上世纪80年代，史学界曾就吴三桂是否真正降清，有过一次长达两年的辩论。代表性的文章如左书谔的《吴三桂“降清”考辨》一文（首发于《北方论丛》1986年第二期），左认为吴三桂引清军入关，是要联合清军共击农民军，不是求降，而是求助；入关后追击农民军，是受复仇心理促使，也是军事上被清朝所控制和驱使的体现；而出兵缅甸，处死永历，是由于永历与李定国的联合使吴三桂难以容忍，而且永历并非贤君，也难以完成反清复明的任务，吴三桂不惜用永历的尸体来遮挡他正在进行的秘密活动。总之，吴三桂自与清联合、引清军入关之日起，直至再次举起反清复明大旗，始终未曾降清。作者列举了七点证据：一是吴三桂一贯抗清的态度；二是吴三桂与多尔衮磋商联军过程中的书信；三是多尔衮兵临山海关；吴三桂出迎的言行；四是山海关战役的布置及战斗；五是山海关战役后多尔衮加强了对吴三桂的控制；六是吴三桂的檄文；七是吴三桂在攻占北京前后欲立朱明太子的行动。
左文的这种说法，偶以为犯了逻辑上“以果推因”的错误，以吴三桂后来反清来推论吴从未降清，是站不住脚的。其所列七点证据，并不能推出吴三桂“从未降清”这一结论。结合史实分析，吴后来反清，实出于无奈，非其本愿，是被逼的。耿、尚两藩则是另一种情况。
（一），吴三桂方面。从政治军事形势来看，反清的最佳时机已经失去。
1，吴三桂反清时，离明朝灭亡已经三十年，怀念故明的前朝遗民大都已至中老年，青壮年汉人对故明的印象已经不深，对前朝往事基本就是从上辈人那里听来的，汉人的民族情感已不如清军初入关时那么强烈。
2，经过清初二十年不间断的反清斗争，社会及民众需要休养生息，渴望社会安定。
3，满清经过多年征战，统一了前明除台湾外的几乎所有领土，拥有的人力、物力、土地等战争资源亦非初入关时可比。
4，全国各地反清势力除台湾郑氏集团外，已基本被消灭光。
5，吴三桂本人也已年过六旬，垂垂老矣，不管是身体状况、精力还是进取心，较于年轻时无疑都会大打折扣，不会轻易也没必要舍弃眼前的高官厚禄再冒灭族的风险去造反。且早年跟随其征战四方的关宁军已不复存在，后来招募的军队，无论是战斗力还是对吴氏的忠诚度都远非关宁军可比。
（二），耿精忠方面。无力主动发难。
耿精忠出生的那一年，清军入关。用现在的话说，他是生在“新社会”，长在黄旗下（耿精忠祖父耿仲明被编入汉军正黄旗），是耿家降清后的第三代。以这种人生经历，无论是资历、声望、军事才能各方面，都不能与吴三桂和尚可喜同日而语。而且，耿的军事实力也不强。
据魏源的记载，耿精忠与尚可喜各有兵员十五佐领（一佐领约二百人）、绿旗兵六七千，丁口二万人＇12＇。即便他们“旗下所蓄养甚众。。。其数更超过额兵”＇13＇，耿、尚二藩各自兵力也不会超过二三万人。凭耿精忠的那点能耐和实力，若没人挑头，耿精忠想都不会去想反叛的事。
（三），尚可喜方面。至死未叛。
早在康熙批准撤藩时，尚氏即赶紧打点行装，准备搬迁。三桂叛乱之始，圣祖采取紧急措施，下令停撤。尚氏遵旨，守在广州待命。叛乱迅速波及广东后，他奋起投入平吴剿耿的斗争，始终保持臣节。尚可喜尽全力平叛，有数次军情危急，甚至准备好了柴薪要举火自焚。
对尚氏的一片忠心，康熙颇为感动。十三年（1674）十月，令广东文武将吏都听平南王尚可喜节制，“一切调遣兵马及招抚事宜亦听可喜酌行”＇14＇；十四年（1675）正月，为表彰和奖励尚可喜对朝廷忠诚不贰，上谕“平南王尚可喜。。。著进封平南亲王，即令其子尚之孝袭封（王爵）。尚可喜以亲王品级顶带支俸，示朕优眷之意”＇15＇；除了封官进爵，康熙还大打亲情牌，对尚氏进行感情笼络，甚至彼此以父子相喻，二月一日，康熙批示：“今览王奏。。。朕与王情同父子，谊同手足。览疏未竟，朕心恻然”＇16＇。及可喜死，康熙叹曰：“平南亲王尚可喜久镇疆，劳绩素著。自闻兵变，忧郁成疾，始终未改臣节，遂至殒逝可悯”＇17＇，可谓对尚氏的盖棺之论。
