招商局是李鸿章假公济私的利薮。先以“各省在沪殷商，或自置轮船，行驶各埠；或挟资本，依附西商之籍，若中国自立招商局，则各商所有轮船股本，必渐归官局，似足顺商情而强国体”为名，在同治十三年奏准“试办”。而这年浙江漕米北运，海舶不足，由李鸿章策动浙江海运局总办，候补知府朱其昴建议，即由未来的招商局承运浙漕二十万石，酬庸的条件是由朱其昴筹办招商局事宜。
设在上海的招商局，不由两江总督或江苏巡抚管辖，却由北洋大臣遥制。李鸿章当然也知道此举揽权过甚，遇到稍微厉害些的两江督抚，一定会据理而争。所以试办之初，特为声明：“所有盈亏，全归商认，与官无涉。”将招商局的性质确定为商办，就当然可以拒绝任何衙门的干预。
但是招商局名为商办，其实是官办，户部虽只借出制钱二十万串，合银六万两，而东南各省藩库、海关，由于李鸿章的力量，都有“闲款”放在招商局生息，利息极薄，在七八厘之间。至于营运收入，光是漕米一项，每一石发水脚银五钱三分一厘，一年以运漕六十万石计，就可以坐收三十万银子，真正是包赚不亏的无本生意。
为了招商局的筹办，由浙漕海运，沙船不敷应用而来，所以不得不笼络掌管浙江海运已有十余年的朱其昴，而李鸿章所信任的，却是常州的一个秀才，捐班州县分发到直隶的盛宣怀。盛宣怀又联络广东一个商人唐廷枢来对抗朱其昴，李鸿章听从盛宣怀的策划，先奏请以唐廷枢为总办，朱其昴为会办，之后加委盛宣怀和徐润为会办，而朱其昴的胞兄朱其诏创局有功，似乎不便抹煞，为了掩人耳目，亦加派在内。招商局合计一总办、四会办，而实权都握在盛宣怀手中，间接也就是握在李鸿章手中。
由于招商局在营运上享有特权，所以一开办生意就好，但亦是一开办弊端就生，开支浮滥，冗员极多，帐目中不明不白的支出，比比皆是。好在名为商办，任何人亦不能干涉。若想干涉，有李鸿章挡在面面，告到京里，军机处和总理衙门，都是李鸿章的同年沈桂芬当权，也是“内外相维”，全力弥缝，怎么样也不能将招商局的那笔烂帐掀开来，更不用说想掘盛宣怀的根。
不过两三年工夫，招商局已设了十九个分局，有十艘轮船跑南北洋航线，南起香港，北至牛庄，营业鼎盛。这一来上海的洋商船公司，如太古、怡和、旗昌各洋行，不能不联合起来排挤招商局，压低运值，争揽客货。招商局为谋对抗，必须增加资本，扩大规模，正好美商旗昌银行，经营不善，股票跌价，盛宣怀设计收买旗昌银行，谈判成功，收买旗昌洋行的轮船，作价二百万两，码头、栈房作价二十二万两。由李鸿章奏准，两江拨借五十万两，浙口、江西、湖北共同拨借五十万两。在这笔交易中，盛宣怀很发了一笔财，照例的回扣以外，还“戴了帽子”。而从旗昌买来的船，计有江轮九艘、海轮七艘、小轮四艘、趸船六艘，数目虽不少，性能却不见得好，成了招商局一个极重的包袱，每个月须亏负五六万银子之多。
这是光绪二年年底的事。不到一年，就有个御史上奏，指责招商局“置船过多，载货之资，不敷经费，用人太滥，耗费日增。”
董儁翰的奏折中又说：“招商局各轮船每届运载漕粮之际，各上司暨官亲幕友，以及同寅故旧，纷纷荐人，平时亦复络绎不绝。至所荐之人，无非纯为图谋薪水起见，求能谙练办公者，十不获一，甚至官员中亦有挂名应差，身居隔省，每月支领薪水者。”这是承漕运的遗习，照例用来“调剂”候补州县的办法，无足为奇，只不过从无“隔省”不相干的人，亦可“挂名应差”。这所谓“隔省”就是指直隶而言。
