10时正，徐在居仁堂南向，向议长及议员宣读誓词，词毕转北向，与议长议员同向国旗三鞠躬，礼毕议长议员转东向，阁员及文武百官西向，徐立于礼台宣读就职宣言。读毕，各行三鞠躬礼庆贺，10时半外交团入贺，11时清室代表入贺。
徐世昌就大总统后的第一道命令是：内阁总理段祺瑞辞职照准，派内务总长钱能训暂代总理。徐想仿照黎元洪对孙中山先生的前例，聘冯国璋为最高顾问，冯也学孙前例表示不受。
冯段之争到此告了一个段落，也可说是两败俱伤，冯在事实上困倒了段，段在法理上打倒了冯。不过段还坐在参战督办位子上，仍有他的威势，他下台后，竟一次查封北京报纸八家，这些报纸因为载有一亿大借款事。至于冯则躲在帽儿胡同私寓真正做了个下台总统，不闻不问。
段虽然把徐捧了出来，可是徐上台后并不是傀儡，自有一套作法，而其作法又大同小异于冯，仍要走和平之路，这是段所始料不及的。
冯在总统任内所坚持的政策并不错，也可说他正符合全中国人民的愿望，求取和平，他也许有私心，要和皖系主战派唱反腔，但毫无问题他的立场是对的。他下台后郁郁困居帽儿胡同。一年后，8年12月28日，这位北洋三杰，做过大总统的冯国璋寂寞地病逝，享年六十有二。他病危时召张一麐口授遗言给徐世昌，望和局早成，以不能亲见统一为憾。他殁后，全国下半旗三天哀悼。
一四三、副总统难产
当徐世昌获选总统发出歌电后，吴佩孚即表示了和北洋军阀不同的意见，他于9月13日在衡阳回答徐世昌的歌电，他说：
“总统选举必须出于真正民意。我国旧国会分子固属不良，而新国会议员不但由金钱运动而来，且西南五省均不选送，似此卑劣不全之国会，安能为全国民意代表？公若就职，民国分裂由公始。师长等不敢为公贺，且将为民国吊。公若趁此未就职之前，毅然为和平表示，出任调人领袖，敦促冯代总统颁布停战命令，先解决时局以谋统一，国会议员另行改选，将来总统舍公莫属，此则师长等所为预贺者也。”
吴的口吻完全和西南领袖一样。
9月14日曹锟发表寒电，不提主战主和，只说“阋墙之斗，权利之争，不宜再见。”这等于是反对继续战争。
9月20日吴佩孚回答曹锟的寒电，建议请长江三督继续担任南北间的“调人”。并请加入东海先生（徐世昌）为调人领袖。这个电报得到苏军将领白宝山、张仁奎、马玉仁、杨春普、陈调元等的响应。这是曹锟、李纯两个支系的直系军人大合唱，是新主和派和旧主和派合流的一种趋势。
9月26日，湖南战场上的南军将领谭浩明、谭延辏А⒊糖薄⒙砑谩⒗钍槌恰⑽と俨⒄牌溟B、林俊廷、陆裕光、赵恒惕、林修梅、黄克昭、马洌А⑺魏赘⒘渭叶啊⒙车悠健⑼醯们斓龋本煳馀彐凇⒗羁⒀畲浩铡⒎胗裣椤⒄抛诓⑼醭斜蟆⒀窒辔摹⑾粢稀⒄叛а铡⒄鸥＠础⑴撕杈⒄趴搜攘⒊銮薜纾搿胺氪芡嘲洳纪Ｕ矫睿Ｏ壬鋈蔚魅肆煨洌芫允埂⒊そ剿Ъ搬⒙搅阶懿猛５魅嗽鹑巍！闭飧龅绫ń本┱刖搅性谇懊妫俏馀彐谒鞲澹蚰暇旖ㄒ椋昧厦宕虺鋈サ摹Ｕ馐亲源幽媳闭秸岳矗媳本肆掀鹄矗炊员毖笈闪煨涞牡谝淮巍６远戊魅鹄此担袷堑卣穑袷腔鹕奖ⅰＲ郧八溆斜狈骄酥骱偷囊槁郏墒侨床皇悄媳本肆显谝黄鸬男卸Ｏ衷谖馀彐诔龅摹昂推较贰保词侨娴模餐摹Ｕ飧鐾ǖ绲酱锉本┦保哺Ｏ档姆肿踊抛饕煌牛侨伦潘担骸拔庑悴旁旆戳耍 �
段祺瑞则气得话都说不出来，他认为这不是主和主战问题，而是北方将领背叛、通敌、降敌的问题。他要以通敌有据的罪名下令讨伐吴佩孚。但他的左右劝他忍耐，因为主战派已无可用之兵，讨伐令只是虚声恐吓，而吴佩孚现在是常胜将军，不会被吓倒的。
安福系议员邓熔在参议院提出惩办吴佩孚的紧急动议，但另一安福系议员张敬舜（张敬尧的兄弟）反对，因此不提付讨论。众议院议员贺得霖提出惩办吴佩孚的建议，也只能交付审查而无下文。
曹锟在保定，被他的爱将吴佩孚的一连串政治攻势搞得目眩五色，置身无地。因为他究竟是吴佩孚的直接长官，为什么竟没有半点影响力和约束力，所以他很难自解的。
