m thode）〃，以表示他 讲的方法是后面几篇论文中的方法，而这些论文是表现这个方法的论文，所以这本书的名字准确地讲应叫做《谈谈这个方法》（《disconrse on the （this） m thode》），但人们习惯称之为《方法导论》。
该书出版后不久，古耳西勒（eur celles）即把它翻译成拉丁文，他按照字面直译，译得十分中肯。《方法导论》用法文写的，而且又是以自传的方式写成，易读易懂，措词亲切活泼。它不但是法文的散文杰作，而且在观念上，也开创了法国哲学家之明显而清晰的传统。笛卡尔在《方法导论》中将他在这个时候设计出的方法归结为四条规则，即：
〃第一条是：决不把任何我没有明确地认识其为真的东西当作真的加以接受，也就是说，小心避免仓促的判断和偏见，只把那些十分清楚明白的呈现在我的心智之前，使我根本无法怀疑的东西放进我的判断之中。
〃第二条是：把我所考虑的每一个难题，都尽可能地分成细小的部分，直到可以而且适于加以圆满解决的程度为止。
〃第三条是：按照次序引导我的思想，以便从最简单、最容易认识的对象开始，一点一点逐步上升到对复杂的对象的认识，即使是那些彼此之间没有自然的先后次序的对象，我也给它们设定一个次序。
〃最后一条是：把一切情形尽量完全地列举出来，尽量普遍地加以审视，使我确实毫无遗漏。〃此后，笛卡尔还把《方法导论》中所描述的哲学再加以发挥，撰写成《第一哲学沉思》（meditationes des primapilosophia）。为了慎重起见，他将手稿的样本分寄给当时著名的神学家和哲学家，以及他的好友，如梅色纳神父、伽森狄（gassendi）、亚尔诺德（arnauld）、霍布斯（hobbes）等人，以征求他们的意见。该书的对象是学术界的人士，所以用拉丁文写的，题名为：meditationes de prima philosophia in quibus deiexistentia et animae humanoe immertalitas demonstrantur。意即：〃形而上学沉思，证明天主实有及灵魂的不死不减〃。他又将学者的疑难和自己的答辩一并附在书中于1641年出版。被后人称为《第一哲学沉思集》。该书是笛卡尔的成熟之作，成为研究他的哲学思想的主要资料。
本书是〃献给巴黎神学院的最有智慧的、最闻名的院长〃。笛卡尔原本是想得到巴黎神学院的支持，借助于它的权威来论证他的理论的正确性。他在致神学院院长及神学家们的信中说：〃如果你们恩准并公开证明它的真理性和确实性，我想，我不会怀疑。从今以后，现在的关于这两个问题的一切错误和虚假的意见将会迅速地从人们的心灵中抹去。〃这位院长虽然接受了他的诚意，但是该书在1662年还是遭到被禁印的厄运。当初笛卡尔曾经向梅色纳神父透露：〃形而上学沉思具有我的物理学的全部基础，但请不要张扬，否则那些亚里士多德的拥护者会故意刁难反对。我希望阅读这些沉思的人不知不觉地习惯于我的原则，使其在发现这些沉思已推翻了亚里士多德之前，已经承认它是真理。〃结果亚里士多德的拥护者，还是群起攻击这个新思想。当他将六个沉思与他自己收集起来的第一组反驳（由荷兰神学家卡特鲁斯（caterus）提出的）和自己的回答送给麦尔塞纳，希望他收集其他人的意见。结果，以麦尔赛纳为首的一批神学家向他提出了第二组反驳。第三组反驳是由英国哲学家霍布斯（hobbes）提出的。这并不是笛卡尔的心愿，因为与这样一位异教徒和唯物主义者的联系将会使巴黎神学院反感，幸好霍布斯对笛卡尔的观点采取的是敌对态度。第四组反驳是杨森主义者阿尔诺（aarnauld）提出的。麦尔塞纳事后违反笛卡尔的心愿，将《沉思》送给了唯物主义的原子论者伽森狄（gassendi），伽森狄提出了一长篇反驳，并且后来对笛卡尔的回答也作了反驳。第六组反驳是由麦尔塞纳集合起来的一批哲学家、几何学家和神学家们提出的。