这个奏折，措词不算峻厉，但按常规，理应查办，却由于沈桂芬的斡旋，只命南北洋大臣通盘筹划，认真整顿。这反倒给了李鸿章一个机会，明里张大其词，说英商太古洋行如何“跌价倾轧”，暗中承认购自旗昌洋行的轮船“年久朽敝”，而整顿之法，主要的是各省官帑，超过“商股”将及三倍的一百九十万银子，“缓息三年”，到光绪六年起，分五期拔本，每年缴还三十八万两。换句话说，是公家免息借出巨款，供盛宣怀之流的“商人”去做生意。同时还有一个附片：“请旨敕下江苏、浙江督抚，漕米须分四五成拨给招商局轮船承运，不得短少，余归沙船装载，以示体恤。此外江西、湖北采买漕米，仍照案归局运津”。李鸿章说这些整顿办法，“上不亏国、下不病商”。同时在折尾声明，这个折子是他“主稿”。暗示招商局归北洋所管，与南洋大臣的关系不大。
招商局那些“商总”因祸得福，而盛宣怀则更是官运亨通，补了天津道为李鸿章筹办电报局。但是旗昌洋行一案，风风雨雨，流言始终不息，而内幕亦逐渐揭露。盛宣怀经手这笔交易，有明暗两面的好处，明的是得回扣百分之五，暗的是旗昌经营不善，股票跌价，盛宣怀以七折收购，再由旗昌出面实足卖给招商局。明暗两面的好处，总计百分之三十五，二百二十二万两银子，有七十多万落入盛宣怀私囊。至于李鸿章分到多少，无可究诘，只是李家在招商局有干股，却是尽人皆知之事。
转眼三年已过，到了该拔本的时候，招商局的“商总”又出了花样，以积欠旗昌洋行船价六十九万两，不能不先行拔还，“以免外人贻笑”的理由，请李鸿章出奏，以每年所运漕米应领水脚运费抵还。这就是说，如果各省漕米不交招商局承运，应拔官帑，即无着落。此外又有一个附片，一则说：“招商局之设，系由各商集股作本，按照贸易规程，自行经理”；再则说：“创办之初，奏明盈亏全归商认，与官无涉”；三则说：“商务应由商任之，不能由官任之，轮船商务，牵涉洋务更不便由官任之。”这样反复声明“商办”，就是为五年以后留余地，只要每年有六十六万石漕米北运，水脚运费抵还官帑，则到了光绪十年，官帑还清，整个招商局就都落入“商总”手中了。
但是到了六月间，两江的局面有了变化，刘坤一调任江督兼南洋大臣。他是老湘军的系统，当然不会象沈葆桢、吴元炳那样听李鸿章的话。于是，湘淮两系的利益，在东南膏腴之地发生了冲突。
首先发难的是王先谦，官拜国子监祭酒，也是响当档的清流，奏折之中有建言、有搏击，笔锋所及，盛宣怀首当其冲，王先谦替他下了八个字的考语：“营谋交通，挟诈渔利。”
“挟诈渔利”，即指收买旗昌轮船有瞒天过海的计谋在内；“营谋”当然是指百计取悦于李鸿章，得获重用而言；“交通”二字，在这些地方常为“交通宫禁”、“交通近侍”的省略语，这例也不是无的放矢，而且王先谦本人也牵涉任内。盛宣怀走通了李莲英的路子，常有“孝敬”，而王先谦据说用过李莲英的钱，人言藉藉，大损清誉，然而并不影响他弹劾盛宣怀，尤其是因为其中有整顿招商局的建议，更不能不发交南北洋大臣处理。
这是光绪六年十月底的事，沈桂芬正揽大权，因而批复王先谦的谕旨，只令饬李鸿章和刘坤一，认真整饬。刘坤一主张彻查，李鸿章认为不必，只要分年拔还官帑一事有着落，即可奏复。正在相持不下时，除夕那天，沈桂芬一命呜呼，等于盛宣怀失却一座靠山，处境大为不利。
果然，只不过隔了半个月——光绪七年正月十五，刘坤一单衔复奏，说“王先谦所奏，未为无因”，指盛宣怀“蠹帑病公，多历年所，现在乃复暗中勾串，任意妄为”，将他于“收购旗昌时每两抽取花红五厘，私自以七折收购旗昌股票，对换足额，以饱私囊”的内幕，和盘托出以后，严词抨击：“滥竽仕途，于招商局或隐或跃，若有若无，工于钻营，巧于趋避，所谓狡兔三窟者！此等劣员，有同市侩，置于监司之列，实属有玷班联，将来假以事权，亦复何所不至？”因而请旨，“即将盛宣怀予以革职，并不准其干预招商局务”。
