作战，但强弱胜负之势却与灭亡大内氏以前全然不同了。最终，在足利义辉的调解下，毛利元就与大友氏和睦，为隆元之子幸鹤丸和大友义镇之女商定婚事，毛利隆元更获幕府赏赐备中、备后、周防、长门四国守护职。
停止了西方战事的毛利元就倾全力向东，先后取下白鹿、江尾等重镇，击破尼子伦久（义久弟）、龟井秀纲的援军万人，最后团团围住尼子居城月山富田。这场围城战打了相当长的时间，直到尼子义久中了反间计，杀死老臣宇山久兼父子，导致军心混乱，局势才一发不可收拾。永禄九年（1566年）十一月，义久兄弟出城降伏，随即被送往安艺高田郡圆明寺幽闭起来——东中国地区曾经的第一豪强尼子氏就此灭亡。
其间在攻打名将松田诚保驻防的坚城白鹿城的时候，毛利氏当主隆元突然去世，享年四十一岁——传说他是被人毒死的。于是，毛利元就临时离开战场，回到吉田郡山城，为隆元十三岁的遗子幸鹤丸举行正式的元服仪式，并确定他为新的一门总领。幸鹤丸获得将军足利义辉赐字，取名为少辅太郎辉元。
此后数年，北九州战火再开，并且毛利氏南下将势力伸向伊予。仿佛一位英雄已经度过了他最辉煌的青年时代，现在的毛利氏，只是缓慢然而稳固地成长而已，过去的强大扩张态势，已经逐渐消失了。
就在这种背景下，尼子氏在山中幸盛等人的扶持下一度复兴。山中幸盛，通称鹿之介，乃是尼子氏谱代重臣山中三河守满幸之子。鹿之介十六岁的时候初阵，讨取了山名家勇将菊池喜八，威名大盛。永禄八年（1565年），鹿之介年仅二十一岁，毛利氏的尼子侵攻战开始了，毛利军总兵力三万五千，势如破竹，包围了尼子居城月山富田。
毛利方勇将品川大膳立马饭梨川边，看到一名身着赤丝威大铠、头戴鹿角胁立兜的武将在对岸驰骋，于是放声挑战。来将正是山中鹿之介，他大喝一声，接受了一骑讨，拔刀绕水来斗。品川大膳弯弓发箭，被鹿之介躲过——四周军兵齐声吆喝：“使用弓箭，何等的卑怯！”大膳于是抛却弓箭，提刀来迎。二人你来我往，反复数十回合不分胜负，最后全都下马掷去太刀，以短刀“组打”。先是大膳占了上风，把鹿之介压在身下，但很快就被对方巧妙地扳回了上风，并以迅雷不及掩耳之速，将短刀插入大膳的腹部。
山中鹿之介割下品川大膳的首级，大喊道：“今天，出云的鹿杀死了石见的狼（大膳名为狼之助胜盛）！”尼子阵中欢声一片。这段故事记载于《云阳军实记》中，鹿之介的勇名从此响彻整个中国地区。
然而，一将的勇斗无法挽救家族的灭亡，月山富田城终于陷落了，山中鹿之介流浪到京都东福寺，出家当了和尚。传说他对着家传的三日月鹿角兜发誓，宁愿天降七难八苦到己身，也要复兴尼子家。永禄九年（1569），鹿之介召集了各地流亡的尼子旧臣，拥立新宫党孑遗孙四郎胜久为主，在出云忠山，再度举起四目结（尼子氏家纹）的旗帜。一个月后，他更收复月山富田城。
次年（1570年）二月，吉川元春统率一万四千大军再次包围月山富山城。鹿之介以七千兵在城南布部山与战，大败而走末石。元春攻克富山，再取末石，鹿之介孤城难守，被迫出降，遭到幽禁。
初次起兵虽然失败了，但是山中鹿之介的决心并未因此动摇，他用诡计脱出囚禁，逃往近畿，暂时依附于织田信长。信长称赞鹿之介是真正的武士，赏赐名马四十里鹿毛，支持他回家乡去再和毛利氏捣乱。
几乎同时的元龟二年（1571年）六月十四日辰刻，毛利元就因为食道癌，病殁于吉田郡山城中，享年七十五岁。此后毛利氏就在毛利辉元的统治下，由辉元两位叔父——吉川元春和小早川隆景为辅佐，缓步向东扩展势力，终于加入了织田氏和本愿寺的战争。
●石山战争的终结
第一次木津川口海战结束后，为了重组对本愿寺的包围，天正五年（1577年）二月，织田信长亲统大军南下征讨纪伊的杂贺党。杂贺地区聚集着许多闻名遐迩的忍者武装集团，同时也是日本三大铁砲产地之一，长年来与石山本愿寺互通声气。织田军数次进攻本愿寺，都在杂贺党的铁砲面前吃过大亏。织田信长希望可以通过征服杂贺，斩断本愿寺显如的一条臂膀。
杂贺的根来寺暗中与织田信长联系，愿为内应，信长于是整军前往。经过一个多月的激战，土桥平次、铃木重意（杂贺孙一）、冈崎三郎大夫、松田源三大夫、宫本兵大夫、岛本左卫门大夫和栗村二郎大夫等七名杂贺首领联名签署誓书，表示臣服于织田氏。
天正六年（1578年）十一月六日，爆发了第二次木津川口海战。为了重组对石山本愿寺的包围圈，为了击败毛利水军，控制濑户内海，其实在去年第一次木津川口海战败退后，织田信长就下令九鬼嘉隆在伊势湾建造六艘巨大的新式战船。九鬼氏本是志摩国豪族，拥有强大的海军力量，还曾经作为倭寇的一部分，侵扰过我国东南沿海，因为船上习惯打着“八幡大菩萨”的旗帜而被称为“八幡水贼”。九鬼嘉隆是