撤藩前，康熙还信誓旦旦地说尚氏“蓄彼凶谋已久”，在三桂叛乱后却又跟尚氏套近乎“朕与王情同父子”，让人一笑置之，“一切皆有可能”！这颇类似于今人为了利益而认干爹。
康熙所谓“三桂蓄异志久”＇18＇，很难让人信服。三桂若早欲反清，何以要坐失良机，偏要等到自己年迈、各方面形势皆不如昔时去反？抛开人品的因素单说能力，三桂也算是久经沙场的名将，名将者，审时度势，知己知彼乃基本功。三桂难道连那么明显的优劣势都不能辨析？为满清的江山鞍前马后，立下不世之勋，在用千万反清志士的鲜血染红了头上那顶王冠的同时，他把全国人民都给得罪了，成了不折不扣的汉奸。坐镇云南后，三桂始终保留大量军队，也是借鉴历史教训的结果和谙熟政治的表现，因此，“怀‘藏弓烹狗’之虑，深‘市权固位’之念”＇19＇也就可以理解了。在康熙撤藩，要剥夺其一切军政权力时，非但三桂本人，其部下的抵触情绪也是很大的。所以，撤藩令一下，“全藩震动”＇20＇，他周围的一些核心人物不甘心俯首听命。其侄儿吴应期劝道：“就迁于辽东，他日吹毛索瘢，只就戮耳，岂若举兵而父子俱全哉？”＇21＇这从侧面也可看出三桂反清是无奈之举。更直接反映叛清实非其所愿的实例，是在其子吴应熊被康熙杀掉后，“三桂善持两端，反后颇中悔。及闻应熊讣，时方饮，停杯涕泣曰：今日乃真骑虎矣”＇22＇。说明吴三桂有些后悔叛清，面对既成事实，颇感骑虎难下。
可见，所谓“三藩之乱”，并非早有预谋。只是因为康熙的撤藩政策，操之过急或过猛，损害了他们及其集团的既得利益，才导致叛乱的发生。
二、撤藩得失
对于中国这样一个统一的中央集权的国家来说，康熙撤藩无疑是顺应历史潮流的进步之举。当时三藩的存在，的确已经对中央政权构成了不小威胁，也成为国家经济上的巨大负担。三藩的作为也多不得民心，引起驻镇地区民众的广泛不满。但康熙撤藩却失之于轻率，具体做法有很大的缺陷。
（一）三藩的危害。这从从以下几个方面可以看出：
1，三藩兵权在握，拥兵自重。其旗下兵将皆跟随各藩征战多年，早带有私人武装性质。这在事实上已形成了与中央政权对立的军事割据状态，不能不与国家的集权与统一产生矛盾。
2，给国家财政造成巨大负担。三藩自己搜刮来的财富都窃为己有，养兵和行政开支则从朝廷索取。以顺治十七年为例，云南一省岁需俸饷九百余万两，加上福建、广东两省的饷银，共需二千余万两。而本年度全国军饷也不过一千七百余万两。康熙五年，左都御史王熙指出：“直省钱粮，半为云、贵、湖广兵饷所耗。就云贵言，藩下官兵岁需俸饷三百余万，本省赋税不足供什一，势难经久”＇23＇。因此，“天下财赋，半耗于三藩”＇24＇，实非虚语。三藩需求之巨，不仅使各省为难，也使负责此项差使的户部疲于应付，整个财政为此时常陷入措手不及的困难境地。
3，横征暴敛，非法聚财，广设苛捐杂税，并用搜刮来的钱财广泛培植私人势力。如吴三桂在云贵就抛赠巨金，广招四方豪杰之士，凡“有才望素著者，及仪表伟岸者，百计罗致，命投藩下，蓄为私人”＇25＇。刘健的《庭闻录》卷四记载有关于他父亲刘昆的一件事：康熙十一年（1672），刘昆由束鹿知县擢云南府同知，十一月上任，三天后按例拜谒平西王府。“（三桂）目矚先公。。。谓胡国柱（三桂女婿）曰：科甲中有此一人，大奇。。。明日，国柱代王报谒，随遣客道意。先公曰：我投身久矣，若不知耶？客愕然问故。先公曰：己亥年，廷试之日，太和殿中投身矣。客掩耳走。当客來时，袖出冯某投身契一紙云：立卖身婚书楚雄府知府冯某，本藉浙江临海县人。今同母某买卖到平西王藩下，当日得受身价银一萬七千两。后署媒人胡国柱”。
到平西王府的“卖身者，皆师事国柱”，所以刘昆说：“滇中有三好：吴三桂好为人主，士大夫好为人奴，胡国柱好为人师”＇26＇。