出版第二版时，又增补了巴黎耶稣学院的教授布尔丹提出的第七组反驳，这组冗长的反驳曾使笛卡尔大为不快。这些诘难和笛卡尔本人的回答实际上是欧洲近代第一次公开的、直接的哲学论战。它们对于了解笛卡尔的哲学思想有着十分重要的意义。《方法导论》和《形而上学的沉思》发表后，笛卡尔在欧洲知识界获得了极高的声誉，同时也引起一些人的反对。荷兰乌得勒支大学的校长（沃埃特斯）曾指责他是无神论者，地方当局也谴责他有罪。1645年乌得勒支大学颁布命令，禁止出版支持和反对笛卡尔学说的著作。在法国，笛卡尔遭到他以前的教师、耶稣会的神父们的冷遇。他向他们进一步解释自己的主张，认为这些思想可以得到天主教会，尤其是耶稣会的支持。但是他的希望落了空，耶稣会最终还是正式抨击了笛卡尔主义，他的著作被列入罗马教廷的〃禁书目录〃。
笛卡尔为了把自己的哲学确立为天主教的官方哲学，急着要把他的哲学传播出去。1644年他再用拉丁文将他的《论宇宙》，由天主的存在到自然界的一切现象一一用演绎的方法加以说明，编写成《哲学原理》（principia philosophiae）。这本书是献给那位敬仰他的美丽的伊丽莎白公主，全书分为四个部分，第一部分《人类知识原理》叙述了他的形而上学的思想；第二部分《物质事物的原理》；第三部分《可见的世界》；第四部分《地球》又全面、系统地阐述了他在《论宇宙》中的机械唯物主义的基本思想。笛卡尔将它编成教科书的形式，分成四册装订，意思是想把它的哲学带入课堂。
不料5年之后，该书又引起了一场巨大的风波。这一次是神学家雷维尤斯（revius）等人攻击笛卡尔，视笛卡尔的机械宇宙观和无神论相差无几。早在1641年的时候，乌得勒支（utrecht）大学有一位笛卡尔的弟子雷吉尤斯（regius）采用笛卡尔的哲学体系授课，当时的校长吉尔伯特·沃埃特斯（gilbert voetius）甚为反对笛卡尔本人，于是向市法院控告笛卡尔；并敦促地方法院下令禁止这种新思想。笛卡尔于是起来自卫，发表了《勒内·笛卡尔给著名的吉尔伯特·沃埃特斯的信》，驳斥沃埃特斯，而沃埃特斯亦不甘示弱，严词申斥，但再次被笛卡尔反驳。地方法院下令笛卡尔出庭申辩，但被笛卡尔拒绝，因此一项不利于他的判决便被通过了。乌得勒支的校董事会宣布笛卡尔哲学是不当的，要当众焚毁笛卡尔的著作。幸好他在海牙的朋友（法国公使）替他求情，法官总算愿顾全大家的面子，仅禁止以后公开讨论笛卡尔的哲学，并取消雷吉尤斯的课，但也不允许公开反对笛卡尔的文章。荷兰的生活已不如以前那样安静了，一些宗教界学人视笛卡尔为仇敌，所以笛卡尔几次回国。第一次是在1644年，也就是《哲学原理》出版的那一年。他希望在巴黎教书的梅斯兰神父（pmesland）能采用他的形而上学做教材。但是耶稣会的会长鉴于梅斯兰神父与笛卡尔的关系太密切，早把他调到加拿大并且不许他回来。第二次在1647年，这次回国是因为法国国王允许给他俸金，但这事也始终没有实现。但他会见了法国教学家和神学家巴斯卡（blaise pascal），向他提出了一个证明空气对所有物体都有压力的著名实验。第三次是在1648年，正值法国内战爆发，政局动荡，于是他只会见了一些著名的同代人，如伽森狄（p gassendi）、霍布斯（t hobbes），麦尔塞纳等人，便匆匆去荷兰，打消了归国定居的计划。
1649年2月，瑞典女王克里斯蒂娜（queen christina）邀请笛卡尔到瑞典皇宫教她哲学，以期使自己的宫廷成为艺术的庇护所和有学问人的荟萃之处。她自1647年以来，通过法国大使得到笛卡尔的著作，不断地与他通信。收到《心灵的激情》一份手稿后，她接连几次发出邀请信，表示渴望会见〃杰出的笛卡尔先生〃。笛卡尔先犹豫了一阵子，因为他〃生于都兰的花园中〃，不愿〃去岩石和冰雪中的野兽出没的地方〃。但后来他想这样一位尊贵的女王，对他的哲学的宣扬或许会有不少的帮助，何况女王派了一位上将去劝他，还派遣了一艘军舰去接他，与此同时，法国驻瑞典大使又频加敦促，他终于决心北上。是年9月，他由安姆斯特德（amsterdam）乘船到瑞典首都斯德哥尔摩。临行前，他将最后一部著作《心灵的激情》（trait despassions）的手稿交给出版社，另外还有一部残缺的著作，即《理性之光对真理的探求》（la recherche de la verit par la lumiè；re naturelle）大约也是在这段时间完成的。
