可具有权力野心的拿破仑对这部宪法草案极为不满，他认为大选长仅仅是一个徒有虚名的职位，他向西哀耶斯指出：“大选长仅仅是消瘦的身影，是懒散君主的身影，您能指出世上有这样的庸人竟然低贱到心甘情愿去承受如此的愚弄吗？两个执政中，一个拥有司法部长、内政部长、警察总监、财政部长、国库总监作为自己的助手；而另一个则管辖海军部长、陆军部长和外交部长。围绕着第一个人的是法官、行政官、财政官等穿长袍的人员；而围绕第二个人的则都是些带有肩章的军人。一个为了军队需要钱，需要征兵，一个却什么也不给。这样的政府是畸形的造物。〃西哀耶斯则指责拿破仑想当君主。两人针锋相对，卢森堡宫的会议厅连续１１个晚上展开对宪法草案的辩论。拿破仑凭着自己的体力和精力的优势，故意把讨论时间延长到深夜，用疲劳来征服他的反对者。最后，精疲力竭的西哀耶斯终于败给了精力旺盛、不知疲倦的拿破仑，放弃了大选长制。拿破仑把文、武两个执政各自行使的职权全部归于第一执政。１８００年初，这部经过拿破仑修正过的宪法草案交付全民投票表决，以压倒多数获得通过，拿破仑成为拥有无限权力的第一执政。
宪法通过前夕，西哀耶斯和罗歇·迪科辞去执政之职。为了酬答他们在政变中的合作，拿破仑安排他们在元老院担任终身元老，并把克龙庄园奖给西哀耶斯。接替这两位执政的是法学家康巴塞雷斯和经济学家勒布伦。他们实际上只是拿破仑顺从的助手，一个从立法上帮助他，一个从财政上帮助他。
督政府给第一执政留下的是一个烂摊子，而第一执政又没治国方面的经验，缺乏很多必要的专门知识，但拿破仑并没有被困难吓倒，他的长处是善于积累知识，善于听取专家们的意见，并能从中抓住一种正确的意见。他曾对继子欧仁·博阿尔内说：“当你到了一个不熟悉的城市的时候，你不要闲着，而要去研究一下这个城市，你怎么知道你将来不会来占领这个城市呢？〃因此，英国船长们曾对拿破仑感到万分惊奇：他不仅能够谈出法国船具的细节，而且能谈出英国船具的细节，能谈出英国和法国锚索的区别。在拿破仑担任第一执政的初期，他经常外出巡视，亲自去了解国情和民情。他把工商业问题如生产的销售、税率和关税、水运和陆运等研究得非常透彻。在充分了解国情的基础上，认真听取专家们的意见。１７９９年１２月２５日期，他挑选了一些有行政经验的人组成拥有２９名成员、以他为主席的参政院。参政院分陆军、海军、财政、立法、内务五个组。这五个组平时分别执行职务，不定期召开会议。会议通常由拿破仑主持，他让参政官畅述己见，但最终决定还是由他来做。他曾说过：“取得战斗胜利的人，不是提出好的建议的人，而是负责执行和下命令执行这个建议的人。”
拿破仑在一批富有经验的人才的支持下，大刀阔斧地进行地方行政改革，加强中央集权制。１８００年２月１７日，他下令取消了地方自治和选举制度。各级行政区都由一名行政长官领导。同中央政府一样，地方所有官吏都由政府委派，其中大部分省长由拿破仑直接任命。这些省长直接向中央政府负责。他们职权的专业化，提高了管理水平和办事效率。
拿破仑认为强大的国家必须拥有强大的工业和发达的商业。政府给工业以巨额津贴，建立新企业，举办工业博览会，鼓励机平生产。１８００年２月１３日，在〃往来存款银行〃和“商业贴现银行〃的基础上建立了法兰西银行。此银行在法国金融和工业生活中起了重要作用。为了保护国内工商业发展，拿破仑政府采取了坚决的关税保护政策，抵制国外商品在国内市场的倾销。在交通运输方面，１８００年，政府投资修建从巴黎到里尔、马赛、波尔多、斯特拉斯堡和布勒斯特的各条公路，并着手开拓圣康坦、乌尔克等运河。拿破仑派遣了很多工程师到工地，自己也经常去那里，同工程师们一道拟订开拓方案。这一切加速了法国资本主义的发展。
