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７月４日夜，法军决定渡河。２１时，罗堡岛炮台万炮齐发，乌迪诺军和马塞纳军各约１５０００人，先后由罗堡岛东南乘船渡至左岸，抢占阵地，赶架６座浮桥。这天夜里，电闪雷鸣，风雨交加，法军顶着风雨架桥，甚为困难。然而，也正是这恶劣天气帮了法军的大忙，奥军怎么也没料到法军会选择如此恶劣的天气渡河，因而没有严加防范。法军偷渡成功。翌日拂晓，达武第三军团和第二、三、四军团的大部骑兵均已渡河。奥将罗尔多前卫军团虽在此地有所设防，但兵力分散，工事也不如阿斯佩恩一带坚固。面对从天而降的法军，惊慌失措，打了几个回合，便仓皇退却。两个小时后，即５日８时，法军有９万人渡过了河。
查理大公得知法军渡河和罗尔多战败的消息，非常震惊。这时他的左翼已面临渡河法军的严重威胁，他本想率主力驰援左翼，可考虑到若倾主力离阵地攻击前进，恐无胜算，不易压退法军；即使将法军压退到桥头，奥军也将受罗堡岛炮火轰击，蒙受损失。考虑再三，他决定主力仍在原阵取守势防御，按原计划诱使法军继续接近，以便将其拖入陷阱。
法军顺利渡河，渐次前进，分左中右三路成扇状展开。傍晚６时左右，法右翼部队终于推进到了奥军防御阵地前沿。有人向拿破仑建议，由于天色快黑，应待第二天再发起攻击。
可拿破仑认为约翰大公的１５０００名奥军随时都可能前来增援，应不失时机马上发起攻击。于是，法军仓促发起攻击，可进展不大，且伤亡惨重。最后，贝尔纳多特军中的萨克森师首先坚持不住，向后溃退。他们一溃退，立即使侧翼的达武军和乌迪诺军暴露无遗，拿破仑见一下难以取胜，再加上天色已完全昏暗，不得不下令停止攻击。
经过这一天几个小时的战斗，奥军顽强地坚守阵地，并使法军蒙受极大损失，查理大公心中窃喜，以为拿破仑又要重蹈阿斯佩恩和埃斯林战役的覆辙。
７月６日拂晓，双方激战重新开始。拿破仑命法军再次向奥军左翼发起猛攻，结果又败下阵来。拿破仑亲临战场观察，发现奥军两翼力量较强，且造成了有利之势，但正面过广，中央稍形薄弱，于是，他立即改变作战计划，不以主力攻击奥军左翼，而将所有兵力调向敌中央部位瓦格拉姆，实施中央突破。为使进攻瓦格拉姆的部队没有后顾之忧，拿破仑命达武军继续进攻奥军左翼防线，以牵制奥军。若有进展，则从右侧向瓦格拉姆发展进攻，配合主力行动，对敌形成钳形攻击态势。
１８０９年７月６日上午，法军进攻瓦格拉姆的号角吹响了。数百门大炮一起开火，猛轰奥军中央阵地。各军团在炮火的掩护下奋勇前进。这时，达武军已突入敌军左翼阵地，并开始向瓦格拉姆方向进击。左翼奥军顽强抵抗，终因伤亡过重，放弃阵地溃逃。左翼溃败使得中央奥军处于不利状态，法军中央和右翼部队乘势猛攻。中央麦克唐纳军团的２６营人排成每边长达一公里的方阵，率先向敌军中央阵地席卷而去。尽管损失重大，最终还是突破了奥军中心，后面的部队随之而来。奥军被迫全线后退。下午４时，查理大公得知他望眼欲穿的援军即他弟弟约翰大公的部队还在十多公里之外，不觉大失所望。至此，他那用弧形防线围歼法军的计划已基本失败，他虽把法军已诱进他的网里，但他已没有力量拉起网来，反倒让法军打穿了网底。傍晚时分，查理大公见取胜无望，便下令全线撤退。奥军有秩序地撤出战场，留给法军的战利品只不过是９门火炮和一面军旗。
瓦格拉姆一战，奥军死伤３２０００余人，被俘７５００余人，其损失不亚于奥斯特里茨战役。然而，法军付出的代价也是极其高昂的，法军损失了２７０００人。麦克唐纳因在这次战斗中表现突出，荣获殊荣，拿破仑在战场上授给他元帅节杖。
