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当然，杨秀清决意定都南京，也有其可称之处。当时，太平军号称“百万”，那是算上家属和沿路裹胁的民众，真正有战斗力的士兵仅十万左右。而太平军一路“攻下”的城市，其实多为清军自己弃守，诸如长沙、桂林等战略要地一直就没能拿下。江南大块地方虽然被占，清政府并没有到达崩溃地步，一直能组织起有效的军事力量抵抗。太平军入城仅十天，向荣就在城外孝陵卫扎立“江南大营”；未几，琦善在扬州建“江北大营”。如果当时太平军不顾疲劳即刻北伐，拖家带口近百多万的大军腹背有敌，确实也是一个大问题。
建都南京，最起码经济上有保障，假如领导层军事调动有方，立刻平定南方九省，集中兵力占领苏南和浙江，即使不打垮清朝，占领南中国应该没有问题。但是，保守的思想和贪图安逸的作为，最终让杨秀清等人定都南京后不思大的进取。
胜利之鼓轰天作响之际，其实隐约已经传来了丧钟之声。
将领之中，时任“殿左一指挥”的罗大纲最明确反对建都南京和分军北伐，他抗言说：“欲图北必先定河南，大驾（洪秀全）驻河南，军乃渡河。否则，先定南九省，无内顾忧，然后三路出师，一出汉中，疾趋咸阳；一出湘楚，以至皖豫；一出徐扬，席卷山左。咸阳既定，再出山右，会猎燕都（北京），虽诸葛（亮）不能御也。”为太平天国效过力的英国人呤唎也有类似看法：
南京的占领至是已经成为太平军成功的致命伤。任何一种成功的起义，都决不能放弃进攻的军事行动；起义一采取守势，它的威力就会受到挫折，除非它具有某种奇异的组织。革命成功的要素乃是迅速行动，一旦抛弃这点，旧制度的集中统一的力量就会十分便利地被运用来攻击革命。
天王以安身于南京和着手于保护他的地位而犯下了一个致命的错误，他因这一错误而丧失了这个帝国。如果不这样做，不供给他的敌人以时间来重振旗鼓，从他们极其混乱的惊惶狼狈中复元，并集中他们的军队的话，那么他就已经指向了北京这一个终点。毫无疑问，就是他的声势赫赫的凯旋进军便会为他已经带来了一个几乎是不可抵抗的占领首都的大胜利，因此而引起的满洲王朝的灭亡就会已经给与了他这个帝国。多年以后，尽管遇到不利的反动，但太平军仍然不仅能抵抗清军，并且还能全部粉碎他们——如果不是英国干涉的话——即此一事实便足以证明，他们要是乘势追求他们最初的胜利是何等容易。
对太平军说来有两条道路是无阻碍的，根据他们的经历来判断，两条道路中的一条便能导致满洲压迫统治的消灭。第一条道路是，毫不踌躇地继续向北京进军，放弃每一个他们夺取的城市，并在以战利品和财物来丰富他们自己，以他们所经过的任何地区的不满群众来加强他们的军队的同时，决不允许以分遣单独驻军来造成他们人数的丝毫减少。
第二条道路当为放弃南京，并集中他们所有的军队到南方各省——广东、广西、贵州、福建——中国的这一部分比起任何其他各地来都更剧烈地反对满洲人，更加重要的是太平军主要领导者们的本省。在这种情况下，扬子江以南的整个地区就能在一个短时期内从满洲人手里全部夺取过来，然后他们即使不能取得全部帝国，至少当能在充分完整的意义下建立一个南方的王国——这条行动道路比起他们所实行的那条不适合的道路来会是好到怎样一个地步呢！
对天王说来，在实行上述两条道路中的任何一条以前就建立首都，并开创新王朝，那不仅是一个巨大的错误，并且也是完全不合理的。（这个上世纪初期的译文很别扭，姑且用之）
有关太平天国入南京后一段时间的见闻，以江宁李圭所著《金陵兵事汇略》以及无名氏所著《金陵纪事》较为详实。二位作者都身经太平军攻占南京后的实际生活，虽然处处以“贼”称呼太平军，其笔下所记大都属实，皆为耳闻目睹，亲身经历。