身为第一执政的拿破仑这时更加认识到人心向背对一个政权巩固的重要性。为了笼络人心，他在卢森堡宫向荣立战功的官兵授予荣誉马刀和步枪。在第一批被授予马刀的官兵中，有一个叫莱翁·奥纳的掷弹兵军士，他获准上书第一执政表示谢意，拿破仑立即复信道：
“我收到了你的信，我勇敢的同志；你无须提醒我你的英勇行为；自从勇敢的班纳赛特死后，你是军中最勇敢的掷弹兵。你领取了我分授的１００把马刀中的一把，谁都同意，你是最当之无愧。我很想再见到你，陆军部长下令让你前来巴黎。〃这封信在全军流传，法国最伟大的将军、第一执政称呼一个军士为他的勇敢的同志，这种平等的态度使整个军队热情高涨。
拿破仑这种笼络人心的手段同样也运用在文官中。拿破仑素以精力旺盛、不知疲倦而着称，他每天除了几个小时睡眠、１５分钟的午餐和不到１５分钟的早餐时间外，其余时间全部都用来工作。他也以这个标准去要求别人。在他身边的每个人不得不超出一切限度来工作，然而，没有人对此抱怨。一个曾在拿破仑时期长期任职的官员说：“拿破仑有一种用亲昵而毫不拘礼的态度来提高人们对事业的忠诚的本事。他在必要的场合下，善于用这种态度来对待下级，像对待平级的人一样。〃这种本事使人们产生激情，就像他在军队里使官兵产生激情一样。人们在工作中累得精疲力尽，就像官兵们在战场上牺牲一样，毫无怨言。文官们也像武官们一样，为了得到一枚勋章或主宰的一个微笑，而不惜赴汤蹈火。
大权独揽的拿破仑也有因意气用事而作出错误决定的时候，但性格倔强的拿破仑什么时候也不走回头路，即使明知是一个不公正的决定，他也不会立即去改正它。在他初为执政时就发生过这样一件事。
１７９９年春拿破仑在埃及时，督政府曾把曼图亚城防司令一职授予拉图尔·弗阿萨将军。拉图尔担任这一重要职务不久，奥军便来围攻曼图亚。７月间，拉图尔将军向奥军投降，曼图亚失守。督政府怀疑拉图尔将军暗通奥军，便下令军事法庭调查这位将军的行径。
拉图尔回到法国后，立即为失守曼图亚辩解。拿破仑升任执政后，听说这一案件，气愤异常。曼图亚是他蒙受了巨大牺牲才拿下的，如今却失守在这位将军的手里，不能不心痛。他不等拉图尔的罪责得到证明，便停止了军事法庭的调查，宣布拉图尔有罪，并发布了一道针对他的激烈法令。这一专断的决定引起了众多将领的不满，他们不由得担心日后一旦失欢于第一执政，也会因第一执政的一句话而断送前程和生命。事后，平静下来的拿破仑开始觉得自己的决定有些过激，他的秘书也指出他的做法不妥，劝他改正这一决定，但拿破仑答道：
“也许你说的对。可是事情已经做了，法令已经发布。我向每个人都这样说明，我不能回转脚步。后退就是失败。我不能承认有错误。过些日子我们再看怎么补救吧。”
这个时期，卢森堡宫办了一件喜事，那就是拿破仑的妹妹卡罗利娜与缪拉将军举行了结婚典礼。缪拉虽出身低微，但举止文雅，风度高贵，深得执政夫人约瑟芬的喜爱。当时有人传说约瑟芬与缪拉有暧昧关系，为了证明这纯属谣言，约瑟芬极力劝说拿破仑将妹妹卡罗利娜嫁给缪拉。拿破仑很高兴看到妻子对这门亲事如此热心，便欣然同意了。卡罗利娜与缪拉很快就举行了婚礼。
拿破仑虽为第一执政，但他的野心并未得到满足，执政府只不过是迈向君主制的一个步骤。卢森堡宫变得太小，容纳不下政府首脑，拿破仑决定要搬到法国历代国王的寝宫杜伊勒里宫去住了。
迁出卢森堡宫那天，拿破仑神情得意地对布里昂说：“我们到底要睡到杜伊勒里宫去了。我一定要排列仪仗前往。这本不是我喜欢的，但是我们必须铺张一番，因为百姓喜欢。
督政府太简朴了，因此没有威信。简朴在军队是适当的，但在一个大城市，在一座宫殿，国家首脑必须用一切可能的办法引人注目。”