此后整整一个星期内，法军都在继续追击退却中的奥军。７月１１日，奥皇弗兰西斯派出使者，请求休战，拿破仑欣然同意，但提出了苛刻条件：凡是法军在休战时刻已经到达的地方，哪怕只有几名法军到达，奥军都要撤走，而且在最后和约签订之前，这些奥军应留在法军手里作为人质。奥皇不得不对这些条件表示同意。
谈判开始了，泄了气的奥皇准备忍受一切。他现在开始咒骂那些促使他进行这场战争的人。他清楚地记得在瓦格拉姆战斗之前拿破仑是怎样惩罚教皇的，那么瓦格拉姆战斗之后的奥地利又将是什么命运呢？他实在不敢想下去。
双方在肖恩布鲁恩宫开始订约谈判。拿破仑开出的条件是：奥地利必须割让一部分土地给法兰西帝国，割让另一部分土地给华沙大公国和俄国，同时付出１３４００万法郎的战争赔款，将军队的人数限制在１５万人以内，继续执行抵制英国商品的大陆封锁政策。奥地利不甘心作出如此巨大的牺牲，他们与拿破仑讨价还价，反复恳求放宽一点条件，但胜利者毫不让步。谈判一直拖延下去，奥国认为一旦拿破仑在西班牙有新的失败，他们就会有个谈判的好机会，所以他们在等待时机。而拿破仑呢？尽管他希望尽快缔结和约，以便把全部力量指向西班牙和英国，但他不能轻易放过奥地利，他要给他的帝国树立威信，要让整个德意志对他俯首贴耳。因此，不管奥国怎样恳求，或施展诡计，都无济于事。谈判的结局似乎一天比一天远，然而，一件意想不到的事情的发生促使了这个条约的尽快签订。
拿破仑每天清晨６点钟都在肖恩布鲁恩宫前检阅军队。每逢这种场合，总是有许多人前来一睹拿破仑的风采。１８０９年１０月１３日这一天，阅兵仪式刚要结束，一位穿着整齐的年轻人穿过随从人员乘坐的马匹，朝骑在马上的拿破仑走去。贝尔蒂埃发现这位年轻人形迹可疑，便拦住了他，这位年轻人说要亲自向拿破仑呈交一份请愿书。贝尔蒂埃从他的眼神里看到了一种特别的表情，一种似乎是下了某种决心的表情，当即警觉起来。当这位年轻人不顾劝阻再次向拿破仑走去时，贝尔蒂埃示意一名近卫军军官上去逮捕他。年轻人未加抵抗就束手就擒了，从他的身上搜出了一把大餐刀。由于这一切都是在瞬间发生的，大家又都专心致志地注视着阅兵式，谁也不曾注意到这一幕。
检阅完毕后，拿破仑命人将刺客带到面前。这位年轻人大约只有１９岁，脸色白皙，看上去文静柔弱。他供认自己是从瑙姆堡来的一位大学生。拿破仑岂不及待地想知道这个受过良好教育的青年为什么这么干，他急切地问道：“你为什么要杀我？〃〃因为你毁灭了我的国家。〃〃我伤害了你吗？〃〃同对所有德国人的伤害一样。〃〃你是第一次见到我吗？〃〃我在爱尔富特见过你，你同俄国皇帝会晤的时候。〃〃那时候你想杀我吗？〃〃不，我以为你不会再对我们的国家进行战争。我曾对你万分崇拜。一星期前我来到肖恩布鲁恩，目的是杀死你。可我到达时，阅兵式刚刚结束。所以，我推迟到今天来实行我的意图。〃〃在我的士兵中间杀死我，你打算怎样逃跑？”“我知道面临的是怎样的危险，我甚至吃惊自己还活着。〃拿破仑被青年人这种镇定的态度触动了，他沉默片刻后，又把目光落在年轻人的身上，年轻人在他的逼视下仍然泰然自若。拿破仑继续问道：“如果我现在马上把你释放了，你将去做什么呢？〃〃我还会伺机干掉你的。〃拿破仑又一次沉默了。随后他自言自语道：“这个青年人不是有病，便是个疯子。”
第二天，拿破仑召来同奥地利谈判的大臣特·香巴尼先生，〃谈判进行得怎样了？〃他问道。香巴尼说谈判已经搁置，拿破仑接着说：“我希望马上恢复谈判。我希望为了和平，不要为奥地利的赔款少几百万而犹豫不决，在那点上让步。我希望有个结局，我完全交给你办了。〃香巴尼立即执行拿破仑的命令。当晚，双方谈判代表开始讨论搁置起来的和约条文。
