生活满意和美好的一切手段呢？……“埃及人应该被召唤来担任所有公职；最有智慧、最有学问和最有德行的人应该执行政务，人民应该得到安乐。
“你们有过一些大城市、大运河和巨大的贸易。如果不是马穆鲁克贪婪、不公正和推行苛政，是什么东西把所有这一切都毁坏了呢？
“律法师们、酋长们、阿訇们，请告诉人民：我们是穆斯林的真正朋友。……“极其幸福的人将是那些为我们效力的人！他们将在事业和地位两个方面都取得成功。
幸福的人将是那些保持中立的人！他们将有时间学习，以便了解我们，而他们将使自己站在我们一边。
“可是，灾殃——成３倍的灾殃将降临到那些为马穆鲁克拿起武器同我们作战的人身上！他们不会有任何希望，他们将灭亡。
“第一条，位于部队经过的地方９英里内的所有村庄应派一名代表报告指挥军队的将军：他们是忠顺的，并且已经悬挂了蓝、白、红的部队旗帜。
“第二条，所有拿起武器与部队为敌的村庄将被焚毁。
“第三条，所有投诚的村庄应把我们部队旗帜与苏丹的旗帜一起悬挂。
“第四条，各个部落的酋长应把属于马穆鲁克的货物、房屋和财产封存起来，并注意不得有任何侵吞。
“第五条，部落酋长、律法师和阿訇应继续履行自己的职责。所有居民应留在家里，并照常祈祷。大家应为消灭马穆鲁克而感谢真主，并高呼：光荣归于苏丹！光荣归于他的朋友法兰西部队！把马穆鲁克逐出教门，幸福属于埃及人民！”
６天之后，拿破仑命克莱贝尔为当地和全省司令官，率约９０００卫戍部队留守亚历山大，自己则率其余军队向开罗进发。
这是一年中最炎热的季节。全军要在几乎是无水的沙漠里作长达６０公里的行军，官兵们第一次真正认识到这场战争的艰苦性。浩翰的沙漠烤灼在直射的骄阳下，水成了最珍贵的东西。乡村居民在慌乱中起家出走，临走时往井里下了毒或将泉水掩盖起来。法军没有准备热带服装，甚至连水壶也没带，部队渴得要命，可除了令人恶心的咸水塘外，找不到任何解渴的东西。空气中充满了毒虫，黄沙的灼光减弱了大多数人的视力，许多人因此而失明，路途中不见人踪兽迹和草木，只有阿拉伯骑兵神出鬼没，不时地袭击掉队的法军。士兵们怨声载道，难道司令许给每人的６亩土地就在这里？军官们也无法忍受这恶劣的环境，被派往贝达的狄舍将军写信给拿破仑说：“我求求你，别再让我们留在这个地方，士兵们已经灰心丧气、窃声抱怨了。命令我们前进或者后撤吧。各个村庄尽是小茅屋，一点财源也没有。”就连缪拉和拉纳这样英勇无畏、久经考验的将领也忍不住发起牢骚，他们愤怒地把帽徽踩入沙中。惟有拿破仑一人超然于这一切灾难之上，他是下了决心要把这场战争进行到底。
尽管整个部队疲惫不堪，但部队每到一个城镇都不得有一分钟的休息，拿破仑的目标是继续行军，立即挺进开罗。法军入侵的消息传到开罗，开罗张灯结彩，贝伊们和他们的将军们发出一阵阵欢呼声，他们把法军视为〃待切的西瓜〃，并保证每个马穆鲁克将带回成百颗人心。于是，穆拉德贝伊率领２０００名马穆鲁克、２０００名土耳其步兵和６０艘船的小舰队从开罗出发。
７月１３日夜间，拿破仑率军沿尼罗河左岸向南进发，同时由卑雷指挥的一支法国舰队也沿河上驶。拂晓时分，法军抵达肖布腊克希，在这里遇上了穆拉德贝伊率领的马穆鲁克骑兵团。拿破仑立即将他的每个师都组成方阵。方阵里刺刀林立，寒光逼人。方阵的四角都设有火炮。为了能与河上的舰队保持接触，其中一个师的方阵紧靠尼罗河。日出之时，各团的乐队在方阵中央奏起《马赛曲》，准备迎接战斗。
面对法军方阵厚密的刺刀，马穆鲁克骑兵毫无惧色，他们喊叫着，发起了勇猛的冲击，但很快就遭到法军枪弹和葡萄炮弹的还击，不得不败下阵来。马穆鲁克骑兵再次冲锋，但毫无战果，法军的方阵犹如铜墙铁壁一般，纹丝不动。在法军强大火力的逼迫下，马穆鲁克骑兵不得不退向开罗。
