只同意以“布衣”参加修史不署衔不受俸完全是一种遗民立场。修史者的这种立场也就使得他们在修史过程中尽量保留明代历史内容以寄托遗民思故国之情感。
明初历史时隔久远修史时尽量照顾历史脉络存其真貌。如明代野史记有徐达病故之事称徐达有背疽最忌食鹅肉明太祖朱元璋赐之蒸鹅徐达流涕食之遂卒。后世史家多认为是无稽之谈。刘基之死则《诚意伯文集》中记有太祖圣谕之言归罪于左丞相胡惟庸“并谓其毒基至死云”。徐达、刘基之见忌见猜明人野史俱有所言虽不可尽信亦绝非无稽之谈。《明史》徐达、刘基二传中却只记太祖对二人始终恩礼毫无纤芥之疑。这是因为史官们感到明初功臣多不保全像徐达、刘基这样能保始终已属仅有之事因此而未加微词。而同时对徐达、刘基见猜忌之说亦非全部加以掩饰。《李仕鲁传》中便有刘基、徐达见忌之语。这也是一种记史的方法。这种情况在《明史》中非止一例。因此《明史》中的记述有时可以达到自证的效果。如建文逊国之事《恭闵帝纪》记：“宫中火起帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中越八日壬申葬之。”既言不知所终又言出帝后尸而葬是存疑于此。其后又称：“或云帝由地道出亡。”但下文举正统间僧人杨行祥诡称建文帝之事。“自后滇、黔、巴、蜀间相传有帝为僧时往来迹。”则又将出亡事作传闻而记。然记建文逊国事非止此而已。《明史》卷三o四《郑和传》记：“成祖疑惠帝亡海外欲踪迹之。”卷一六九《胡传》：“传言建文蹈海去帝分遣内臣郑和数辈浮海下西洋。”又遣胡“遍行天下州郡乡邑隐察建文帝安在”。而卷一一八《谷王朱橞传》记谷王言：“往年我开金川门出建文君今在邸中。我将为申大义事有日矣。”谷王虽欲以此言欺蔽众人但其身为金川门之变当事人更造此言足见建文帝并非焚死宫中。
在建文逊国一事上《明史》的记述亦有其变化的。近代史学家孟森（心史）先生作有《万季野明史稿辨诬》其中谈到《明史》旧本与今所见通行本的不同记述。旧本作建文焚死说并传此说之定于万斯同。民初修《清史》其《万斯同传》稿中专记此事一则。孟森先生在驳斥此说定于万氏的同时指出关于建文的断论取决于清初政治之需“朱三太子之案至康熙四十八年乃结。明崇祯帝之子坐以诈冒而戮之。馆臣定稿正在天下汹汹传有朱三太子之日。清廷必以朱三太子为妄传以安人心且便于弋获之后可以假冒定谳以除所忌。其用意与明成祖之对建文同。故于修《明史》而及建文亦必主张建文为焚死以见失国之君主或其子孙断无能隐遁在野之理。馆臣可有此希旨之举季野先生必无此媚世之心也”。但是到乾隆四十二年（1777）诏改《明史》本纪时“去朱三太子事已远既不虑天下复有思明之人亦不虑明复有系天下之望的裔”于是将文字改为存疑之说。由此亦可知一代修史之艰难。
再如记于谦之死系因石亨、曹吉祥诬以谋立襄王世子定罪。但《于谦传》中仅记遭石、曹之诬陷未提谋立之事。因此事为定罪之因谈及则须辨诬传文必繁且与襄王传重复因此记述于《襄王瞻墡传》中。英宗复辟后于皇太后阁中见襄王金符。乃因“土木之变”后欲召襄王而未果其符遂留阁中。顿知并非于谦等人于景帝病危时私取符相召于谦所蒙之冤也就不辩自白。
《明史》之所以有其较高的史料价值不仅因其记史求真得体还因其重于考订。至今能见史馆诸人文集之中尚存考辨文字。