笛卡尔到达斯德哥尔摩时，正值严寒之季，北国的天气异常凛冽。23岁的女王为他举行的盛大欢迎仪式，她的热情和活力给笛卡尔留下了很深的印象，但是女王的性情却有些怪诞，她每星期要听3次他的课，但必须在清晨5时给她讲授。这出乎笛卡尔的意料之外，他原习惯晚起，如今为了将就女王的癖好，一星期有3天他必须半夜起床，然后在酷冷的天气下，从他的寓所颤抖地走到女王的书房上课。如此经过了两个月，1650年2月1日清晨，笛卡尔因为着凉患了感冒，很快地又转成肺炎，病情严重。10天后，在接受最后一次圣事后即与世长辞了，享年54岁。当时的学术界对他逝世的消息都不予重视，只有一家报纸报道此项新闻，但措辞讥讽：〃在瑞典死了一个疯子，他以为人能任意地活下去 。〃因他是天主教徒，在新教的瑞典被埋葬在为未受洗礼的孩子准备的公墓里。出殡时，仅有寥寥几位友人前来送葬，这是否应验了他的座右铭：〃凡善自隐藏者，方为善自摄生者〃？可是笛卡尔的理想毕竟是历来思想家所企求的境界。他所提出的〃方法的怀疑〃，对于〃什么是真〃的问题的提出以及对自明律或直观的说明，无疑是近代哲学的中心问题，所以不到几年，大家都发现了他的伟大，承认了他是时代的先知。1667年，他的遗骸被运回巴黎，隆重地埋葬在圣格内弗埃…蒙特（sainte g neviè；ve…del…mont）的圣堂中。1799年，法国政府又把他的遗骸供在法国历史博物馆中，与法国历史上的光荣人物在一起。1819年以后，他的遗骸又被安置在柏雷斯的圣日曼（saint…germain…des…prè；s）教堂中，供人瞻仰。尤其墓碑上写着：〃笛卡尔，欧洲文艺复兴以来第一个为人类争取并保证理性权利的人〃。1896及1937年，世界各地都隆重地举行哲学会议，以纪念他的诞生和《方法导论》问世300周年。
笛卡尔不仅是近代哲学的奠基人，他的哲学被称为cart sianisme（因笛卡尔的拉丁名是卡儿特修cartesius），而且是法国卓越的物理学家、数学家和生物学家。在数学方面，笛卡尔首先在几何学里的直尺圆规作图法和算术里的标准过程之间建立了类比，他指出了把代数思想和记忆法引进几何的优越性。例如，他用字母标示直线段。他还构成了字母或者它们的组合的乘积和幂，但并不试图对它们作几何解释（如面积或体积）；这样，他能够运用诸如a４、a５、a６……这样的量，它们对应于未知的几何图形，而如果没有这种规定，它们将是无法理解的。为了标示这种幂，他采用了我们今天使用的那种书写指数的系统，只是他随便地使用aa或a２。他通常使用字母a、b、c……标示已知的或不变的线段，用x、y、z，标示未知的或变化的线段。为了解几何问题，笛卡尔推荐使用解析法，这种方法先假定问题已经解出，然后写出在作图中涉及到的各种直线的长度之间所必定成立的全部隐含关系。每一个关系都由一个方程表示；因而该问题的解便归结为所有这些联系方程的解。对于待确定的问题来说，联系未知直线的方程的数目必定等于该问题所涉及的这些直线的数目。笛卡尔把它的方法应用于巴布斯猜想，巴布斯自己只能解它的一些特殊情况。它的一般形式为：给定若干固定直线和同样数目的变直线，这些直线每一条都和一条固定直线构成一个已知角并全都通过一个点，试求为使某几根变直线的长度相乘的积与其余变直线的乘积成一定的比，是该点所必取的轨迹。
笛卡尔表明，这种问题所涉及的一切变长度均可用两个变长度（他称之为x和y）以及该问题的常量和已知数据等来表示。因此，两个乘积之定比可以表示成