次日早晨即１０月１４日，特·香巴尼先生带着取得协议的和约出席了皇帝的早朝。拿破仑匆匆过目，对一切细节都表示同意，同时赞扬他的大臣这么快就实现了他的心愿。条约就此缔结，即为《肖恩布鲁恩条约》。此条约基本上是按拿破仑所提出的条件签订的，只是奥国的战争赔款由原来的１３４００万法郎降至８５００万法郎。奥皇忍辱批准了这一和约。查理大公得知这一消息，愤然辞职。
１０月２７日，那名刺杀拿破仑的年轻人被带上刑场。当他得知奥皇已经与法国缔和，浑身颤抖，怒不可遏，他在刑场上高呼：“自由万岁！德意志万岁！杀死暴君！〃一阵枪响，这位年轻人倒在血泊之中。
这段时间，拿破仑被行刺的念头困扰不已，他害怕此类事件再次发生，因此，不等批准和约的签约，就匆匆离开肖恩布鲁恩，他宣称将在慕尼黑批准条约。１０月末，拿破仑终于回到了巴黎。
遴选新后肖恩布鲁恩和约后的法兰西帝国更加庞大，它北平波罗的海，南至地中海，东抵涅曼河，西迄比利牛斯半岛。拿破仑为法兰西帝国皇帝、意大利国王、莱茵同盟的保护人、瑞士的仲裁人，并为荷兰、那不勒斯、华沙大公国等国的〃宗主之君〃、实际的决策者和统治者。
他的家族成员也都成为这些地区的直接统治者。欧洲大陆上的主要国家奥地利、起鲁士对拿破仑俯首贴耳，唯唯诺诺。沙皇俄国也委屈求全，只图自保。拿破仑帝国的强大达到了登峰造极的地步。
跃上权力之巅的拿破仑再也不是昔日那个小小的将领了，他对约瑟芬的感情开始有了一丝动摇和犹豫。在他给约瑟芬的信中，再也听不到往日将军对爱妻的声声呼唤，他用很大篇幅描绘的只是战争，他甚至阻止妻子到前线来看望自己。约瑟芬早已觉察到自己的危险处境：因为不能生儿育女，离婚那一刻会随时降临。为了推迟这一时刻的来临，约瑟芬对他唯命是从，可还是唤不回他对自己的热情。约瑟芬终日忧心忡忡。忧愁之中的美貌女子往往惹人怜爱，拿破仑开始以保护者的身份来安慰她、怜悯她，劝她多多娱乐，散心解闷。于是，一种崭新的感情在这对多年夫妻的婚姻生活中悄然滋生，那是一种温情，一种真挚、深沉和友善的情谊，并非爱情，这种新的情感在不断地扩展蔓延。没多久，水性扬花的约瑟芬重又过起那种男欢女爱的放荡生活。拿破仑开始对她劝告，继而大发雷霆，最后，放任自流，因为这时的约瑟芬虽说是风韵犹存，但毕竟是半老徐娘，身为万人崇拜的皇帝对她已没什么兴趣了。拿破仑身边围满了一批批年轻美貌的女子，他深深为这些充满青春气息的胴体所吸引。皇帝的风流艳事不断地传出，约瑟芬无可奈何，唯有以泪洗面。
拿破仑一生虽与众多女子亲昵过，但没几个获得过他真正的爱情。１８０４年，拿破仑在妹妹卡罗利娜的宫中遇上一位专事读报的姑娘，这位姑娘名叫伊利安诺，年方十八，身材高大苗条，一双美丽的眼睛乌黑发亮，她性格活泼，喜爱打扮，拿破仑被她的绰约风姿所迷倒，伊利安诺很快就成为皇帝的情妇。不久，她怀了孕，拿破仑十分高兴，专门为她租了一套公寓，她在公寓中生下一个漂亮的男孩。伊利安诺以为自己为皇帝生了一个儿子就可以提高地位，她未经拿破仑允许，就擅自抱着儿子，前来宫中谒见皇帝。拿破仑当时正在料理公务，见她不请自来，勃然大怒，当场令仆人告诉她，没有他的恩准，永远不许来见他。伊利安诺从此失去了拿破仑的宠信，孩子也转交给别人抚养。
拿破仑的情妇的命运大多与伊利安诺一样，好景不长。不过，１８０７年在波兰华沙遇到的一位女子确确实实让拿破仑动了真情。这是一位只有１８岁的年轻夫人，她的丈夫是个年逾花甲的老头。在一次波兰贵族为拿破仑举行的盛大舞会上，拿破仑对她一见钟情。这位名叫玛丽·拉辛斯卡的女人长着一头漂亮的金发，湛蓝的眼睛和白皙的皮肤特别撩人心扉。
她的个头不高，但形体优美，蕴藏着诱人的媚力。拿破仑向她走去，同她交谈。这位夫人思想敏捷，谈吐自如，娓娓动听，言谈举止之中流露出一丝内心的