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于是直隶总督便落到李鸿章身上。这也是顺理成章的事，一则他有“精兵”可拱卫京畿，再则他也是办洋务的第一把好手，正好让他接替曾国藩未能办成的和局。
这一下便宜了李鸿章的长兄李瀚章。李鸿章奉旨带兵援左宗棠西征，朝廷特命浙江巡抚李瀚章署理湖广总督，替他“看守老家”，现在李鸿章调为直督，却不便叫李瀚章回任，因为署理浙江巡抚杨昌浚，虽是曾国藩的小同乡，却是左宗棠的“嫡系”。浙江是左宗棠克复的，一直被视作他的“禁脔”，前后巡抚蒋益澧、杨昌浚都是左宗棠所力保，这两个人的报答便是替他在浙江筹饷。陕甘军务正吃紧之际，一动杨昌浚就会影响西征的“协饷”，既然杨昌浚不能动，李瀚章就不能回任，由署理而真除，则淮军的“协饷”，亦仍可取给于湖广，是件一举两得的事。
李家双喜临门，马家则是祸不单行。张文祥除了信口侮蔑马新贻以外，对于行刺的原因，是否有人指使，坚不吐实。地方官会审时，态度桀骜不驯，将军魁玉亲自审问时，他只说了一句：“我为天下除了一个通回乱的叛逆，有何不好？”马新贻虽是回教家世，但从洪武初年由武昌迁居山东曹州府，到马新贻已传了十八代之久，是道档地地山东土著，与陕甘回民风马牛不相及，可知张文祥话，完全诬蔑。
但问来问去，到底有句要紧话漏了出来！“养兵千日，用在一朝”，见得他是被买出来的凶手，而且早有密谋。就因为这一句话，署理藩司，曾受马新贻知遇的孙衣言，坚持要求刑讯，但是臬司梅启照和江宁府、上元县、江宁县三地方官都不敢。他们心里都很清楚，有人巴望着能在这时灭张文祥口，一用刑说不定就会在狱里动手脚，把钦命要犯报个“刑伤过重，瘐死狱中”，这个责任谁也担不起。
张文祥本人只有离奇的片段供词，但在江宁城内，却有两种首尾俱全，枝叶纷披的传说：一种是说马新贻与陕甘回乱有关；另一种是说他负义渔色，陷害患难之交。当然，后一个传说更能耸动听闻。
传说中的马新贻，在安徽合肥署理知县时，曾经为捻军所擒，擒获他的就是张文祥。但张文祥久有反正之心，所以捉住了马新贻，不但不向捻军头脑张洛行等人去报功，反而加意结纳，为他引见了两个好朋友，一个叫曹二虎，一个叫时金彪，四个人拜了把子，然后悄悄放马新贻回去，跟抚台说妥当了，再来接他们投降。
事情非常顺利，张、曹、时三个人都拉了部队，投向官方。上头委任马新贻拣选降众，编设两营，因为马新贻号毂山，所以称为“山字营”，他的三个把兄弟都当了“哨官”。马新贻就凭这两营起家，一路扶摇直上，升到安徽藩司。
洪杨平定，大事裁军，山字营遣散，张、曹、时三人都随着马新贻到藩司衙门去当差。据说，这时候的马新贻，已有些看不起贫贱患难之交的意思了。
因此，曹二虎准备去接家眷时，张文祥就劝他一动不如一静，但曹二虎不听，把他的妻子从家乡接了出来，住在藩司衙门里。既来了，不能不谒见马夫人，恰好马新贻也到上房，一见曹二虎的妻子，惊为绝色，就此起意，勾搭上手，只是碍着本夫，不能畅所欲为。于是，马新贻经常派曹二虎出差，而每一趟的差使，总有油水可捞，曹二虎乐此不疲，马新贻亦得其所哉。
这样不多日子，丑闻传播得很快，张文祥不能不告诉曹二虎，他起先还不肯相信，暗中去打听了一番，才知真有其事，便要杀他妻子。
张文祥劝他：“杀奸须双，光是杀妻，律例上要偿命，太犯不着。大丈夫何患无妻？你索性就把老婆送了他，也保全了交情。”
曹二虎想想也不错，找了个机会，微露其意，谁知马新贻勃然大怒，痛斥曹二虎侮蔑大僚。曹二虎回来告诉张文祥，张文祥知道他快要有杀身之祸了。
这样过了些时候，曹二虎又奉命出差，这次是到安徽寿州去领军火。张文祥防他此去有变，约了时金彪一起护送。途中安然无事，曹二虎还笑张文祥多疑，张文祥自己也是爽然若失。
