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商鞅以来的秦国政策，是以中央集权来集结各种力量，使秦国国力迅速增强，进而能统一天下。但统一后的秦皇室却因幅员过大，环境太复杂，丧失了执行政策的掌握力，进而造成统制上的无效和混乱。
报复儒生，衍生坑儒大悲剧
淳于越的建议，原想让秦始皇放弃过于严厉的法治而以封建制度来解决各地区问题，特别是组织结构一向复杂的齐地但想不到却换来了更严重的思想统制——焚书。
由于新法令非常严厉，再也没有儒生敢以身试法，提出反对意见。因此只好把不满的情绪转入地下活动，却反而使这股批评力量传播得更快。秦始皇和儒生的关系，也因这件事迅速恶化。
始皇35年，为突显秦始皇在皇室中的地位，决定在阿房宫加建“始皇登天台由于此事与宗教有关，始皇乃再度要求候公和卢生为其工作。”
卢生等在求取仙药上绩效不佳，为害怕始皇追究，乃趁机先提出他们的建议：
“臣等为皇上求取灵芝仙药而屡次不获，是因皇廷内部有不良因素之所致……为人主者应隐蔽自己的行为以避恶神，能避开恶神，仙人才肯到来人主所居所行，臣下都很清楚，便会有碍神明降临意愿……因此，希望皇上日常所居及言行切勿随便为人所知，然后不死的仙药才能顺利获得。”
经过7、8年密切相处，卢生等人的确相当能掌握秦始皇的心理。对一向缺乏安全感又好疑的皇帝，最害怕的便是别人窥视他私底下的言行。卢生这些话，秦始皇不见得相信，但正好让他有足够理由来刻意掩饰其私下的言行。
没多久，有天秦始皇在新建成的梁山宫山上，看到宰相李斯的车骑阵容庞大，心中十分不满，便作了几句埋怨侍从人员便将此事告诉李斯，李斯立刻减少跟随车骑想不到秦始皇知道这件事后，勃然大怒，表示有人泄露其私下言行，便将当时在场的太监及侍从人员全部处死虽然这件事所牵连的大多是嬖人而已，但所有的重臣和近臣都因而大感不安，再也不敢过分的亲近秦始皇了。
最感到害怕的，却是始作涌者的卢生，他和始皇间秘密的事情最多，万一哪天有所泄露，就准死无疑了。因此他和诸儒生相为谋道：
“始皇天性刚愎自用，并吞诸侯取得天下后，更是意得欲从，自以为功业冠古今他重用狱吏及执法人员，虽有博士70人，备位而已丞相等大臣也仅接受命令，一切以皇命为主。
“始皇喜欢以刑杀为威，天下人因为害怕犯罪，更想保持禄位，根本不敢真正尽忠。他从未听过批评，所以日益骄傲，下面的人只好以欺瞒掩饰来取得皇上欢心……天下事大小均取决于上，皇上每天处理公事以石（120公斤）计算，日夜不得休息，贪图权势如此，是不可能帮助他求得仙药的……。”
这虽仅是卢生逃避责任的借口，但从这里也可以看出，秦始皇到了晚年，由于受卢生等方士的影响，变得非常孤独；加上工作量庞大，日夜不得休息，更使他成了紧张而神经质的人在这样的精神状态下，会作出怎么样的事情，其实已很难预料的了。
卢生这段话，自然很快在儒生及方士间传开，很多人更表示，连最亲密的战友卢生都跑了，始皇帝的确已到众叛亲离的地步了。
当这话传入秦始皇耳朵时，他暴怒了，立刻下达命令：
“前些日子我下令搜集诸子百家书籍，不中用的全烧毁，又召集如此多的文学方术之士到此，主要想让天下能兴盛而太平啊如今韩终率领求仙者不知去向，徐市更耗费国家巨万钱财而毫无消息……卢生等人我是何等地礼遇他们，现在却这样的诽谤我，到处说我的坏话……立刻去追查咸阳城内的儒生，哪个和卢生有来往、口出狂言、扰乱民生的，马上查办。”
从这段命令中，我们可以感受到，秦始皇悔恨、痛心又无奈的心境，身为当代最高权力者，竟陷入如此困境，内心的苦痛实非笔墨所能形容。
