珠尔默特正在各处调兵并与准噶尔部勾结图谋叛乱。于是傅清、拉布敦立即奏报乾隆帝请求相机将珠尔默特翦除。
乾隆帝考虑到当时清朝在西藏驻兵不多谕令傅清、拉布敦谨慎从事。
但形势急转直下珠尔默特甚至下令阻断驿站的文书往来。傅清、拉布敦决定先制人。乾隆十五年十月十三日两人诱杀珠尔默特但他们亦被珠尔默特的党羽杀害。
事变生后七世迅将杀害驻藏大臣的凶手擒获平息了这场动乱同时奏闻清廷。一月后乾隆帝派出四川总督策楞、提督岳钟琪领兵入藏处理善后对傅清、拉布敦当机立断的做法给以肯定还在拉萨为他们立了“双忠祠”。
乾隆帝弘历总结西藏几次动乱的教训感到西藏距内地过于遥远置诸噶伦协同办事彼此间容易生权力之争令一人主持政事又易造成专擅大权。当时西藏黄教寺院集团在经济上的势力已空前强大仅以俗官主持政事无法充分反映黄教寺院集团的利益。此次珠尔默特之乱僧俗两大势力集团间的斗争就是一个重要原因。有鉴于此清朝决定废除在西藏封王的制度。乾隆十六年清朝在西藏正式建立噶厦设置四名噶伦规定一僧三俗共同处理日常事务。同时清朝正式授权七世掌攻。遇有重大事件噶伦等须事先请示喇嘛和驻藏大臣。自此西藏黄教“政教合一”的地方政权正式建立。
1《清世宗实录》卷1o3页4；《清高宗实录》卷1o6页28。
清朝授权七世掌政是经过慎重考虑的。七世的掌政和四名噶伦中一名僧官噶伦的设置不仅使黄教寺院集团的利益在地方政府中有了代表而且可使僧俗贵族间互相牵制。噶伦遇要事须请示喇嘛和驻藏大臣这在事实上加强了驻藏大臣的权力从而也加强了清朝对西藏的治理。清朝又决定将原来由颇罗鼐管辖的藏北三十九族和达木八旗划归驻藏大臣直接管辖以加强驻藏大臣的权力。清朝还建议七世设立“译仓”即秘书处。它既管理的印信文书又负责噶厦政府僧官系统的一切事务。西藏地方政府的主要机构从这时起逐渐完备。
乾隆二十二年七世圆寂。乾隆帝命令由丹吉林的第穆呼图克图任摄政在新喇嘛未满十八岁之前主持西藏政务。这是西藏摄政制度的开端。有资格担任摄政的只是几个地位很高的呼图克图。
清军逐走侵藏廓兵及“藏内善后章程”的订立喜马拉雅山南麓的尼泊尔历史上一直同西藏有着经济、文化联系。尼泊尔产稻米居民常来西藏与藏民进行以米易盐的贸易。十八世纪中叶尼泊尔的廓尔喀族统一了全国此后双方关系开始恶化。当时尼泊尔铸造的一种银币在西藏流通后来成色变差藏人拒绝使用。乾隆五十三年（1788）噶厦派往聂拉木的官员向尼商多征了捐税。廓尔喀人以此为借口于当年派兵占据了藏尼边境上的聂拉木和济咙（今吉隆）两地。乾隆帝闻讯派理藩院侍郎巴忠、成都将军鄂辉率军三千入藏。由于巴忠敷衍了事希图早日回京他到拉萨后即派噶伦丹津班珠尔去边境谈判与廓尔喀达成协议每年由西藏给对方白银九千六百两以换取聂拉木、济咙两地的归还。巴忠草草完结此事返京复命。
三年后廓尔喀人持字据向西藏索取银两噶厦政府拒付廓尔喀人再次派兵占据聂拉木、济咙。驻藏大臣保泰奏报乾隆帝乾隆帝始知三年前巴忠贿和一事。巴忠闻讯后畏罪自杀。
乾隆五十六年八月二十日廓尔喀军攻陷扎什伦布寺。此前班禅七世·丹贝尼玛已由驻藏大臣保泰接往拉萨。扎什伦布寺总管仲巴呼图克图于寺陷前一日携金银细软逃跑寺内其他喇嘛不战而溃。廓尔喀军洗劫扎什伦布寺甚至将历代班禅灵塔上镶嵌的珍珠宝石都劫掠一空然后退往边境仍然占据着聂拉木、济咙等地。
乾隆帝获悉后决定派大军入藏驱逐廓尔喀侵略军。当年十一月由福康安任大将军、海兰察任参赞的一万七千人的大军入藏。乾隆帝命令他们大振军威务期使侵略者不敢再来滋扰。福康安入藏后先处治了一批怯懦渎职的官员。驻藏大臣保泰、雅满泰被枷号示众仲巴呼图克图也被押解到北京治罪。
