教，当时使用的几份希腊文教义之正式声明保存至今，也是研究摩尼教的宝贵资料。
拉丁文史料中，最突出的是圣奥古斯丁（354－430）的著作。他曾有九年之久是摩尼教的听者（普通信徒），后改宗基督教，391年任神甫以前，就写了《意志的自由选择》、《论天主教会的道德》、《论摩尼教的道德》、《真的宗教》等五篇反对摩尼教的论著；任神甫以后，391年出版了短篇论文《信仰之利》，接着写了小书《两个灵魂》。次年出版《与福图那图斯论战》，稍后出版《驳题为基本原理的摩尼教书信》、《反福斯特斯》、《善的性质》等反摩尼教著作。此外，在《忏悔录》、《书信》第79和236封、《布道文》1，2，12，50，153，182，237、《节欲》等论著中，也涉及摩尼教。奥古斯丁的著作大多有英文译本。罗马帝国皇帝戴克里先（243？－316？）曾向非洲总督朱利安奴斯发布的诏书，要他警惕摩尼教的危险。皈依基督教的西罗马帝国皇帝瓦伦提尼安一世（364－375）于372年发布诏书反对摩尼教。这些诏书和罗马皇帝狄奥多西一世（346？－395）的几封反摩尼教诏书也是重要史料。
阿拉伯史料可以两个作者为例。比较著名的是奈丁的《群书类述》，有德文、英文译本，概述了摩尼生平（一些细节被摩尼教本身的文献证明是正确的）、思想的渊源、教义、戒律、继承问题、教派、摩尼著作目录、摩尼以后的宗教领袖等。另一位重要作者是比鲁尼（973－1048），他在《古代遗迹》中分析了摩尼的思想渊源，介绍了摩尼的戒律和观念，摩尼的出生年代和地点，主要著作和去世情况。他在《印度考》中也有一些地方谈到摩尼，指出摩尼关于转世的思想来自印度教。比鲁尼的这两种著作都有英译本。
汉文史料比较分散，种类繁多。一般史籍类如《册府元龟》、新旧《唐书》、《通典》、《唐会要》、《通鉴》、新旧《五代史》、《宋史》、《明太祖实录》、《大明律例集解》等有一些摩尼教传入中国、进行活动及遭到迫害和禁止的记载，多为重大事件而叙述简略。《宋会要辑稿》刑法门二宣和二年（1120）的一条资料记载了宋代摩尼教徒所用的经文及画像。碑文类如《九姓回鹘可汗碑》汉文部分是关于摩尼教传入回鹘的重要史料。泉州出土的《管理江南诸路明教、秦教等也里可温－－马里失里门》碑是元代摩尼教合法存在的证据。个人文集类如唐代参与处理回鹘和摩尼教事务的白居易的《白氏长庆集》、李德裕的《会昌一品集》、目睹会昌法难的日本僧仁圆的《入唐求法巡礼行记》等保存了一些不见於正史的资料。北宋洪适的《盘洲文集》记载了其父洪皓任台州宁海县主簿时，审判《二宗三际经》一案的经过。南宋陆游的《渭南文集》、《老学庵笔记》留下了当时明教活动的情况。黄震《黄氏日钞》中的《崇寿宫记》记录了他与道教化的摩尼教徒张希声的书信往还。元代陈高《不系舟渔集》记载了温州明教寺院潜光院的情况。明代宋濂《芝园续集》透露了洪武年间温州禁毁明教的内幕。佛教典籍类如《僧史略》、《释门正统》、《佛祖统纪》等虽意在斥伪，客观上却保存了一些摩尼教史料。道家典籍如敦煌出土的《老子化胡经》中，有老子化为摩尼之说。宋代道士白玉蟾（真名葛长庚）著《海琼白真人语录》则否定摩尼教是老子遗教。地方志类如明万历末年的《闽书》记载摩尼教的渊源及其传入福建的经过甚详，作者何乔远似乎读过唐代流传下来的汉文摩尼教经典，比较可信。这些史料大部分已经翻译成法文、英文。
教义
摩尼教的根本教义，为二宗三际。二宗指明暗，也即善恶。三际指初际、中际、后际，初际阶段，明暗是分开的。中际阶段，黑暗侵入光明，光明与黑暗斗争，两者混合。后际阶段，明暗重新分开。
未有天地之时，只有善恶二宗。善宗即光明王国，最高神被称为伟大之父（汉文摩尼经称大慈父、明尊），他有感觉、推理、思维、想象和意志等五大荣耀（相、心、念、思、意等五种国土），仁爱、信仰、忠实、慈善和智慧等五种精神品质（怜悯、诚信、具足、忍辱、智慧等五施）。他与光明、威力、智慧是四位一体（清净、光明、大力、智慧）。在他的四面住着十二个神，每面三个（十二常住宝光王）。恶宗被称为黑暗之王（魔王），住在黑暗王国里。