因此，始皇派遣御史审问在咸阳的诸儒生，儒生在害怕下，相互密告，总共牵引出460余位和卢生有关系之党徒始皇下令全部活埋坑杀，罪刑较轻者发谪徙边，这便是历史上最有名的惨剧——坑儒事件。
焚书是出于李斯的建议，目的在进行思想统制；坑儒则是由秦始皇自己发动的，原因是向欺骗他的方士报复。
由于秦始皇这时已处在相当不正常的情绪下，因此没有人敢表示任何意见只有始皇的长子扶苏，基于人道立超向始皇规劝道：
“天下初定，远方百姓的向心力尚且不够，诸生都是口诵孔子的门徒，吾皇降以重罪，恐怕会使齐、楚间的百姓更为不安呢！希望皇上明察。”
尚在暴怒中的秦始皇自然无法接受扶苏不断的进谏，为了避免在眼前看了生气，他下令扶苏到边疆去监督蒙恬的北征军团。
始皇遽逝，赵高李斯联手夺权
始皇36年，即坑儒事件的第二年，齐地东部便传出天上掉下陨石，刻有“始皇死而天下分之谶语这可能是始皇的健康已严重恶化，被地方的反对派势力探知后，制造出来的谣言同年秋天，在华山山麓附近的平舒大道上，也出现一块刻有“今年，祖龙将死”文字的玉壁秦始皇的健康情形，已成了大家公开讨论的问题，全国各地反对力量的间谍，已将此作为制造不安谣言的题材了。”
始皇37年，为平抚东方和东南方日益不稳的危机，并向全民显示皇上身体健康，秦始皇决定作即位来最长途的巡幸。其实始皇的健康已相当恶化，长年的辛劳和紧张，使他身心均面临崩溃，虽然重臣一再劝阻，始皇仍坚持启程，为帝国的安定作最后的努力。
这次巡幸主要在有效解决各地方问题，因此实际负责政务规划和推动的左丞相李斯也跟随出巡，由右丞相冯去疾留守咸阳，以维护帝国大本营的安全此外，为解除旅途寂寥，幼子胡亥也跟随在侧这次出巡带有大批官僚人员，加上医疗人员、侍从宦官、祭祀及观测天象的方士，护卫军团更不在少数，巡幸的阵容空前庞大。
队伍在寒冷的11月动身，由咸阳直奔湖北云梦、安徽的海渚，到达江苏的丹阳（南京市），井深入浙江的钱塘和会稽。阴湿、寒冷的气候加上水土不服，更是折损始皇的健康。但因为江东地区反对力量甚大，始皇不得不在这里多花点心血。但这份努力成效似乎不大，始皇去世的第二年，楚人项梁、项羽立刻在此起兵叛乱，并因而带动了全国各地的起义行动。
巡幸的队伍由浙江再北上江苏，进入山东省的齐地时，已到了隔年春末夏初的季节这时候秦始皇的身体已相当衰弱了《史记》记载：
“始皇恶言死，群臣莫敢言死事。”
眼见始皇身体恢复已无希望，巡幸的队伍便准备尽速返回咸阳，然而却在这个时候，始皇病情急速恶化，在进入河北省沙丘地区时，便在相当紧急下去世了。
据说始皇在觉悟自己将死时，曾留下遗言，下令被派往北方监军的扶苏，立刻将军务委托蒙恬，返回咸阳主持丧事。换言之，秦始皇已指令扶苏为继承人。
晚年的秦始皇对李斯等外籍政团已相当不信任，除了政策推动上的失败外，李斯过分排除异己，权力欲过重，和近两年发生的焚书、坑儒事件，都带给始皇身心极大压力他似乎领悟到，只有长子扶苏继承大统，才可能矫正这些错误。
扶苏的个性颇像年轻时代的秦始皇，倔强、果敢、开朗又富宽容心，因此很得本土派军团领袖支持。统一天下后的秦始皇重用外籍政团，逐渐疏远替他夺权的本土派领袖，加上统一政策推动上的重重困难，使得始皇父子间意见常有矛盾；尤其是为了焚书及坑儒事件，更形成两人台面上的争执。因此始皇一气之下，将扶苏派往北方边疆，便是对他“不听话的一点惩罚。”
但扶苏到底仍是最可靠的继位人熏即使在病情严重时，孤独的秦始皇，脑子中惟一信得过的仍是扶苏由于扶苏是现行政策的主要反对者，因此始皇并未将这件事和李斯商量，临终前，只得将遗言书状、军队调动令及玉玺，交给随侍在侧的宦官赵高指示扶苏直接回咸阳主持丧事，无疑是秦始皇也同意现行政策必须作重大改革。