在藏族人民的大力支援下乾隆五十七年（1792）春暖后清军开始反击廓尔喀军五月即将入侵者全部驱逐出境。七月初福康安率清军六千攻入尼泊尔境内廓尔喀王拉特那巴都尔一再请降并将巴忠贿和开给的付银字据一并交出。福康安虑及必须在大雪封山前撤返西藏遂于当年八月底决定受降。九月班师凯旋。
此次清朝在西藏进行的是一场正义的反侵略战争。清军由满、蒙古、汉、回、藏、鄂温克、达斡尔等族组成。这支军队惩罚了廓尔喀侵略军解除了西藏人民的灾难因而受到西藏各阶层人民的热烈欢迎和支持。
福康安率清军返藏后按照乾隆帝的命令以羊八井寺为主寺的噶玛噶举派红帽系的寺产被全部查抄红帽系活佛被禁止转世僧人也全部被迫改宗黄教噶玛噶举派红帽系自此绝传。
早在战争开始之前乾隆帝就指示福康安将来撤兵后一定要妥立章程以改变西藏各项制度废弛噶伦与地方官员舞弊、擅权的状况。福康安返藏后将乾隆帝的意图先后告知班禅七世和八世他们都表示衷心拥护。于是福康安即与西藏地方官员共同议定了一个章程呈报清廷。乾隆五十八年清朝正式批准颁行这就是著名的“藏内善后章程二十九条”。章程明确规定驻藏大臣的地位与、班禅平等监督办理西藏事务这是对驻藏大臣职责和地位的次明确规定。章程还确立了著名的金瓶掣签制度即由驻藏大臣监督认定每世、班禅的转世灵童废除过去由降神喇嘛指定灵童的办法。
在官吏的任免方面西藏地方政府的噶伦、商卓特巴军队中的代本等官员均由驻藏大臣会同喇嘛拣选然后呈请清朝任命。这些官员的升迁赏罚也由驻藏大臣全权处理。
章程规定建立西藏地方的常备兵定额三千人分驻于前后藏。拉萨、日喀则各一千江孜、定日各五百。同时还规定了军队的编制、赏罚、训练等方面的制度。
章程还规定西藏的涉外事务集权于中央统归驻藏大臣管理。
财政方面章程规定西藏地方政府的收入统由驻藏大臣稽查。还规定在西藏设立专门机构由驻藏大臣派员监督铸造银币。
“藏内善后章程”的订立标志着清朝在我国西藏地方施政的最高阶段。它在客观上起到了加强清朝中央和西藏地方、祖国各族人民和西藏人民之间关系的积极作用巩固了祖国的统一有利于西藏社会的稳定和经济、文化的展。这一章程的主流是积极的应予充分肯定。
清朝对甘、青、川、滇等省藏区的施政在甘肃、青海、四川、云南等省的部分地区有比西藏更多的藏族居住。对这些邻近内地的藏族地区清朝的施政较西藏有所不同。
雍正三年（1725）清朝设置了西宁办事大臣将现今甘肃、青海两省的藏族地区划归西宁办事大臣管辖。清朝将青海的藏族基本上限制在黄河以南、唐古拉山以北地区将这一地区的藏族划分为四十一族设置指挥使、指挥同知等官员和千户、百户等土司头人授给他们印信。道光初年清朝又下令千户实辖三百户百户仍辖百户分化和削弱了较大的土司头人的势力加强了清朝各级地方政府对他们的控制。
现今甘肃省境内的藏族被分别安置在岷州（今岷县）、洮州（今临潭）、兰州、凉州（今武威）的辖区内清朝对他们实行比较直接的治理。同时还分别册封了当地的一些大活佛对当地的僧俗上层仍给予一定的权力。雍正七年（1729）清朝决定将中甸、维西、阿墩子（今云南德钦）等地划归云南将里塘、巴塘划归四川设置流官进行治理。
清朝在西藏的驻军由四川轮流派遣三年一更代。四川总督不仅要负责辖区以内的藏族事务还要协助驻藏大臣为西藏驻军筹办军械管理由四川经康区到西藏一路的驿站并控制每年几百万斤边茶的生产和贸易。西宁办事大臣也负有协助驻藏大臣筹办粮饷、保证驿路交通的职责。
清皇朝的阶级本质决定了它对藏族地区的施政必然具有大民族主义的民族歧视、民族压迫的性质在某些事件中表现得十分明显。
乾隆年间生了大小金川战争事件。大、小金川位于四川大渡河上游。
