不久，拿破仑退出谈判，让他的哥哥约瑟夫在洛林省的吕内维耳同科本茨继续谈判。科本茨狡黠顽固，约瑟夫坚定而圆滑，双方都力图使出巧妙的外交手腕战胜对方。这时，英国给奥国提供了２００万英镑的津贴，在英国的压力和诱惑下，奥国又有了重起战端的念头。拿破仑对奥国在英国影响下出尔反尔极为愤怒，他多次强调和平的愿望是有节制的。然而，双方还在争吵不休，看来不通过战争是无法取得谈判的结果。１１月５日，拿破仑宣布取消法奥两国的停战状态，命令法军在德意志和意大利两个战场同时转入进攻。于是，战火又起。
１２月２日，莫罗将军率领的莱茵军团在德国南部大败查理大公率领的奥地利军队，取得了霍恩林登大捷，这次胜利打开了通往维也纳的道路。与此同时，麦克唐纳率领一支新军团在意大利出征，于严冬季节成功地穿过了施普鲁根山口，顺利地前进到阿迪杰河上游地区。这一出色行动再次切断了曼图亚要塞与奥地利之间的联系。奥地利的种种希望因军事失败而破灭，现在别无他法，只得在争取最好条件下缔结和约。可拿破仑这时却指示约瑟夫不要急于签订和约，他要奥地利答应满足他的一切要求。１８０１年２月９日，双方终于在吕内维耳签订了和约。根据和约，德意志神圣罗马帝国完全被排挤出莱茵河左岸，这块领土全部归属法国；法国还获得奥地利所属的尼德兰（比利时）和卢森堡；奥地利承认法国庇护下的黑尔维谢（瑞士）、巴达维亚（荷兰）、利古里亚（热那亚）、内阿尔卑斯（伦巴第）等共和国；法国继续占有皮埃蒙特；奥地利继续占有伊斯特里亚、达尔马提亚、威尼斯和阿迪杰左岸地区，而把阿迪杰右岸地区让给内阿尔卑斯共和国。
奥地利由于战场上的失败，不得不接受拿破仑所给予的相当苛刻的和约条款。但是，正像它不甘心于１７９７年的坎波福米奥和约一样，它对吕内维耳和约也是不甘心的，它终究要等待时机来改变这种形势，并再一次出来同拿破仑较量。
拿破仑在战场上和谈判桌上所取得的胜利使得反法联盟分崩离析，现在只剩下孤零零的英国了。英国既然已经失去作战伙伴，不能继续执行用英镑和舰队唆使他人火中取栗的政策，那只能放弃手段，接受和谈。１８０１年１０月１日，英法两国代表在伦敦签订了预备和约的条款。不久以后，在法国东北部的亚眠召开了和平会议。１８０２年３月２７日，法国全权代表约瑟夫以及西班牙、巴达维亚全权代表同英国全权代表康华里勋爵签订了亚眠和约。和约规定：英国除特立尼达以及锡兰岛上荷兰属地外，必须将法国大革命以来所占领的一切殖民地归还给法国以及附庸国（荷兰、西班牙）；马耳他岛应归还给马耳他骑士团，并保证马耳他的独立与中立；英国必须退出它在地中海和亚得利亚海占领的所有港口和岛屿；法国应从埃及和罗马撤退，把罗马和其他教皇领地归还给罗马教皇。
这一条约的签订，英国深感沉重，他们没有能够从拿破仑手里夺得他占领的欧洲任何一块地方。然而，英国并不是战败国，只是由于孤立，才被迫作出这样重大的让步。英国作为海上统治的霸主决不能容忍海上霸权的任何削弱，特别不能容忍削弱它对欧洲大陆的影响，所以，它并不准备履行和约条款。拿破仑心里也十分清楚，英法和约只是英法长期战争中的一个短暂的休战，他毫不怀疑英国会随时出来破坏和约。他作好了再次战争的准备。
亚眠和约虽然只是一项停战１４个月的条约，但这项条约却巩固了拿破仑的权力，他得意地看到以前对他态度傲慢的英国，如今也把他当作法国政府首脑对待，他的荣耀和权力在不断上升。一次他和秘书在马尔梅松散步时，他说：“布里昂，你也将永垂不朽了！〃〃为什么，将军？〃〃你不是我的秘书吗？〃〃告诉我亚力山大秘书的名字。〃秘书反问道：“哦，这倒不坏！〃拿破仑笑了。看得出，他对这番对话颇为满意。