初际之末，黑暗之王上窥光明王国，五大荣耀为之战栗。伟大之父不欲五大荣耀出战黑暗之王，遂召唤出生命之母（善母佛），生命之母又召唤出初人（先意佛），初人召唤出他的五个儿子（五明佛：清净气、妙风、明力、妙水、妙火）作为自己的甲胄，去驱逐黑暗。但是初人被打败，五明子被五类魔所吞噬。当初人苏醒过来后，向伟大之父呼救七次，于是伟大之父第二次召唤，先唤出光明之友（乐明佛），光明之友唤出大般（造相佛）；大般（即建筑之神）唤出活灵（净风佛）。活灵唤出他的五个儿子：光辉卫士（持世明使）、尊贵之王（十天大王）、阿大姆斯（降魔胜使）、荣耀之王（催光明使）和持地者（地藏明使）。他们一起来到黑暗王国，活灵呼唤初人，初人作了回答。这一呼一应产生了两个神，一为呼神（说听），一为应神（唤应），分别成为活灵及初人的第六子。〃 净风、善母二光明使，入于暗坑无明境界〃 ，救出先意。但是，〃 五类魔黏 五明身，如蝇著蜜，如鸟被В缬阃坦场！ā∥迕髯游薮拥镁取�
从此教义的中心就是如何救出被五类魔吞噬的五明子。这就必须建立宇宙。〃 净风明使以 五类魔及五明身二力和合，造成世界十天八地，如是世界即是明身医疗药堂，亦是暗魔禁系牢狱。〃 这个世界由活灵五子管理。活灵又净化那些被吞噬的光明，造成日月星辰。然后，生命之 母、初人和活灵向伟大之父祈祷，伟大之父进行了第三次召唤，召唤出第三使（日光佛），第三使召唤出十二童女（Twelve Virgins，汉文摩尼经称电光佛）。 第三 使〃 或现童男微妙相， 癫发五种雌魔类〃 ，十二童女则〃 或现童女端严身，狂乱五种雄魔类〃 ， 使五类魔身上吸收的光明分 子射泄出来，掉在地上变成各种动植物。植物比动物包含更多的光明分子。
净风造成世界作为囚禁暗魔的牢狱，〃于是贪魔见斯事已，於其毒心重兴恶计，即令路yi （叙利亚文Ashqalun）及业罗泱（Namrael）以像净风及善母等，於中变化，造立人身，禁囚明性，放（＝仿）大世界。如是毒恶贪欲肉身，虽复微小，一一皆放（＝仿）天地世界。……喻若金师，摸（＝模）白象形，写指环内，於其象身，无有增减。人类世界，亦复如是。……其五明身，既被如是苦切禁缚，废忘本性，如狂如醉。〃 贪魔造立的人身， 就是人类始祖亚当和夏娃。亚当根 本不意识到自己的灵魂是光明分子，原来属于光明王国。当五个天使看到这种情况时，就要求生命之母、初人和活灵派神去解救亚当。他们遂派光明耶苏（汉文摩尼经称光明夷数或夷数佛）去启示亚当。光明耶苏向亚当显现在天之父、亚当自己的本性及其被囚禁在肉体之中的痛苦，并让亚当尝了生命之树（常荣树），学得了神秘的灵知－－诺斯（Gnosis）。人类只有掌握诺斯才能得救，这是诺斯替派共有的主要思想，摩尼教也不例外。光明耶苏拯救亚当，实际上是以后历代明使拯救人类的蓝本。因此，光明耶苏在摩尼教诸神中具有特殊地位，献给他的诗篇特别多，《赞夷数文》歌颂他〃 自是明尊怜悯子，复是明性能救父，自是诸佛最上兄，复是智慧慈悲母〃 。亚当虽然获得 了诺斯，但是仍然受了夏娃的诱惑，生了第一个孩子塞特（Seth）。因为亚当比夏娃身上有更多的光明分子，塞特被魔鬼视为异类，幸得诸神保佑和亚当抚育，得以长大成人和行善终生。人类便是塞特的后裔。
为了拯救一代又一代人类中义人的灵魂，〃 又复净风造二明船（即日月），於生死海运渡 善子，达於本界，令光明性究竟安乐。〃 义人的灵魂是通过光耀柱从月亮转到太阳，再进入新乐 园的。光耀柱既是神（汉文摩尼经借用佛教术语， 称卢舍那佛），又是灵魂到达日月宫殿， 以至 最后回归涅pan常明世界所要经过的境界（汉文摩尼经称卢舍那境界）。怨魔贪主见净风造了二明船，〃 生嗔（女后）心，即造二雌雄等形，以放（仿）日月二大明船，惑乱明性，令升暗船，送入地 狱，轮回五趣，备受诸苦，卒难解脱。〃 伟大之父从魔王控制下解救明性的斗争仍未获胜，需要 另一位神帮助人类得到解脱。