乾隆十二年（1747）和三十六年（1771）当地的土司两次起兵袭掠邻近土司扰乱川西乾隆帝派出重兵进剿。清朝第二次用兵金川花了五年的时间支出军需七千万两白银损兵折将最后才迫使大、小金川藏人投降改土归流。乾隆帝把这两次用兵作为他“十全武功”中的两大武功。
藏区的土地制度和宗教文化十七世纪中叶随着黄教寺院集团在经济上取得的空前优势藏族的封建农奴制度有了进一步的强化。封建领主对土地的占有和对农奴人身的不完全占有是这个社会的基础。五世时黄教寺院集团开始掌握了对西藏土地的所有权把土地封赐给僧俗封建领主。可以得到土地的主要是：西藏地方政府的官员；忠于五世及西藏地方政府的各地世俗贵族；黄教寺院和服从五世及西藏地方政府的其他教派寺院中的上层当权分子。这三部分人即西藏的三大领主。对于封赐的土地他们只有占有权不得随意买卖也不得任意开垦荒地。土地占有权的转移须经地方政府同意。对于获罪的僧俗贵族地方政府有权没收他们的土地。
由于黄教寺院集团对土地的所有权最初得自受清朝册封的固始汗后来“政教合一”的西藏地方政府的权力又是由清朝直接授予的因此西藏最高一级的土地所有权属于清廷。清朝曾把藏北三十九族和达木地区划归驻藏大臣直接管辖把后藏部分地区划给班禅这都表明了清朝对西藏地方的最高土地所有权。
在封建农奴制度下农奴没有人身自由他们被束缚在一定的土地上不准随便迁徙。农奴一般占有一小块份地为了耕种这一小块份地每年要用三分之二的时间在领主的土地上无偿地提供劳役。这是典型的劳役地租。农奴主可以买卖、赠送、抵押农奴农奴逃亡或稍有反抗就会受到严厉的镇压。
邻近内地的藏族地区封建化的过程早于西藏。由土司、千户、百户头人统治的地区都是一个个小的地方政权其中也有“政教合一”形式的。这些土司头人对其属下农奴的统治较西藏要松弛多取劳役、实物兼有的地租剥削方式但仍然禁止买卖土地。有些地区已进入封建地主经济阶段。藏族的落后的封建农奴制的生产方式严重地束缚了藏族地区社会经济的展。
黄教在清代一直受到清廷的扶持。七世时黄教“政教合一”的地方政权建立后势力日益膨胀。藏传佛教的其他教派有的早已衰亡有的被黄教兼并还有些教派虽然存在但实力很小已不构成对黄教“政教合一”地方政权的威胁。对于表示顺从的教派黄教予以扶持。例如五世就曾大力扶持宁玛派。但是有些教派则受到黄教的排斥和打击。先是黄教的宿敌噶玛噶举派。觉囊派因为曾支持藏巴汗地方政权也受到迫害五世借口其教义不纯迫令该派僧人全部改宗黄教。有清一代随着黄教在藏族地区垄断地位的确立其他教派都居于从属的地位而且再也没有产生新的教派。
由于历史的原因和统治阶级的大力提倡、宣传藏族人民较普遍地信奉黄教几乎每户都有人出家为僧。据十八世纪中叶的统计共有黄教寺院三千四百七十七座僧人三十一万六千二百三十人1。黄教严禁僧人娶妻生子和参加生产劳动。这样大量的僧人既不创造社会财富又不繁衍人口形成藏族社会上一个畸形庞大的僧侣集团。藏族人口逐渐减少社会经济凋敝这样的黄教成了阻碍藏族社会进步的一大桎梏。
勤劳勇敢的藏族人民同中国各民族一起创造了自己辉煌灿烂的古代文化艺术。虽然由于藏传佛教的影响使藏族的文化、艺术大部分带有宗教的色彩。但剔除这些宗教的糟粕我们仍能从中看到藏族人民的聪明才智。藏族的文化、艺术在清代也得到了一定的展。
建筑方面五世时开始大规模营建的布达拉宫集中地反映了当时藏族人民的建筑艺术水平。布达拉宫依山而建高十三层东西长四百余米。远望群楼高耸崇阁巍峨非常雄伟壮观。宫内还保存有大量佛像、壁画、雕塑等反映了藏族人民在建筑艺术方面的高度水平。
文学方面一些作品在相当大的程度上摆脱了宗教迷信的束缚反映了藏族人民对幸福生活的追求和向往。其中最为脍炙人口的是六世·仓央1魏源：《圣武记》卷5。
嘉措的情歌以优美的语言