疆臣劾司道，很少有这样严厉的措词，只是等刘坤一来动手，为时已晚，盛宣怀已“成了气候”。李鸿章因为一方面还要重用他来办电报、开煤矿；一方面公私两端都无形中受了他的挟制。私的不必说，公的上头，李鸿章不知保过盛宣怀多少次，说他“心地忠实”，说他“志切匡时”，而结果为刘坤一骂得这等不堪，则如无一言辩解，自己又何以交代？向来保举匪人，举主连带要受处分，果然盛宣怀革了职，自己亦脱不了干系。因此，李鸿章只好抹煞良心，硬起头皮，为盛宣怀硬顶。
他是这样为盛宣怀“辩诬”，说此人“在臣处当差有年，廉勤干练，平日讲求吏治，熟谙洋务商情，遂委以会办之衔，往来查察。盛宣怀与臣订明不经手银钱。亦不领局中薪水，遇有要务，则与唐廷枢等筹商会禀。”谈到旗昌一案，说是“即盛宣怀首发其议，亦于大局有功无过。况当日唐廷枢等于洋商已有成议，始邀盛宣怀由湖北前赴金陵，谒见沈葆桢。其事前之关说，事后之付价，实皆唐廷枢等主之也。”
这个奏折实在不高明，言不顺、理不直、气不壮。收买旗昌轮船，要特地从湖北将盛宣怀邀到金陵去向沈葆桢陈述其事，反更显得刘坤一原奏中，“或隐或跃、若有若无、工于钻营、巧于趋避”这几句话，形容入妙。尤其是李鸿章将盛宣怀下一个“廉”字的考语，京中传为笑柄，说盛宣怀如果可当廉洁之称：则八大胡同清吟小班的姑娘，个个可以建坊旌表贞节了。
不过，李鸿章包庇盛宣怀，所凭借的本就是他的地位声势。由于保荐薛福辰是一件大功，慈禧太后对他真个另眼相看，恭王正在支持李鸿章全力筹办“师夷之长”的各项洋务，爱惜人才，不免曲予优容，因此，尽管刘坤一的理由充足，还是李鸿章占了上风，盛宣怀竟得免议。
刘坤一大为不服，第二次上折严参，而且隐然指责李鸿章有意包庇盛宣怀，说“招商局收买旗昌轮船等项，糜费帑藏，以及收头此项轮船后，折耗益甚，采诸物议，核诸卷宗，盛宣怀等实属咎无可诿”，所以，“即将盛宣怀查抄，于法亦不为过，仅请予以革职，已属格外从宽。”
到底刘坤一是两江总督兼南洋大臣，在疆臣的地位中，仅次于直隶总督兼北洋大臣，同时有湘军一系为后盾，并可望获得清议的支援，因而刘坤一仍有信心，必能惩治盛宣怀这个劣员。谁知奏折到京，正在慈安太后暴崩之后，国有大丧，而且暴崩的原因不明，举朝惶惑，谁也没有心思来管这件事。这给了盛宣怀和李鸿章一个绝好的机会。各方面疏通，大事化小，小事化无，刘坤一的奏折虽如烈性的火药一般，威力强大，无奈药线受潮，竟没有能炸得起来。
其时李鸿章又出了花样，决心要将各省存在招商局的官帑，归入北洋。他的办法是，配合向德国订造“钢面铁甲船”的海防计划，奏准以招商局每年用漕米水脚为担保，拔还各省的官帑，移充订造铁甲船款不足之数。这一来，等于扯断了各省跟招商局的关系，以大部分官款所办的招商局，竟越来越象“商办”了。
这个金蝉脱壳与移花接木两计合并而成的策略，相当成功，官帑营运的收益，都归入商股，所以官帑还是一百多万两，且大半属于北洋，而商股则由七十余万增至三百余万。但是，招商局毕竟为北洋大臣所创办，总理衙门跟户部亦可干预，这一点“官气”脱不掉，无法化作一家一姓的事业。
那知道法国军舰将会攻击招商局输船的消息，李鸿章与他的左右，在入耳惊心，苦思焦虑之下，竟“死棋腹中出仙着”，可以利用来作为一个让招商局脱胎换骨，化公为私的大好机会。
这个脱胎换骨的秘计，是由唐廷枢所倡议。此人是英商轮船公司帐房出身，对船务比较内行。轮船如果怕为法国军舰所劫夺，只有泊港不出，但那一来不但要蚀开销，而且机器不用，必致损坏。除此以外，就只有改变船籍之一法。
这个办法又称为换旗。交战国双方的商船，如果改换中立国的旗帜，就可免予遭受攻击，在万国公法上有详细的规定。这得请教律师，招商局聘雇得有现成的法律顾问，是英国的皇家大律师，名叫戴恩，认为此事可行，但有时效，如果一旦战事爆发，换旗就不为法国所承认了。
当然这决不可能随自己的意思，换那一国的旗就是那一国的旗，首先需要取得换旗国家的承