于是第二天曹二虎到寿春镇总兵辕门去投文办事，正在等候谒见时，中军官拿着令箭，带着马弁，来捉拿曹二虎，说他通匪。等一上了绑，总兵徐戌装出临，不容曹二虎辩白，就告诉他说：“马大人委你动身后，就有人告你通捻，预备领了军火，接济捻匪。已有公文下来，等你一到，立刻以军法从事。你不必多说了。”
曹二虎被杀，张文祥大哭了一场。他跟时金彪表示，一定要为曹二虎报仇。时金彪面有难色，张文祥便指责他“不够朋友”，愿意独任其事。于是收了曹二虎的尸体埋葬以后，张、时二人，就此分手。在这一段传说中，唯一真实的是，时金彪确有其人，现在在山西当参将。
传说中的张文祥，被描画成史记《刺客列传》中的人物。据说，他用精钢打造了两把匕首，用毒药淬过，每天夜深人静后，勤练刺击的手劲，叠起四、五层牛皮，用匕首去刺，起先因为手腕太弱，贯穿无力，这样两年，练到五层牛皮，一刃洞穿。他这样做的用意，是假定严冬有下手的机会，那怕马新贻身着重裘，亦不难一刀就要了他的命。
自从练成这样一番功夫，张文祥暗中跟踪了马新贻几年。一次相遇于杭州的城隍山，因为巡抚的护从太多，无法下手，直到如今，始能如愿。又有人说，马新贻被刺时大喊一声“扎着了！”其实是“找着了”，意思是说冤家路狭，终于被找到了。还有人说，马新贻被刺，看清凶手是张文祥，说一声：
“是你啊！”接着便吩咐左右：“不要难为他！”
这些传说，绘声绘影，言之凿凿，民间即令是脑筋很清楚的人，亦不能不相信。因为，不然就会发生这样一个疑问：张文祥刺马，到底是为了什么？同时官场中知道张文祥没有什么详细口供的人，却又讳莫如深，颇有谈虎色变之慨，因而越发助长了这些传言的流播，不久连京城里都知道了。
但替马家不平的，也大有人在，只是有的胆小，不敢多事，有的与湘军素有渊源，不便出头。只有安徽巡抚英翰，身为旗人，不涉任何派系，由于跟马新贻私交甚厚，因而上奏，在表扬贤劳以外，“请严诘主使之人，以遏诡谋。”京里又有个给事中王书瑞，奏请“添派亲信大臣，彻底根究”，折子中“疆臣且人人自危”以及“其中或有牵掣窒碍之处，难以缕晰推详”的话，意在言外，连慈禧太后都动了疑心。于是以五百里加紧的上谕，指派漕运总督张之万，“驰赴江宁，会同魁玉，督饬司道各员，将该犯设法熬审，务将其中情节，确切研讯，奏明办理”。此谕刚发，接着又发密旨，说“此事案情重大，断不准存化大为小之心，希图草率了事。”
张之万是个状元，也是个“磕头虫”，他的独得之秘的强身之道，是每天临睡以前，磕多少个头，说是起拜跪伏，可以强筋活血。为人深通以柔克刚的黄老之学，所以也是个“不倒翁”，这时接到朝命，大起恐慌，如果遵旨根究到底，一定会成为马新贻第二。果然，不久就接到了间接的警告，劝他不可多事，这一下，张之万越发胆战心惊，一直拖延着不肯到江宁。
无奈朝旨督催，魁玉又行文到清江浦，催“钦差”快去，张之万只好准备动身，把漕标的精锐都调了来保护，数十号官船，在运河中连番南下，他自己一直躲在舱里不露面。
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其时正值深秋，红蓼白蘋，运河两岸的风光颇为不恶，这天由河入江，到了瓜州地方，张之万在船里闷了几天，想上岸走走，走了一阵，忽然内急，就近找了个茅厕方便。野外孤露，四无隐蔽，倘或此时遇到刺客，是件非常危险的事，于是漕标参将，亲自带领两百亲兵，拿枪的拿枪，拿刀的拿刀，团团将茅厕围住。正在收割稻子的老百姓，大为惊异，不知道那里出了什么事？