赵高虽是宦官，但他的先祖属赵国王室之亲戚，因此和秦王室也有亲属关系。不过赵高家族一支早已衰颓，家中甚贫，因此其兄弟多人皆为宦官，身份不高。但赵高自幼企图心甚强，思考力敏捷，学问渊博又深通狱法，秦王政时代便以能力卓越而被破格提拔为中车府令，并出任始皇幼子胡亥之老师，教胡亥学习法令制度。
但不久赵高牵连到重大罪刑，由蒙恬之弟蒙毅负责审理，被判处死刑幸始皇怜赵高忠诚，工作又认真，特下令赦免，并复其官职，但赵高和蒙氏兄弟因而结怨。
始皇晚年，接受卢生建议，刻意隐密自己言行，因此赵高成了他和外界最重要的联系桥梁，甚至和李斯间的沟通，除非重大事情，否则都由赵高代劳，使得赵高权势暴涨，也逐渐培养他的政治野心。
大权在握的始皇帝，似乎没有注意到赵高和蒙氏兄弟间的交恶，更不认为胡亥对扶苏有任何威胁，而将此重要事件循惯例交由赵高处理。
宦官地位卑下，因此对人事问题特别敏锐。赵高接到此一指令，衡量自己和扶苏、蒙恬的关系后大为不安，并且考虑自己的未来，自然非常不希望扶苏出头。
由于始皇死得仓促，除了少数亲信，不会有人知道其死讯，更不会有人知道有关扶苏的指令，因此他决心冒险趁机夺权，但至少仍必须获得胡亥和李斯的合作。
胡亥个性软弱、温和而无主见，虽然不忍心违抗父命，但在赵高软硬兼施的说服下，首先答应合作。
假造诏书，扶苏蒙恬身皆死
首先由李斯伪造始皇遗书，拥立少子胡亥登基，并暂时隐瞒始皇死讯，火速赶回咸阳由于7月间天气日益炎热，尸体容易发臭，李斯乃下令车载一石鲍鱼，以混乱尸体的腐臭味外溢等到巡幸队伍由新建驰道直入咸阳后，才发表丧事，并由胡亥袭位，承续大统，是为二世皇帝9月葬始皇于骊山陵。
对李斯和赵高而言，最令他们担心的是驻守北方的扶苏和蒙恬的庞大北征军。如果依始皇遗命，让扶苏入咸阳为皇帝，以扶苏的刚勇和果敢，外籍政团力量必被彻底铲除。因此在沙丘密谋时，李斯便决定在公布始皇死讯前，先阴谋杀害扶苏及蒙恬。
但扶苏声望颇高，蒙恬又统有秦帝国最庞大军团，要击败他们是非常困难而危险的因此李斯决定利用赵高手中的玉玺和始皇随身佩剑他首先选择最为可靠的禁卫军领袖为特使，并配属大量禁卫军团，带着伪造的始皇敕令，急速直扑北方军的大本营。
禁卫军团首先以突击方式，收缴了蒙恬的军权，又假传始皇命令，将北方军指挥权交付本土派军团领袖王离，再行逮捕蒙恬及扶苏，并出示伪造敕令及始皇佩剑，赐死扶苏和蒙恬。
始皇父子不和虽是公开的秘密，但刚愎暴躁的始皇从未有残害大臣的记录，更何况是自己的亲生子始皇健康不佳，也早有传闻，然而在东巡途中，无任何事前迹象，便突然赐死长子和北征军统帅，岂不令人起疑？因此依常理判断，扶苏和蒙恬怎会只为一把佩剑及一张未经证实的君令便急于寻死？。
策划此阴谋的李斯想必早顾及此，所以与其说是派使者去赐死扶苏，不如视为外籍政团派利用禁卫军，对北征军团作了一次策划周密的不流血突击战。北方军团虽号称30万众，但他们必须防卫数千里之边疆，势必分守各地要塞，留守大本营的军力其实不多。李斯派遣的禁卫军团同属友军，事前也没有任何不利风声，蒙恬自然不会预作防备，因此禁卫军很快便控制住大本营的军队，蒙恬即使想作反抗，也无能为力了。
虽然蒙恬极力反对扶苏自杀，主张应要求晋见始皇，但扶苏认为大势已去，苟延生命反而自取其辱，何况有始皇佩剑为证，遂自杀蒙恬仍坚持亲见始皇，使者唯恐逼得太急，造成北征军团不满而生变，只好将蒙恬暂时监禁于阳周的军事监狱中，并依皇令解除蒙氏一族的所有军权蒙恬自然是永远也见不得始皇，日后即在胡亥令下，吞药自杀于狱中。
蒙恬的先祖是齐国人，祖父蒙骛在秦昭襄王时代，投奔秦国求发展，由于秦王室先祖亦起自齐地，因而对他特别有亲切感，加上蒙骛颇富军事才能，在征韩、伐赵、攻魏战争中居功甚高，曾官至上卿。蒙骛子蒙武，曾参与王翦伐楚的征战，当时击