9月30日曹锟不得不发出两个电报，一个电报致吴佩孚，告诫他：“嗣后一切行动必须请命而行。”一个电报致北方各省，表明自己态度：“以此言护法，恐终不能造成法治；以此言和平，恐终不免于战祸。……国家前途，必须中央有所主持，庶几政局重新，乱源可弭。”
段祺瑞虽然不敢下讨伐令，但也不能不表示自己的态度。9月30日他以国务院名义通电驳斥了南北军人的联名寝电。随后北洋军人纷纷起而作应声虫，倪嗣冲斥为“谬谈法律，破坏大局”。杨善德斥为“曲说乱真，逞以欺世”。阎锡山斥为“妄谈法律，徒逞私见”。长江二督之一的王占元也认为“吴师长竟与南方诸将领联合署名，不胜诧异。院电驳斥，义正词严。一隅之论，不足以淆惑观听”。张敬尧因为在长沙，对吴不敢过分指责，只说：“敬尧惟知服从中央，不知其他”！
至于张作霖，他早于9月8日被北京政府任命为东三省巡阅使，地位在北方各省督军之上。他于10月2日发表冬电说：
“前当谭浩明等抗命之初，作霖曾派少将刘鸿恩晋谒大总统请示方略，奉论张督若有一师相助，即当从事讨伐。迨长岳沦陷，作霖复派刘少将依前晋谒，奉论如初。曹经略使之南往，亦奉大总统明令，复由大总统颁布气死、羞死之通电。是政府之主战政策，作霖与各省同志一致赞成，均系服从大总统者。……其他依法选举两院议员，依法选举大总统，亦均奉大总统命令而行。而彼等一则曰不完全，再则曰非真正民意。所谓不完全者，乃削除叛乱分子耳，非真正民意者，仅无暴动分子耳！……近闻有人因国会已成，大局渐定，急思设法破坏，以遂一己之私，不惜辇金四出运动，淆乱视听，破坏国家。此等佥壬，是真民贼，人人得而诛之。作霖正拟查访明确，联合同志，呈请元首依法惩办，以谢国人。”
10月3日以谭浩明、吴佩孚为首的南北军人继续发表讲电，对驳斥寝电者予以驳斥。讲电说：
“驻湘双方各军，因受中日军事协定之刺激，同谋息争御侮。自六月廿五日停战，迄今已四阅月。师长等屡请中央频布罢战明令，而合肥（指段）斥西南无诚意。师长等不得已本诸公理，再拟通电，征求西南同意，于寝日联名拍发，可见西南谋和诚意，信而有征。乃合肥仍不加察，谓为莠言惑众，破坏大局。夫和则全国一家，战则南北分裂，究竟大局在和乎在战乎？……如云国会非由强造，何以不令西南各省选送议员而任意指派？如云选举合法，何以九月鱼日合肥劝徐就职通电，除却西南五省？是合肥自认为不完全之总理，且将强东海为不完全之大总统也。保全大局者，果如是乎？纵使合肥自认为不完全之总理，窃恐东海未必甘认为不完全之大总统也。纵使东海甘认为不完全之大总统，而军民各界不肯甘心为不完全之中国人也。……总之，正义所在，是非自有公论。全国人之心理方为真正民意，非强造者所能假托，非强词者所能狡辩，更非一二人之言所能厚诬。”
段祺瑞对吴佩孚的憎怒到了极点，可是形势比人还强，吴佩孚所据有的形势已得到广大人民的拥护，段为了投鼠忌器，又不能对他采取过分的行动，于是只好再回过头来拉曹锟。自徐树铮私下答应支持曹锟为副总统后，由于吴佩孚的行动，段早否定了曹的副总统，现在为了缓和吴佩孚，于是又旧话重提，支持曹锟为副总统，以交换吴佩孚不要再反对安福国会，割断吴和西南方面“合唱”和平的论调。于是，段派京师警察总监吴炳湘前往保定，向曹锟说明，即日进行副总统的选举，将以曹锟为唯一候选人。又派国务院秘书曾云沛前往奉天去见张作霖，劝他顾全大局，同意曹锟为副总统。同时授意安福国会，不要再提关于惩办吴佩孚的一切动议。
曹锟在保定颇有两面作人难之苦。北方皖系对他误解甚深，而吴佩孚又不听话，他认为副总统已没有希望。怎知段的代表吴炳湘却带来了好消息，他真是喜出望外，马上派曹锐到北京进行副总统的竞选活动，同时派另一位兄弟曹钧到奉天拉拢张作霖。
