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刘福通部红巾军自击溃也先帖木儿后虽未遭遇元军主力但其两翼有元军围剿其他红巾军而其占领区内崛起了两支地主武装。沈丘（今安徽临泉西北）畏兀儿人察罕帖木儿与罗山县典官李思齐各结集“义兵”合兵袭破罗山元廷分别授为汝宁府达鲁花赤和汝宁知府渐拥兵至万人屯驻沈丘屡败刘福通部红巾军因而牵制了刘福通部的进一步展。
至正十四年（1354）九月元廷因张士诚占领高邮（今属江苏）阻塞漕运再命脱脱出师征高邮。脱脱总制诸王各爱马、诸省各翼军马董督总兵、领兵大小官将号称百万。十一月军抵高邮士诚大败退入城中不出。元军分兵破、盐城、兴化等地高邮城中日议投降事。这时在京师的中书右丞哈麻乘机奏劾脱脱和也先帖木儿罪行顺帝下诏削脱脱兵权安置淮安路。诏书到达军营“大军百万一时四散”元军竟不战自溃。高邮战役是元末农民战争的一个转折点从此元军丧失了优势再也无力纠集如此众多的力量来镇压起义军只能主要依靠地主武装来维持元朝的统治。
刘福通利用战场上形势的急遽变化于至正十五年（1355）二月迎韩山童之子林儿于砀山夹河在亳州（今属安徽）正式建立宋政权改元龙凤立林儿为帝号“小明王”。杜遵道、盛文郁为丞相罗文素、刘福通任平章福通弟刘六任知枢密院事尊山童妻杨氏为太后。未几因壮遵道擅权刘福通命甲士挝杀之。杜遵道原为一名书生因建言“开武举以收天下智谋勇力之士”被知院马札儿台补为掾史“既而知不能行其业遂弃去”（《庚申外史》卷上）追随韩山童动农民起义。据说杜遵道与杨氏有染“自是专权怙势人皆嫉之”（《垄起杂事》）以致被杀。此后刘福通自任丞相加封太保成为宋政权的实际领导人、北方红巾军的总指挥。在往后长期的斗争中展示了他的军事和政治才能。
宋政权建立后元军把进攻矛头又集中到中原来。这年六月河南行省平章答失八都鲁率原属太不花的诸王藩将兵马进攻许州长葛为刘福通击败答失八都鲁退至中牟红巾军劫其营夺其辎重俘获其子孛罗帖木儿。但红巾军又遭元将刘哈剌不花袭击孛罗帖木儿被夺走。刘福通命其将赵明达取嵩、汝、洛阳北渡孟津至怀庆路（今河南沁阳）河之北大为震动。元廷不得不自豫南调察罕帖木儿来应战赵明达战败。十二月答失八都鲁进攻太康进围亳州。刘福通将小明王移置安丰次年三月自领兵与答失八都鲁军激战于太康、亳州击退敌军亳州得安。
刘福通在率领红巾军与敌人搏斗的同时十分注意利用宋政权的名义把北方各支农民起义军纳入宋政权统辖之下并建立地方政权。至正十六年二月朱元璋攻占集庆（今江苏南京）七月宋政权立江南等处行中书省、江南等处行枢密院任命朱元璋为行省平章；同年十月赵君用取淮安乃设淮安等处行中书省任命赵为行省平章。以后为了节制各路红巾军在那些占领一地而又较为巩固的地区继续设置行省机构。
为了分散元军对宋政权都城亳州的压力扩大战果从至正十六年九月开始刘福通派遣军队分路出击到至正十七年（1357）夏形成三路北伐的壮观局面而刘福通自率大军攻克汴梁北方红巾军进入鼎盛时期。
一、西路军早在至正十六年九月刘福通即遣李武、崔德进兵陕西破潼关元陕西行省参政述律杰战死。红巾军又克陕州、虢州（今河南灵宝）扼崤函。答失八都鲁急调察罕帖木儿、李思齐阻截李武、崔德折往晋南取平6、安邑（今山西运城东北）遭察罕帖木儿追袭红巾军溃散。十七年二月李武、崔德重振队伍占领商州攻武关取七盘据蓝田直抵灞上进逼陕西行省府奉元路（今西安）分兵攻同（今陕西大荔）、华诸州三辅震恐陕西省台告急。元廷命察罕帖木儿、李思齐、刘哈剌不花等来援红巾军败走南山入兴元。李武、崔德其后一直无战功曾受到刘福通斥责至正二十一年（1361）五月向李思齐投降。