跑去一打听，才知道是“漕帅张大人”上茅厕。于是张之万人还未到，他的笑话先到了江宁。魁玉一见了面便拿他打趣，“天下总督，漕帅最阔，拉场野矢都得派两百小队守卫。”他喊着张之万的号说：“子青，你真正是前无古人，后无来者！”张之万唯有报以苦笑，“玉公，”他说，“我是奉旨来会审的，一切都要仰仗。”
“不然，不然！”魁玉摇着手说：“你是特旨派来的钦差，专为查办此案，当然一切听你作主。”
两个人一见面先推卸责任，但彼此有关，谁也推不掉，那就只有“和衷共济”商量着办了。当夜魁玉为张之万设宴接风，陪客有署理藩司孙衣言、臬司梅启照、候补道袁保庆。孙衣言也是翰林，比张之万只晚一科，他的儿子叫孙诒让，功名不过举人，官职不过主事，但声名极盛，对“墨子”的造诣极深，父子二人都是经师，所以张之万另眼相看。
袁保庆是袁甲三的侄子，他跟孙衣言于马新贻都有知遇之感。尤其是袁保庆，被委为营务处总办，平日抓散兵游勇，颇为严厉，因此为马新贻带来杀身之祸，更是耿耿于怀。在席间与孙衣言两人，极力主张对张文祥用刑，非要追出主使的人来，才肯罢休。
张之万抱定宗旨，只听不说，唯唯否否地敷衍着，等席散以后，魁玉把他和臬司梅启照留了下来，这才谈到正事。
“孙、袁两公的话，决不可听。”梅启照这样说道，“他们为报私恩，不顾太局，难免激出太乱子来。如今江宁城里，人心惶惶，安分守己的人家，都闭门不出，袁笃臣家就是如此。”
袁笃臣就是袁保庆。
张之万吸了口气：“照此说来，江宁竟是危城！”
“也差不多。”魁玉答道，“但盼涤相早早到任，让我交出了总督关防。”
“涤相还在请辞，辞是当然不准他辞的，但天津的案子未结，还要入京陛辞请训，这一耽搁，起码两个月工夫。”张之万说，“我们就想办法拖它两个月！这一案只有等涤相来料理。”
“要拖也容易。”梅启照说，“张文祥不肯供，只有抓他的亲属来问，这样就拖下来了。”
“他的家属在那里？”
“在浙江湖州府德清县新市镇。”
“行文浙江，逮捕到案。”张之万又问，“还有什么远些地方的人好抓？”
“有个时金彪。”梅启照说，“张文祥曾供过这个人，也是捻匪那里投降过来的，现在山西当参将。”
“那就行文山西，逮捕到案。”
“是！”梅启照问道：“请示钦差大臣，那一天提审？”
“我审也无用。”张之万说，“这一案到最后如何定谳？该有个打算。打算好了我们就照这条路子去走。”
梅启照深深点头，看着魁玉，魁玉也点点头，示意梅启照提出商量好的办法。
办法是替张文祥想好的一套口供，一要显得确有深仇大恨，完全是张文祥个人处心积虑，必欲得而甘心，借以搪塞“严究主使”的朝命和清命；二要为马新贻洗刷清誉，而且要隐隐含着因为公事认真，致遭小人之怨的意思，这样，马新贻之死，才能有殉职的意味。
这套假口供是如此说法，张文祥本是李侍贤手下的裨将，洪杨平定，他逃到了浙江宁波，与海盗有所勾结，同时开了个小押当，隐姓埋名，苟且度日。
等马新贻调了浙江巡抚，海盗为患，派兵剿治。在浙江象山、宁海有一处禁地，名叫南田，向来为海盗所盘踞，马新贻捉住了其中的头目邱财青，处以死刑，另外又杀了海盗五十余名，其中颇多张文祥的朋友，平日常受他们的接济，这一下等于断了张文祥的财路，因此他对马新贻恨之入骨。
这以后又有一连串的怨恨，张文祥开小押当，而马新贻因为押当重利盘剥小民，出告示查禁，张文祥生计顿绝，便起了报复的心。又说，张文祥的妻子罗氏，为人诱拐潜逃，让张文祥追了回来，但人虽未失，卷逃的衣物为奸夫带走了，一状告到巡抚那里，马新贻认为此是小事，不应烦渎大宪，状子不准。不久，罗氏复又潜逃，张文祥追着了，逼她自尽。至此人财两空，认为马新贻不替他追赃，以致他的妻子轻视他，于是立志报仇。
这里面当然也有片段的实情，象张文祥的妻子，背夫潜逃，即有此事。但从整个供词看，疑窦甚多，然而除此以外，别无更好的说法，也就只有自