10月3日安福系的国会议员举行茶会讨论选举副总统问题，众议院议长王揖唐宣读了段祺瑞向国会推荐曹锟为副总统的信，内云：
“燕孙、一堂议长执事：比者副总统选举，诸君应有一致之主张，祺瑞与安福诸君子本有一日之雅，敬举所知，以备参考。曹经略使督战湘中，功绩昭然，维持大局，不为异说所挠，若能当选为副总统，必能翊赞元首，尊重法律，裨益国家，区区一得，尚希鉴察及之。专此敬颂议祉。段祺瑞拜上。”
王还补充说：“芝老功成不居，推贤选能，他的人格何等可钦，我们应该顺从他的意旨。”
在这茶会上大家决定于10月9行进行选举副总统。10月6日安福俱乐部举行干事会议，段命徐树铮出席，说明推荐曹锟为副总统的原因。但是，安福系议员认为他们选徐世昌为大总统已经尽了义务，现在选副总统不能再尽义务。换句话说，如果要他们投这神圣的一票就要有代价，而曹锟又不肯出钱，他认为北京政府还欠他的军费。这一来，就苦了王揖唐，经过他的奔走，决定由北京政府付还曹锟军费150万元，用这笔钱移作副总统的运动费，规定每张票2000元，当晚签发支票。
曹锟认为天下事已定，自己做副总统的美梦立刻就要实现，他盼望10月9日早些到来，不料当这天两院议员举行副总统选举的联合会时，议长梁士诒正在主席台上等待到达法定人数进行投票。可是出席的议员却是小猫三两只，稀稀落落，一点也不踊跃。秘书处打电话四方去催，也不见来，上午的会就流产了。下午继续开会，到的人仍很少，王揖唐建议一方面把议会大门关起来，只许进不许出，一方面派军警四出拉人，以凑足法定人数。他的建议才一宣布，就看见坐在议席上的议员纷纷夺门而出，拉的人还没有来，已来的又走了大半。
于是副总统的选举又流产了。
皖系虽然由徐树铮一手组成了安福系的国会，可是就在选出徐世昌为总统后，这个“段记的安福国会”却起了变化。因为研究系是不与安福系合作的，研究系在10月8日开了一次会，决定选举冯国璋为副总统，反对选曹锟，如果段系一定要选曹锟，研究系就以不出席为抵制。不过研究系议员人数很少，在国会中无足轻重。但另一个素与安福系合作的旧交通系议员人数却不少，他们竟也和研究系采取同一立场，不出席选举会，于是选举副总统的大会就因不足法定人员而流产。
10月9日，选举副总统大会进行的下午，旧交通系议员有50余人到万牲园参加周自齐出面邀请的游园会，没有工夫参加选举。安福系在选举会中集中向梁士诒施压力，梁士诒不得已只好写一个便条，交给刘恩格、杜持、王印川乘坐汽车到万牲园，想把这些游园的议员请回去投票，可是这些议员们却故作闲情逸致，拒绝离开万牲园。这时王揖唐也赶了来，他坐了一部大汽车，死拉活扯，才拉了八位议员。
议员们对投票冷淡的另一原因是因为看见报载，曹锟以10万元纳刘喜奎为“簉室”，甚为寒心，认为一个刘喜奎要值50个议员的身价，因此都骂曹锟悭吝。可是曹也有他的道理，他想你们选我来保你们的江山，还要我掏腰包，太不公平了。选徐时，一切活动费是在借款项下开支，选我的运动费却要我在我的军费中开支，更不公道，何况我已汇过80万，不能再拿钱了。
10月9日选举副总统会流产后，又定10月16日继续选举。王揖唐知道旧交通系的杯葛，与徐世昌态度有关，于是他邀梁士诒一同去见徐，请徐表示一个明朗态度，可是徐说：“以我今天所处的地位，对于副总统应当速选、迟选以及选何人，都不便表示意见。”
10月14日，周自齐又邀了一批议员到天津去，把自己在英租界球场29号私邸让出来作议员总招待所，另在四家天津著名的旅馆分设四个招待所，议员们陆续到天津的，约有140余人，他们饮酒看花，征逐花草，及时行乐，意兴盎然。当他们兴尽后，乃开了一次谈话会，准备联名推出促进南北和平，推迟副总统的选举两项建议。而旧交通系