笔者现从这两个读书人当时的记述中摘取数段“亲历”，一一释义证明之，由此可以大概勾勒出洪、杨在南京初期的政治、经济措施，也可以帮助读者了解某些有关太平军圣库、官制、称呼、战法、军制、习惯以及拜上帝会仪式等方面的细节。
先举《金陵兵事汇略》：
贼既入城，诡言不杀人，（南京）有以土物入献者，给以贡单，无相扰。人多信之，争馈银、米、牲畜、菜蔬，取伪贡单榜于门。讵贼见单益搜索，以其不为备，私藏必多也。初犹未排户入搜，惧有官兵伏匿，唯遇人于路必镣。至十二日，见人则逼使舁尸弃诸河，不从杀之，如是者数日。忽出伪示逼民如常贸易，其时店铺百货掠几空，无有应者。忽又以查人为名，比室搜括，令壮男子听驱使，胸背以黄布写贼衔，谓之“招衣”。携幼童使为小仪，俾持旗伴随其行。男子毋许归家，归则谓与妇女私，干天条，罪应诛。于是立“男馆”，搜其家有私藏金银者，立置重典。驱妇女出于外，不使家居，襁幼稚，负行李，仓皇道路，惨不可言。（这些妇女）或得间自投江河，或投子女于河。贼既驱而之东，又复驱而之西，有啼哭者目为“妖”，鞭棰交下，夜则露宿檐下。越日乃立“女馆”。是时夫妇虽觌面而不敢交言，否则谓不遵天令。
（评曰：上世纪“极左”文人谬赞太平天国入南京受到“人民群众”热烈欢迎，完全是乌有之事。献银献物，当属居民惊吓后的无奈之举。南京人本来生活正常，忽然夫妻家人分离，男入“男馆”，女入“女馆”，形同劳改，夫妻不得聚，父母子女不能见，何谈生人之乐！）
城北幽僻之地尚有民众潜居者，贼以搜屋至，男子尽惊逸，贼怒其避己，因驱妇女赴旱西门（即石城门），悉付洪流焉（赶入江中淹死）。
贼将分股窜镇江、扬州，逼壮者数万登舟，欲使为前锋，城中知之鼎沸，或自尽，或窃逃。贼惧一时不能制，有伪丞相钟芳礼、伪巡查周才太者，性稍平和，乃请逆酋设机匠馆、牌尾馆。机匠馆处工役织纫人，牌尾馆处残废老弱人，二者皆不调战阵。
（评曰：驱平民为前锋，太平军多为此事，当时之人多有记载，实为大不人道。）
入馆之家，凡遇贼搜括，告伪丞相辄杖责追还，残废者得安食室中，老病者使扫街道，于是入馆伏处者几四万人。旋又设杂行菜圃，杂行亦工匠之流，菜圃者，贼使人于隙地种植蔬菜，两处亦不下二万数千人。
（评曰：这些举措，稍安众心，使老弱残废免死于沟壑战垒之中。）
无何，贼传伪命，凡读书识字者，悉赴伪诏书馆，否则斩，匿不报者同罪，因得数百人使为伪造文檄示。合贼式者，分入各酋馆为伪书吏。又捏造天主书教人，不能背读者杖之。
（评曰：强迫人民改信“拜上帝教”，背诵不了经文就打板子，此种粗暴的“灌输”非为怀柔之术。）
出伪示，谓人死为升天，不许哭，不用棺木，不设香火，违则为妖邪。黄烟之禁与洋烟同严，有犯辄斩。各巨酋伪府多毁民居拓益之，封土木匠为伪将军、伪总制，俾率队课上。以督衙署为伪天王府，用锣鼓数百人，前导后护，迎洪秀全入居之。王娘数十人，悉以黄绢蒙头，跣足乘马入，自是遂不复出矣。
（评曰：大兴伪教，强制性“移风易俗”，高官们毁民宅修奢侈私宅，一点不像“人民队伍”。）
六月，计贼中裹胁人数：男馆，广西约千五百人，广东约二千五百人，湖南约万人，湖北约三万人，安徽约三千人，各省总约二千人，金陵约五万人，镇江扬州约五千人；女馆，广东西约一千人，湖南约四百人，湖北约二万五千人，安徽约三千人，镇扬约万人，金陵约十万人。贼逐一设门牌，凡男子十六岁至五十岁谓之牌面，余为牌尾，立馆长分统之。
（评曰：说“裹胁”，并非完全都是，确有一些“自愿”加入者。）
女馆则有“元女”、“妖女”之别，“元女”即处女，“妖女”谓妇人及被污之女子，统以伪女军帅等官，禁贼众不得犯。伪令甚严，唯洪逆及东、西、南、北、翼五贼，得不时选逼元女充媵妾。
（评曰：太平军对高层头目以下的性生活约束甚紧，也为中外历史一奇。）