以明太祖朱元璋死后燕王奔丧与否为例则朱彝尊时有专文辨证见《曝书亭集·史馆上总裁第四书》：“伏承阁下委撰明文皇帝纪。彝尊本之实录参之野纪削繁证谬屏诬善之辞拟稿三卷业上之史馆矣。昨睹同馆所纂《建文帝纪》具书燕王来朝一事合之鄙稿书法相违。彝尊愚暗非敢露才扬己暴人之短惟是史当取信百世讵可以无为有？故敢述其所闻复上书于阁下。”下有五段考辨文字一为建文初燕王入朝之不可信今所见《恭闵帝纪》已删去此说。二为成祖备礼葬建文之说不可信今亦不见于本纪。三为天下大师墓之不可信四为《从亡随笔》之不可信五为《致身录》之不可信均辨建文出亡之传闻。朱彝尊的论证均为修史所采纳。袁崇焕之被杀如今人所共知为一大冤案。但在明末清初之际世人并不知其实情。赵翼《廿二史札记》有《袁崇焕之死》：“袁崇焕之死今日固共知其冤。而在当时不惟崇祯帝恨其引我朝兵胁和（时帝怒甚欲族诛崇焕以何如宠申救免死者三百余口。见《如宠传》）即举朝之臣及京城内外无不訾其卖国者。杨士聪平心而论亦但言其罪不至此而不知其所以得祸之由。其所撰《玉堂荟记》云：己巳之变当时士马物力足以相当袁崇焕初至一战人心甫定。而袁于大珰少所结好毁言日至竟罹极刑。乃京师小民亦群以为奸臣卖国至有啖其肉者其蜚语皆出自内阉云。可见是时引敌胁和之说已万口一词。士聪虽略知谤言之出自中涓然究未知中涓何以有此说也。直至我朝修史时参校《（清）太宗实录》始知此事乃我朝设间谓崇焕密有成约令所获宦官杨姓者知之阴纵使去。杨监奔还大内告于帝帝深信不疑遂磔崇焕于市。于是《崇焕传》内有所据依直书其事而崇焕之冤始白。使修史时不加详考则卖国之说久已并为一谈谁复能辨其诬者。于此可见《明史》立传之详慎。是非功罪铢黍不淆真可传信千古也。”
这确实是修史者勤于考订的结果。
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2。《明史》的缺点。
《明史》尽管有较高的史料价值，又称“最为完善”之作。但它作为一部官修的正史，其缺点也是显而易见的。
赵翼作《廿二史札记》，已对《明史》中的缺失有所评论，只是出于对官修正史的顾忌，未敢加贬斥之辞。近世史学家柴德赓教授曾经指出“如‘周延儒之入奸臣传’一题下，应加‘不当’二字，才与内容符合，但却从略。‘刘基廖永忠等传’条，下未接‘疏舛’二字，‘乔允升刘之凤二传’下未接‘重复’二字，此正所谓其不敢贬斥者也。”赵翼原文虽然委婉，《周延儒之入奸臣传》中亦云“周延儒不过一庸相耳，以之入《奸臣传》，未免稍过此非以甚延儒之恶，转为延儒增其身份也。”《刘基廖永忠等传》一篇，则论其述史之不确。以朱元璋征陈友谅一役，《太祖纪》记“戊戌，克安庆。壬寅，次湖口，败友谅于九江，克其城，友谅奔武昌。”《陈友谅传》所记略同。《廖永忠传》加至安庆，破其水寨，遂克安庆。总之皆称先克安庆，后克九江。而《刘基传》中却记，师攻安庆，自旦及暮不下，刘基请径趋江州，捣其巢穴。按此说则江州之陷前，安庆未克。所记不合。与此相类，《张玉传》记东昌之役，成祖被盛庸军包围，力战而出。张玉不知，突出阵中欲救成祖，力战而死。而《朱能传》却称，成祖被围，张玉力战而死，朱能率周长等力战，救成祖出。张玉究竟死于成祖突围前还是突围后，二传所记不合。事虽并非关键，但确为述史不严谨之失漏。
《明史·卓敬传》记卓敬之被杀，称成祖欲活之，但功臣姚广孝与卓敬有隙，从旁进言劝杀。此乃据明人野史杂传，考其史实，广孝实未从成祖之柴德赓《史籍举要》。
师入南京，亦无从谗杀卓敬。《明史》记建文遗臣之事，为表彰忠义，较多搜罗，野史传闻亦有所采用，难免有误。
四川廖麻子、曹甫起义，曹甫之被杀所记亦有抵牾之处。《洪钟传》记其为廖麻子所杀，《林俊传》则记曹为指挥李荫所擒杀。
《乔允升传》记崇祯皇帝在位十七年，刑部易尚书十七人，并一一列举易人之事。《刘凤之传》中亦有此段文字，并且一字不改照录于传中。此二传一在卷二五四，一在卷二五六，相隔只两卷，不及订正。“盖卷帙繁多，纂修诸臣不暇彼此参订也。”至于书中此类错误不足之处更多不胜举，故史家多作考证文字。如地理设置，记兰州于成化十三年九月复为州，而实录则记在成化十四年四月复县为州。成都府南江，《明史》作正德十一年置，《大明会典》卷十六记为九年添设。如太仆寺之设置，《兵志》中记为设四十牧监。《职官志》、《大明会典》均作“十四牧监”。《兵志》中之“四十牧监”，系承袭《明史稿》中之误。北畿计丁养马，始行于永乐十三年十二月，实录中有记。《明史·兵志》记作十二年，恐为误以月作年，未经核订之故。