〃 若有明使，出兴於世，教化众生，令脱诸苦，……犹如国王破怨敌国，自于其中妆饰台殿，安置宝座，平断一切善恶人民，其惠（慧）明使，亦复如是。〃 慧明使又称慧明佛，即大诺 斯（Great Nous），他是光明耶苏召唤出来的，是一切使者之父，一切教会之首。慧明使在人间的 化身先是犹太教旧约圣经中记载的人类始祖亚当的一些后裔：塞特、挪亚（Noah）、亚伯拉罕 （Abraham）、闪（Shem）、以挪士（Enosh）、以诺（Enoch）；然后是真正宗教的创立者：佛陀、琐罗亚斯德、弥赛亚耶苏。慧明使最后的、最完美的化身就是摩尼。《摩尼教残经》歌颂明使：〃 三界独尊，普是众生慈悲父母，亦是三界大引导师，亦是含灵大医疗主，……亦是上天包罗一 切，亦是实地能生实果，……亦是死中与常命者，亦是众生明性中性，亦是三界诸牢固狱解脱明门。〃 这既是对慧明使的，也是对摩尼的颂词。
当摩尼教获得大部分人类的信奉之后，光明分子的解脱几近完成。这时光明耶苏会第二次降临，称为智慧世界之神（汉文摩尼经译称具智法王），他将建立法庭，自任审判者（汉文摩尼经称平等王），把正义者和邪恶者分开。之后，支撑世界的光耀柱和活灵诸子将离开，天地随之崩溃，爆发出一场大火，这场大火将持续1468年。生命之思（Thought of life，即汉文摩尼经中的〃 唤 应警觉声〃）将以最后的相貌（the Last Statue，即汉文摩尼经中的〃 本相貌〃 ）出现，收集一切 遗留的光明分子，上升到新乐园。黑暗魔王及其他恶魔将被囚禁，新乐园将重新并入光明王国，这就是后际。
从以上的简述可以看到，光明与黑暗对立的二元论、过去－现在－未来的三际论、最后的大战等教义，渊源可能是琐罗亚斯德教。摩尼教最高神伟大之父，已经高度抽象，不像犹太教的上帝干涉人间事务。旧约中创造世界的耶和华的角色在摩尼教中降低为由净风来扮演，净风在摩尼教科普特文史料中就被称为造物主。基督教中的耶苏形象在摩尼教中变得多元化了，主要表现为大神光明耶苏和光明使者弥赛亚耶苏，摩尼以耶苏的使徒自居。这些地方都可以看出犹太教－基督教的重大影响。
教阶和寺院制度
《摩尼光佛教法仪略》中记载，摩尼教团内部通常分为五个教阶：第一，十二慕闍，译云承法教道者（使徒）；第二，七十二萨波塞，译云持法者，亦号拂多诞（主教）；第三，三百六十默奚悉德，译云法堂主（长老）；第四，阿罗缓，译云一切纯善人（选民即僧尼）；第五，耨沙喭，译云一切净信听者（俗信者）。这些名称的音译，出自中古波斯文，同时，这些教阶也能在希腊文和拉丁文史料中得到印证。摩尼设十二个使徒的做法，显然模仿耶苏的十二使徒。将信徒分为僧尼和一般在俗信徒，可能是受佛教影响而形成的。
《摩尼光佛教法仪略》中记载，摩尼教寺院中有〃 经图堂一，斋讲堂一，教授堂一，病僧堂一。……不得别立私室厨库。每日斋食，俨然待施；若无施者，乞丐以充。唯使听人，勿蓄奴婢及六畜等非法之具。每寺尊首，诠简三人：第一，阿拂胤萨，译云赞愿首，专知法事；第二，呼嚧唤，译云教道首，专知奖劝；第三，遏换健塞波塞，译云月直，专知供施。皆须依命，不得擅意。〃 这套寺院制度，可能是摩尼在印度观察了佛教寺院以后，加以模仿而形成的。僧侣过的生活 相当俭朴，主要靠施舍乞讨为生，没有奴婢、牲畜等私有财产，共同生活，没有个人的私室、厨房、仓库。
根据帕提亚文摩尼教传教史残片，阿驮曾在罗马帝国建立一批摩尼教寺院。有的学者认为，摩尼教寺院的建立刺激了基督教修道制度的发展。
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