各馆按月送册核其数，男馆远调及逸出均注明。贼初入发粮无限，来取即与。自名籍可稽，每馆发米有定额，于是米价陡贵，百斤需六金，尚无购处。又用北贼（韦昌辉）伪印票，交贼官及馆长出城者，以此为信。
十一月，贼船由芜湖进泊相近高淳县之臼湖，图犯东坝以解镇江之围。向大臣（向荣）遣邓提督绍良等守东坝迎击之，斩获甚众。
时城贼待被掳之众若犬马，少壮者纷纷逃亡，不足于用，乃取老而健者，使登陴击柝，犹不足，则虽老病者亦予役，伺便逃逸者甚众。妇女亦日供奔走操作，惫不得息。贼于湖北、安徽掠得盐米各船皆泊仪凤门旱西门外，令伪女官执旗悉驱出城，首戴肩负，运入仓中，尚途命童子持鞭驱策，行稍缓，则鞭扑交下。并使女馆削竹签置城外濠沟，跋涉委顿，泥涂颠仆，自寻死与受矢石鞭棰死者无算。
（评曰：太平军虐民如畜，是入南京后的实际情况，并非以“革命的恐怖”对付“反革命的恐怖”，完全是对南京平民的“恐怖”，虐之使之，污之辱之，完全凭借暴力手段。）
至十二月，统计南（男）馆广西千余人，广东二千人，湖南五千人，湖北万余人，各省总约千余人，安庆二千人，金陵约二万人，镇扬约三千人；女馆广东西约二千四百人，湖南约三百人，湖北二万三千人，安庆二千七百人，金陵不及九万人。此外陆续新虏者，统计男馆与国州黄州约万人，庐州约万人，江西五六千人，扬州仪征约四千人。女馆自镇扬虏者共一万二千人。
（评曰：同六月间人数相比，人员减少得很厉害，多属“非正常死亡”。）
贼逼男女拜上帝，以黄纸作誓语，拜毕焚之，谓之悔罪。其赞美语南贼（冯云山）所撰，各馆长率众朝夕诵之，每日睡起饮食必默念“小子某同众小子跪在地下，敬谢天父上主皇上帝老亲爷爷”等语。谓天父七日造成天地山海人物，每阅七日，为一赞期，谓之礼拜。先一日街设大旗写“明日礼拜各宜虔敬”字样，三鼓具果品糕饵，群诵赞美，各伪府金铙爆竹声不绝耳。其赞美语曰：“赞美上帝为天圣父，赞美耶苏为救世主。赞美圣神风为神灵，赞美三位（为）合一真神。真通（道）岂与世道相同，能救人灵享福无穷。知者踊跃，即（接）之为福，愚者省悟，天堂路通。天父洪恩，广大无边，不惜太子，遣降凡间。捐命代赎吾侪罪孽，人知悔改，天子万年。”
（评曰：上述描述详细记载了太平军“霸王硬上弓”地强制人民信教的荒谬行为以及当时所行的怪诞仪式。）
洪逆（洪秀全）更善掉弄文字，不可以意测，如“圣”改“胜”，“上”改“尚”，“耶”改“耳”，“国”改“郭”，“火”改“亮”，“清”改“菁”，“秀”改“莠”，“亥”改“开”，“卯”改“荣”，“丑”改“好”。辛亥之岁，为洪逆在大黄江僭号之始，癸丑洪逆踞金陵，则称“辛开元年”，“癸好三年”。又称历代帝王均为“相”，有所谓改定四书曰：“孟子见梁惠相，相曰：‘不远千里而来，亦将有以利吾郭乎？’”诸如此类，不胜枚举。
（评曰：太平军在南京开“删书局”，专门删改历代儒家经书，可笑的是他们并非“去芜存精”，而是玩笑一样大搞荒唐变字游戏，让人啼笑皆非。）
又有隐语，火药曰“红粉”，炮弹曰“元马”，巨炮曰“洋庄”，掘地道曰“开垅口”，敛费曰“科炭”，百姓曰“外小”，遗矢曰“调化”，溺曰“润泉”，社稷宗庙寺观俱曰“妖”，悉令毁除，书籍字纸亦曰“妖”，必残践而后快，官兵曰“妖兵”，官曰“妖头”，自贼中逸出者曰“变妖”。别刊时宪书谓为“颁历”。单月三十一日，双月三十日，每年以三百六十六日为率。初不许用“日月”二字，旋仍用之，谓由天父改还。又捏造天兄升天等节凡六。其称呼：洪逆称万岁，东贼（杨秀清）称九千岁，西贼（萧朝贵）称八千岁，南贼（冯云山）称七千岁，北贼（韦昌辉）称六千岁，翼贼（石达开）称五千岁，其余伪王称千岁。妻俱称王娘，子称嗣君，伪官丞相以下俱称大人，妻称贞人，子称公子。陷永安以前附贼者，称功勋加一等。伪王昆弟叔侄，俱称王宗。亦设女官，其在伪府者，有女丞相、女检点，