和平给了拿破仑余裕。１８０２年１月７日，约瑟芬的女儿奥唐斯·博阿尔内小姐与拿破仑的弟弟路易·波拿巴举行了婚礼。第二天，拿破仑出发去了里昂。在那里，内阿尔卑斯共和国的议员们在等着他选举总统。一路上他受到了热烈欢迎。抵达里昂后，他受到了邻近各省的立法团和议员代表以及意大利议员的拜谒。陪同前往的波拿巴夫人跟丈夫一起观看了演出，同他分享里昂市为他组织的盛大庆祝活动的欢乐。２６日，拿破仑如愿以偿地获得了内阿尔卑斯共和国总统的头衔，他朝伦巴第主权又大大地前进了一步。
回到巴黎后，拿破仑开始考虑制定宗教信仰法。在此之前，一派有势力的人曾向拿破仑倡议同教皇决裂，建立一个独立的法国天主教会，其首脑应住在法国。并指出这样做可以使第一执政的权力大大增强。可拿破仑却不以为然，他说：“我相信，法国一部分是要成为新教徒的，尤其是我要赞助那个倾向的话。我也确信，法国大部分仍将信仰天主教，他们会热情百倍地反对同胞分化。我只须恢复法国原来盛行的宗教，再给少数人以宗教信仰自由，就能使每个人满意了。〃拿破仑本人并不信仰任何宗教，但却深通心理战略，他十分清楚地认识到教会仍能左右群众的情感。法国境内还有４万名僧侣，他们对人民的心理足以发挥强大的影响。为了使自己的政权获得强有力的支持，拿破仑决定与天主教合作。１８０１年７月１５日，拿破仑关于重建天主教信仰一事同新教皇庇护七世达成了政教协议。一个月后，《箴言报》发表了一项告示，措词如下：“明天，热月２７日，即８月１５日（星期日）是圣母升天节，届时，巴黎圣母院教堂和各教区教堂都将举行感恩赞美诗歌诵会，以示广施恩德……。〃人们不敢相信自己的眼睛，这些曾被革命风暴扫除的历史垃圾如今重又出现在法兰西共和国的官方报纸上，人们不由得感叹革命早已成为往事。
１８０２年４月，立法院通过政教协议和教会组织条例。４月１１日，庄严的《赞美上帝颂》在巴黎圣母院演唱，这华丽壮观的仪式吸引着无数听众，拿破仑与许多将军也驱车前往。第二天，拿破仑问起奥热罗对仪式作何感想，这位将军答道：“全都非常好，什么都不缺，只少了为推翻你现在正建立的东西而死去的千百万人。〃拿破仑颇为不悦。
拿破仑要利用亚眠和约所带来的短暂和平来巩固法国对殖民地的统治。早在督政府时代，圣多明各岛宣布脱离法国独立，着名的黑人领袖杜桑·卢维杜尔在这个岛上建立了巩固的领导地位。权力日升的拿破仑决定派兵远征此岛，使其重新归顺。１８０１年１２月，一支远征军浩浩荡荡地离开了法国海岸。司令一职由拿破仑的一个妹夫勒克莱尔将军担任。之所以任他为司令，是因拿破仑对他嫌恶甚深。拿破仑对勒克莱尔将军说：“这是给你的训令。现在是你的机会，发财去吧，别再纠缠不休地向我要钱，惹我厌烦。〃拿破仑给杜桑·卢维杜尔写了一封言辞动听的信函，提出只要杜桑能为圣多明各岛归还母国而卖力，就任命他为副总督。杜桑被这动听的言辞骗到了法军军营，立即遭到逮捕，并被押送到法国。
拿破仑下令把他监禁在一座荒山上的一间单独密室里。严寒的气候、残酷的监禁、不能同亲属会面、不能散步，最厉害的虐待终于使杜桑·卢维杜尔在监禁１０个月以后就命归黄泉了。
短暂的和平给法国带来了繁荣和安宁。１８０２年的巴黎到处是一频繁华似锦、歌舞升平的新气象。每到检阅日，巴黎人全都涌往游艺场，兴致盎然地参加各种活动。自从三级会议集会以来，各种娱乐场所还从未接纳过如此众多的游客，各节庆日也从未显得如此壮观，首都也从未呈现出如此快乐的光景。人人脸上都挂着幸福的微笑，繁荣安宁的气氛到处可见，作为其缔造者的波拿巴无时无刻不感到荣耀和自豪。尤其是夏普塔尔先生在罗浮宫举办的工业产品展览会，让拿破仑大为满意，他为法国工业达到如此高的水平以及展览会引来众多外国人的赞叹而得意非凡。