与此同时，尼罗河上的法国舰队因遭到马穆鲁克舰队的拦截而处境危险。法方死伤３０多人。正在这关键时刻，法国炮艇有一炮击中了敌军旗舰上的弹药库，所有乘员全被炸死，敌军舰队大乱，慌忙撤退，法军舰队转危为安。
战斗结束后，拿破仑立即发动追击。尽管天气酷热，法军还是兼程挺进。７月２０日黄昏，他们到达了尼罗河的分叉点，这里距开罗仅１５公里，排列整齐、雄伟壮观的金字塔就在眼前。正当大家面对金字塔赞叹不已时，拿破仑登上了一个山坡，他发现马穆鲁克兵早已在尼罗河两岸严阵以待，左岸上是穆拉德贝伊军，右岸上是易卜拉欣贝伊军。
７月２１日凌晨２时，金字塔群附近的开阔地带旌旗蔽日，杀气腾腾，穆拉德军与法军都摆开阵势，准备决一雌雄。一场着名的金字塔大战开始了。
马穆鲁克一方的中央是精锐的骑兵军团，由１２０００名骑士组成。骑士们个个身穿白袍，头插羽毛，手中的刀剑、长矛闪闪发光。骑兵军团的右翼是２万名土耳仆人和阿拉伯人组成的步兵军团。他们的阵地上构筑着一道道土垒，土垒后面设置着４０门旧式大炮。骑兵军团的左翼，是几千名阿拉伯游牧部落士兵，他们有的徒步，有的骑马，有的骑骆驼，服饰和武器杂乱无章。
拿破仑和他的参谋们来到前沿，仔细观察敌阵和周围地形，他们很快发现了马穆鲁克军的几个弱点：骑兵军团的队列十分松散，步兵军团更是混乱不堪；土垒非常简易，不足以阻挡步兵的攻击；铁炮安置在无法移动的海军式炮架上。拿破仑观察完毕，便对各师团下达具体作战方案，每个师团组成一个方阵，５个师团面向敌军一字排开。
上午１１点左右，一阵阵战鼓声和军号声响了起来。法军狄舍师团首先向前缓缓移动。
几分钟后，其他几个师团也迈步前进。
看到法军方阵逐渐逼近，穆拉德贝伊的脸上露出轻蔑的冷笑。他拔出战刀，在空中划了一个弧形，大声叫道：“勇士们，真主保佑我们消灭这些可恶的异教徒。冲啊！〃刹那间，沙土飞扬，马蹄声大作，马穆鲁克兵发出狂野的呼喊，以排山倒海之势扑向法军方阵。
这时，法军立即停止了前进。法军指挥官命令各方阵第一排士兵卧倒在地，第二排士兵蹲下，第三排士兵直立着。这三排士兵举枪瞄准，后面的士兵则迅速地向前传递装满弹药的步枪。在各方阵前排出现的几个豁口上，乌黑的炮口伸了出来，这是法军的小型机动野战炮。当马穆鲁克骑兵冲到离法军仅５００米时，法军指挥官高举战刀的手猛地往下一劈，法军各方阵同时喷射出密集的子弹。
战场上顿时枪炮齐鸣，人喊马嘶。法军的滑膛枪弹和榴霰弹将马穆鲁克骑兵成平地扫倒。不过几分钟，马穆鲁克的骑兵已被大量杀伤。少数骑兵冲得较快，奋不顾身地突入法军方阵，砍倒了几个法军士兵，但随后也都在刺刀丛中丧了命。还有几股骑兵冲进了两个方阵间的夹道里，结果被猛烈的交叉炮火杀死。马穆鲁克兵伤亡越来越严重，而法军方阵却岿然不动。无情的刺刀和轰鸣的炮火迫使马穆鲁克残存的几千骑兵不得不后撤。拿破仑乘势挥军前进，中央的狄舍师团迅速截断了部分敌骑兵的退路，并将他们消灭。左翼的法军很快突入敌步兵军团阵地，毫无困难地越过土垒，夺取了那几十门笨重的大炮。右翼的法军也击溃了部落兵，缴获了数百头骆驼。战败的敌人走投无路，成群地跳入尼罗河中，溺死者无数。来不及跳河的，均遭法军杀戮，顿时尼罗河水被鲜血染得通红。穆拉德贝伊率３０００残兵仓皇逃走。右岸上的易卜拉欣贝伊见大势已去，也率军撤往叙利亚。
经过这两个小时的苦战，马穆鲁克兵吓得魂飞魄散，他们称拿破仑为〃炮火之王〃、〃上帝之鞭〃，从此，拿破仑的威名传遍东方。法军士兵也在这一仗中使远征埃及所经历的千辛万苦得到了补偿。他们从杀死的和溺死的马穆鲁克兵身上搜到了许多值钱的东西，一些士兵往往因一具尸体而大发横财。