三桂的部属倚仗平西王府的权势，目空一切。一次，三桂派官押送贡品进京，中途宿店，遇一朝廷命官，携皇帝诏书已先住店。可这个解役官根本不把他放在眼里，挥起手中鞭子，驱赶这位钦命官，大叫：“天下更有何人大于我家（指平西王）者哉”＇27＇！三桂的勋庄“管庄者杀人夺货，滋为民患”。凡人命、盗窃案，三桂“兵居半”＇28＇。
（二）撤藩方式的失误处
此处并非说撤藩本身算是失误，而是方式选择的不好，具体实施过程中应该可以有更好的方案。毕竟，康熙的方式造成了中国长达八年的内战，给社会生产带来了极大破坏，也给民众生活带来了极大痛苦。
李治亭在《吴三桂大传中》提供了五种撤藩方案，包括康熙施行的“三藩并撤”。李认为康熙的方案是最不成功的一种，本文倾向于接受李对康熙方案的认识，但对李所提供的第一种方案即“世镇边疆”和第二种方案借鉴宋太祖“杯酒释兵权”却并不认同。
1，“世镇边疆”，在元代有蒙古亲王及明代沐英世守云南的先例。但元明两代世守云南的王公和皇族的关系，却并非三藩与满清皇族的关系所能比拟的，况且三藩和满清最高统治者之间还有复杂的民族关系在里面，即便相互间前期不出现矛盾和猜忌，也很难保证后来就能一直和谐下去。
2，很难说清廷在撤藩问题上就没考虑过“杯酒释兵权”的可行性，如果行得通，清廷应该会去一试。实际上，早在顺治十八年（1661）正月初七，顺治去世，吴三桂去北京准备祭拜时，就担心过清廷会否乘机把他扣留的问题。为防止清廷的意外之举，三桂处心积虑，特提重兵而来。他把部队分成数股，陆续启行。他还在前往北京的途中，其前驱部队已行至北京附近，“人马塞途，居民走匿”。这种情况，已引起了清廷的警惕，惟恐出现意外之变，命三桂不必进京，在京城外“搭厂设祭”＇29＇。
再者，较之宋初军队将领，三藩的军队多有私人武装性质，他们对军队的控制权比宋初将领要强得多。加上对清廷时刻保持高度警惕，这种情况下，满清统治者欲重演“杯酒释兵权”这个老掉牙的故事，基本没有可能。
3，李著中提供的另两个方案，“区别对待，分期撤藩”与“不急于撤，隔代解决”，笔者认为非但可操作性强，且也较容易实现。选择三藩并撤的方案，容易使他们因利益受损而走到一起，加强了反对派的力量。虽然在吴三桂刚叛乱时，康熙就调整了措施，停撤耿、尚二藩，但造成的损害已经无法挽回，只是相对减小了危害。如果一开始不急于求成，采取分阶段分批次撤藩的策略，各个击破，则损害会降到最低；“隔代解决”就是等三藩第一代吴三桂和尚可喜去世，待其第二代掌权时，乘他们年轻，威望不够，再行解决。这两种方案都极有可能避免叛乱的发生，收不战而屈三藩之效。
三、叛乱失败
“三藩之乱”是前明旧将与清廷矛盾激化的结果，是统治阶级内部的战争。站在个人立场，说它是黑吃黑、狗咬狗皆可，但站在国家及历史的高度看，它是一场叛乱与平叛、分裂与反分裂的战争。同时，这场战争也“具有反抗民族压迫、维护民族平等的性质；具有恢复明朝社稷、实建汉家天下的企图”＇30＇，但这并不能改变这场战争是“叛乱战争”的本质。
对具体的战争状况，本文不过多提及，重点分析一下“三藩之乱”失败的原因。
反清战争初期，吴军处于战略进攻地位，战争形势对吴军是有利的。广西孙延龄、福建耿精忠、陕甘王/辅/臣的相继从叛，再加上台湾郑经出兵浙江，仅一年，“逆贼得据大江之南”＇31＇。战火蔓延，连河北总兵蔡禄也反于彰德，塞外又有察哈尔部布尔尼的叛乱。甚至连越南、朝鲜也蠢蠢欲动，伺机反清。清廷失掉半个中国，军事上处于极端不利地位。
吴三桂的振臂一呼，同时也点燃了汉人反抗异族统治的烈火，广大汉军和民众也参加和支持了吴三桂的行动，这在当时清官方文件中也有记述。如湖广总督蔡毓荣奏报：“闻浦圻（今湖北浦圻县）一带山中百姓，俱行蓄发，交通逆贼，今大兵进剿，前有贼营，后有逆民，殊为不便”＇32