《明史·艺文志》史论颇为推崇，然其中失误之处亦不少，前举所录邓名世《古今姓氏书辨证》四十卷，乃宋人之作，误入志中。再如所著录陈仁锡《周礼句解》六卷，据考体例文字多剽窃猥杂，系坊贾托名，而非出陈仁锡之手。修志人似未睹原书而录。顾起元《说略》亦同此，《艺文志》作六十卷，而顾起元自序记，全书只三十卷，志中误记六十。再如《艺文志》中著录杨慎《墨池琐录》卷、《书品》卷、《断碑集》4卷，而遗漏《画品》卷，估计也是成篇时未及仔细订正之故。
其述史不一之处，尚有表、传之不合。如吴悼王允熥之死，卷一○三《诸王世表》作永乐十三年卒。卷一一八《吴王允熥传》则作“永乐十五年卒”。《宰辅年表》汪广洋，洪武三年左丞。而《汪广洋传》则误记为右丞。李贤天顺元年为吏部右侍郎，则当依《李贤传》为左侍郎。又有志、传不合之处，如《徐光启传》记所进《日躔历指》一卷，《艺文志》作四卷；《通率表》一卷，《艺文志》作二卷。均不合。
此类小疵，不胜枚举。以《明史》三百卷之多，虽经修纂日久，难免有失误之处，众人成书，或有顾及不到，在所难免。而《明史》中真正失漏之处不仅在此，而在其有意隐蔽史实。
清初修《明史》，所以有须隐没之事实，即在于清与明本身之关系。其所隐没者有二一是隐没清末建国前曾臣于明；二是隐没清入关后南明诸朝廷存在之事实。
清朝的发祥，大概与明朝的建立同时。清以肇祖为追尊入太庙之始。肇祖即童猛哥帖木儿。先袭职为元朝万户，后归明朝，授建州左卫指挥，升至赵翼《廿二史札记》。
都督。清称都督孟特穆，追尊肇祖。据《明太宗实录》所记，明永乐间即有关猛哥帖木儿之记录。近代清史专家孟森（心史）先生曾对清之世系作有考订“清之初系，为明之建州左卫。始授左卫职之猛哥帖木儿，又因其姑姊妹中，有入明宫为妃嫔者，因内宠之故，至升都督职衔，清实录谓之都督孟特穆。”建州女真于明代入朝进见、上贡、袭替、改授及与周边之关系活动甚多，但此均清朝发祥后为明朝之臣的明证，为清廷所讳，因此在《明史》中不但不许见建州女真，而且凡是“女真”皆在所讳，“于是女真之服而抚字，叛而征讨，累朝之恩威，诸臣之功过，所系于女真者，一切削除之”。自古以来，凡于易代之际，以后代修前代之史，关系到新朝与旧朝之处，难免没有曲笔。但是一般来说，大都相涉年代不多，其掩饰之处，读史者也能意会其中缘故，从未有如明朝与清朝这样关系始终，“一隐没而遂及一代史之全部”者。
凡明朝文武诸臣，曾为督抚镇巡等官者，皆削其在辽之事迹。如王翱、李秉、赵辅、彭谊、程信等人，《明史》中均各有传，但其于建州有抚治或征讨之绩处，《明史》中均略去不述，间有一二语涉及，则不指明为何部落，以何原因启衅，其史实真相，无从观看。再如马文升，以抚安东夷，自著专书记其事，名《抚安东夷记》，书中主要记述成化时女真状况及其与明朝之关系，尤对海西女真多有记述。《明史》卷一八二《马文升传》亦记其“凡三至辽”之事迹，然读之却并不知其为建州女真之事，文词隐晦，只略述其曾于辽事有功而已。宦官汪直，与马文升不合，欲建功辽事，但其传中亦不作明述。据诸史家考证，《明史》中讳记女真之事，亦有疏忽之处，如《宪宗纪》及《汪直传》中，有伏当伽一名。伏当伽为其时建州女真一首领名，史官不知伏当伽为何部酋领，漏出其名，反彰其曲笔掩饰之实。
凡是明朝人中所长而必书之事在于建州者，则《明史》中削其人而不为立传。如顾养谦、宦官亦失哈等，因生平活动不可离辽东及建州之事，《明史》中遂无传。此外亦有明显删掉者。如卷二五七《王洽传》记“宣大总督王象