通往开罗的障碍被扫除了，法军很快进驻了这个城市。吓呆了的居民在沉默中迎接了征服者。拿破仑向开罗人士发出了下述公告：“昨天，马穆鲁克兵非死即伤，我正派兵追逐逃脱了的散兵游勇。把你们河岸的船只放过来，并派代表团来通知我你们归降，以面包、肉类、草料和大麦供应我的部队。不要惊慌，要安静如常，我确信再也没有其他人比我更急于为你们的幸福效劳了。”
极度疲乏的法军在开罗得到了大量食物，他们终于可以好好休息一下了。可拿破仑并没有闲下来，他以充沛的精力立即投入埃及的组织管理工作。他发出多道命令，号召法军严格遵守军纪，尊重伊斯兰教的信仰和当地的风俗习惯，不得骚扰清真寺和当地妇女。拿破仑亲自参加清真寺的礼拜活动，他甚至向阿訇们表示，自己也信仰伊斯兰教，并请他们给自己讲解《古兰经》。经过多方考察，拿破仑决定在埃及各省成立行政、警务、征税等机构。７月２７日，他以国家研究院院士及总司令的名义发出了下列命令：
“第一条，埃及各个省都应成立一个由７名成员组成的政府，负责照管本省的利益，告诉我民间所有的疾苦，防止村落之间的械斗，使用法国总督提供的武装力量监督和惩治罪犯，并在任何必要的时候向人民发布指示。
“第二条，各省都有！名始终受法国总督调遣的警务官。他统领６０名武装的当地人，必要时得调往各地维持秩序，导致忠顺与安宁。
“第三条，各省应有１名责任监察官，监查租税和国家岁入的征收事宜，这种租税和岁入过去是属于马穆鲁克的，现在则是属于共和国的；在监察官之下应有一些必要的经理人员。
“第四条，每一个监查官应有一名法国人充任总管，他应向中央财政部门报告，并坚决执行他可能得到的一切命令。”
正当拿破仑致力于重建埃及的政治制度时，突然传来了法国舰队在海上覆灭的消息，拿破仑震惊了。
原来，纳尔逊发现自己判断错误以后，立即调转船头尾随法国舰队而来。８月１日，纳尔逊舰队的了望塔终于发现了停泊在阿布基尔湾的布律埃斯舰队。当时，法国舰队在这开阔浩瀚的阿布基尔水域没有充分的防卫设施。８月１日下午，纳尔逊舰队的１４艘战舰，载着１０００多门火炮，顺风驶至阿布基尔。法国舰队指挥立即发出紧急集合信号，可这时几乎有一半人员还在岸上搜集饮水和给养。纳尔逊判断在法国舰队的停泊线和浅滩之间，必有足够的地方可容英国舰只插进去，于是，他作了一个极为大胆、近乎冒险的决定：把舰队一分为二，５艘军舰插入法国舰队和浅滩之间，其余舰只则在朝海的一面，沿着法国军舰停泊线活动，从两方夹攻法舰。法国舰队在面临陆地的这一面没有配置炮手，因为他们作梦也不会想到这一面也会受到攻击。法国舰队左右两边受到英舰近距离的炮火轰击，只有招架之功，无还手之力。黄昏时，法旗舰〃东方〃号爆炸，舰队司令布律埃斯阵亡。次日拂晓，除了两艘主力舰和两艘巡洋舰得以逃脱外，其余舰只均已丧失行动能力。
拿破仑素以精力旺盛，镇定自若而着称，可他得知这一悲惨消息后，也经不住这突如其来的打击，他脸色发白，悲痛万分。他一眼就估量出这幕惨剧所带来的致命后果：同法国一切交通都被切断，返回法国的全部希望也随之断绝，除非屈尊向一个不共戴天的敌人投降。
当他的秘书规劝他耐心等待督政府的帮助时，他怒气冲冲地嚷道：“督政府里尽是一帮混蛋！他们嫉恨我，恨不得我死在这里才快活。而且，你看全军有多么不满，谁也不愿呆下去。”
拿破仑相当地激动了一阵。可不久，笼罩着他的这种阴暗情绪就消除了，他又恢复了坚定自制和镇静。他意识到他现在最迫切的任务是振奋部队精神，驱散悲观情绪。他鼓舞部下说：“这样，我们被隔绝在埃及的土地上了。这很好。我们必须在惊涛骇浪的大海上活下来，大海会平静下来的。或许命运注定我们要改变东方的面貌。我们一定要留在这里，像古代人那样在这里完成伟大的功业。〃〃埃及曾经是一个强盛的帝国。它在向英国的进攻战中具有多么优越的位置！〃〃我们将不得不创立一个大帝国。……海