１时整，拿破仑离开卢森堡宫。３０００名精选士兵以齐整划一的步伐在乐队高奏声中行进。将官和他们的幕僚骑马，各部部长乘车。独有执政乘的马车由６匹白马拉曳，令人想起光荣与和平。这些漂亮的马匹是坎波福米奥条约缔结后德国皇帝赠送给拿破仑的。拿破仑还佩带着弗兰西斯皇帝馈赠他的贵重马刀。与第一执政同乘一辆马车的是另二位执政康巴塞雷斯和勒布伦。通往杜伊勒里宫的各条大道上都有卫队夹道欢迎，民众的欢呼声不绝于耳。
军队在杜伊勒里宫前面的广场上列队。第一执政下了马车，纵身上马，检阅部队。周围挤满了看热闹的群众，还有许多衣着优雅的妇女，他们异口同声地高呼：“第一执政万岁！”
拿破仑缓缓地走过各个团队，向他们说了许多鼓舞士气的话。然后，他在接近杜伊勒里宫大门处就位，右侧有缪拉，左侧是拉纳，背后站立着大批年轻的勇士，他们的颜面已被埃及和意大利的太阳晒得黝黑。在这里还悬挂着第９３、４３和３０等几个残旅的军旗，这些旗帜只剩下一根光秃秃的旗杆，上面挂了几条已被硝烟熏黑的弹痕累累的碎片。拿破仑对着军旗脱帽鞠躬致敬，顿时赢得了成千上万的人同声喝彩。军人排成单人纵列后，拿破仑正步跨进了杜伊勒里宫的大门。
平定内乱督政府末期，在法国南部和中部所有道路上强盗盛行。这些强盗在光天化日之下，拦路抢劫，杀害公众，袭击村庄，用火刑拷打被捉住的人，要他们供出钱藏在什么地方。他们打着为波旁王朝复仇的旗号，无恶不作。拿破仑上台后，决定肃清这批匪帮。拿破仑颁布命令：不抓俘虏，一律就地镇法。窝藏盗匪或者购买赃物者，或者与盗匪有联系者，一律处死。他派出大量军队，这些军队毫不留情地镇压了直接罪犯及其帮凶，并镇压那些姑息纵容的警官。
与此同时，旺代等地的王党活动非常猖獗。王党叛乱正在诺曼底、布列塔尼、旺代等地迅速蔓延，一部分农民也被吸引到王党的叛乱队伍中。他们利用英国人从海上给他们提供的最好武器，借助森林和沼泽地带，进行长期的游击战争，反对一切革命政府。拿破仑对叛乱分子采取了软硬两手策略，他一面派出军队进攻叛乱分子，一面答应对立即放下武器的人实行特赦。这对分化瓦解叛乱队伍起了很大作用。１７９９年１１月２４日，埃杜维尔将军代表法国当局同叛乱分子首领缔结了第一次停战协定。叛乱分子为了进一步摸清拿破仑的意图，看看拿破仑能否出来支持他们的复辟活动，便派代表前往巴黎同拿破仑会面。双方就不在叛乱地区征兵、欠税延期缴纳和归还逃亡者尚未拍卖的财产等方面达成协议。拿破仑一方面表示〃我不是王党分子〃，另一方面又说：“十年来，法国人的血流得够多了〃，表示了和解的愿望。最后，拿破仑表示希望要同着名的叛乱首领乔治·卡杜达尔进行单独会谈，并保证他在巴黎期间的人身绝对安全。
这个身材高大、刚健有力的叛乱首领终于来到巴黎，同身材瘦小的拿破仑单独会面了。
这次会见持续了几个小时。为拿破仑生命提心吊胆的副官们挤满了旁边的小屋，他们很清楚卡杜达尔为了自己的事业早已将生死置之度外，他是什么事都干得出来。然而什么事也没发生。拿破仑提议给他一个将军头衔，加入军队，同外国人作战，卡杜达尔表示拒绝，返回旺代。
１８００年１月１０日，拿破仑发表公告：“再也不能容忍那些没有信仰、没有祖国、堕落为外国敌人的可耻工具的人，拿起武器反对法国的人。〃他号召平叛军队打一场快速而漂亮的仗，对土匪们绝对不能手软，对其同党及其姑息养奸者一律格杀勿论。在军队的严厉镇压下，一度十分猖獗的叛乱在拿破仑上台不到３个月的时间内便被迫定了。乔治·卡杜达尔顽固地拒绝投降，逃到英国去了。
为了团结一切可以团结的力量，拿破仑对亡命者采取了宽容的态度。他取消了禁止贵族和亡命者亲属充任国家公职的规定。１８００年３月３日政府作出决定，不许在逃亡者名单上再增添新的名字，即１７９９年１２月２５日以后出国的人不许以逃亡者对待。允许逃亡者回国。这样，公开的保王党人、立宪派人士、雅各宾党人以及几次政变中逃亡国外的人士纷�
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