国泰民安也为拿破仑集中权力、排除异己提供了机会。在这个时期，谁反对他或不尊重他，都会失去宠信。富歇是拿破仑在雾月１８日政变中的得力助手。然而，富歇却是一个善于玩弄权术的阴谋家，拿破仑很清楚这一点，他说富歇玩弄阴谋如同他一定要吃饭一样。当时拿破仑的朋友全都反对富歇在政府中占有席位，可拿破仑舍不得一脚踢开他，因为执政府成立初期国内叛乱迭起，而富歇却在警务方面有着突出的才能。富歇被任命为警务部长。如今，富歇的权势愈来愈大，不仅在巴黎，而且在整个法国，富歇以其高超的能力笼络了一批支持者。拿破仑对这个反复无常、两面三刀的警务部长早有戒心，他决定趁现在国内太平解除富歇的职务。１８０２年９月１２日，拿破仑表示他对法国目前的安全和国内平静具有信心，决定裁撤警务部。富歇的警务部长一职也就此结束。为了不激怒富歇，拿破仑任命富歇为参议员，并在向参议院推荐富歇的咨文中宣称：“富歇在困难时期担任警务部长，以其才能、活动和对政府的依附做到了情势要求的一切。虽然把他安插在参议院内，但如果事态再次需要警务部，政府将再难找到比他更可信赖的人选了。〃就这样，拿破仑巧妙地除掉了这个心腹之患。
终身执政胜利与和迫使拿破仑成为一位受到普遍颂扬的英雄。为了表彰拿破仑的业绩，１８０１年５月４日，法国议会通过了执政任起再次延长１０年的决议。然而，拿破仑对此并不满意，他的目标是要成为终身执政。他向参议院提出了这一要求，可遭到参议院的否决。他没有因此对参议院大加责难，而是对议案作了不动声色的回避性答复，他说：“如果人民的愿望要求参议院授与这１０年任期，我将服从这新的牺牲。〃他希望能从人民那里获得更大权力。
１８０２年５月１０日，法国议会顺应了拿破仑的愿望，决定将下述问题提交人民决定：“是否任命第一执政为终身执政？他能否有权指派继承人？〃布告张贴在巴黎城内，人们驻足观看。许多人读过以后，发自内心地说道：“法兰西现在和将来能够献给执政官的一切，永远低于他为法兰西所做的一切。”５月１２日，选举活动开始。警察局秘书处、每个市政厅、每个法院书记室都摆上了两个登记簿。赞成拿破仑为终身执政的在一个簿上签名，反对的则在另一个簿上签名。警方人员混杂在选民当中，精心地搜集着选民的反应。可是，警探所听到的每一句话都是赞扬执政官的。
选举在兴高采烈的气氛中进行，反对者寥寥无几。最终选举结果不言而喻，但巴黎市民还是怀着某种激动心情等待公布最后结果。２个月后，统计结果出来了，３５６８８８５名法兰西公民赞成波拿巴荣任终身执政官，反对者仅８３７４人。人们沉浸在无比兴奋中，似乎法兰西命运会由此永恒地确定下来。
１８０２年８月２日，拿破仑终于被任命为终身执政。尽管许多效忠共和政体的将军，如卡尔诺、马塞纳、莫罗都投下了反对票，但那也无济于事了。
不久，拿破仑又向审议各种新法典的委员会表示赞成罗马法关于过继的规定，他说这样选定的嗣子比亲生儿子还要亲。人们十分清楚拿破仑是想过继一个他兄弟的儿子作嗣子，因为约瑟芬已无法为他生儿育女。１８０２年８月４日，保守的参议院以一项简单法令授权他用遗嘱证书的方式指定执政一职的继承人。现在连感觉最迟钝的人都已看清第一执政已大权在握，恢复帝制是迟早的事了。
这两项参议院法令公布之后，一些有利害关系的谋士纷纷聚集到第一执政的周围，提出应恢复古代的各种称号，说这比共和国的各种形式更能同人民托付给他的新权力相配。然而，老练的拿破仑认为心急吃不了热豆腐，一切得等待时机。他对布里昂说：“到时候一切自会来的。不过，布里昂，你要明白我必须首先采用尊号，这样，我要授给的其他称号就自然有了来源。最大的困难已经克服，无须再瞒骗什么人。人人都看得明明白白，终生执政同帝位之间只有一步之差。但是，我们必须多加小心，保民院有些爱找麻烦的家伙，但是我会提防他们的。”
拿破仑要当皇帝的念头引起了一个女人的严重不安，那就是波拿巴夫人。约瑟芬清楚地知道