至正十七年六月刘福通部署各路军马三路北伐命白不信、大刀敖、李喜喜组成西路军。十月红巾军取兴元克凤翔察罕帖木儿、李思齐击走之红巾军退入四川。是年底白不信等又攻入秦（今甘肃天水）、陇（今陕西陇县）据巩昌（今甘肃陇西）再攻凤翔。次年正月白不信败入四川。四月察罕帖木儿纠集陕西各路元军进攻巩昌李喜喜李喜喜败入蜀。败退到四川的红巾军改称“青巾”为徐寿辉天完政权的部将明玉珍所不容李喜喜又率余部到武昌投奔陈友谅。西路军在溃散时有一支起义军于至正十九年（1359）四月北上宁夏攻占宁夏路（今银川）活动于灵武等处。二、东路军至正十六年三月地主武装“青军”在其头目张明鉴率领下据扬州逐走镇南王孛罗普化孛罗普化逃奔淮南。不久由盐丁组成的地主武装“黄军”反叛朝廷。十月占据盱眙等地的赵君用联合青军、黄军攻占淮安杀镇南王。宋政权命赵君用为淮南行省平章。赵君用命其部将毛贵北上略海州（今江苏连云港西南）等地因元将也先来攻毛贵夺取海船由海道进入山东于至正十七年二月取胶州其后在不足两个月时间内连克莱州、益都、莒州等地。元廷急命湖广行省左丞相太不花、知枢密院事孛兰奚、同佥淮南行枢密院事董抟霄等镇压毛贵。七月元镇守黄河义兵万户田丰宣布起义克济宁路（今山东钜野）。刘福通命毛贵联合田丰尽取山东之地北伐大都。
是年冬元义兵千户余宝在棣州（今山东惠民）杀知枢密院事宝童起义而元廷在山东的元军总指挥太尉纽的该龟缩于东昌（今山东聊城）不敢轻易出动。至正十八年正月田丰克东平路使南北漕运中断而毛贵在益都西南的好石桥大败孛兰奚孛兰奚退至济南毛贵乘胜于二月初攻占济南。至此山东各地大部分被毛贵、田丰占领。
宋政权在山东设益都等处行中书省以毛贵为平章。毛贵立宾兴院选用故宫命姬宗周等分守诸路“又于莱州立三百六十屯田每屯相去三十里造大车百辆以挽运粮储官民田十止收二分冬则6运夏则水运”（《元史·顺帝纪》）。十分注意生产建设和经济政策为建设北伐基地作出了努力。
至正十八年二月毛贵挥师北伐进河北境。时升任河南行省右丞的董抟霄驻兵南皮之魏家庄毛贵兵至将其刺杀遂北克清、沧二州据长芦镇。三月克蓟州兵至通州枣林、柳林直逼大都。“京师人心大骇在廷之臣或劝乘舆北巡以避之或劝迁都关陕众议纷纷。”（《元史·刘哈剌不花传》）但毛贵孤军深入元军四方来援毛贵军败于刘哈剌不花退回济南。
毛贵北伐之时田丰夺取东平、济宁、东昌等地。所以尽管毛贵北伐未能成功但山东形势还是有利于红巾军的。
三、中路军至正十七年初宋政权丞相之一的盛文郁攻占曹州（今山东菏泽）与在山东其他地方作战的毛贵、田丰势相联结宋政权有可能在曹州建立行省。是年夏刘福通动三路北伐遂命曹州行省组织中路军。九月由关先生（关铎）、破头潘（潘诚）、冯长舅、沙刘二等率领的中路军逾太行山取陵川、高平克潞州（今山西长治）进攻冀宁（今山西太原）被察罕帖木儿所败退入太行山。
至正十八年二月东路军毛贵由河北进攻大都为分散敌军力量毛贵遣其部将王士诚、续继祖等自益都出兵进攻怀庆路杀元怀庆路总管王得贞。三月王士诚取晋宁路杀总管杜赛因不花并与关先生等所率军相合。刘福通命中路军分兵两路：一路攻绛州（今山西新绛）；一路由沁州出攻冀宁（今太原）、代州、大同“烽火数千里复大掠南且还”。此路的意向是北上与东路军形成对大都的包围但这时毛贵已在大都附近受挫退回山东故中路军北至大同后南还。可惜他们回军途中遭察罕帖木儿伏击。五月察罕帖木儿将董克昌收复冀宁。六月关先生、破头潘等克辽州（今山西左权）旋被察罕帖木儿将虎林赤击走而关先生军再克冀宁。九月关先生等攻保定不克转而攻克定州。十月占领大同北上进攻兴和（今河北张北）。十二月关先生、破头潘攻克上都（今内蒙古正蓝旗东北）。上都为元廷夏都筑有宫阙官署中路军予以焚毁逗留七天中路军又攻破全宁（今内蒙古翁牛特旗）焚鲁王府进克辽阳。并以辽阳为基地准备进攻高丽。刘福通就在这时置辽阳行省任命关先生、破头潘、沙刘二等为平章。
至正十九年（1359）二月红巾军布致高丽王书称：“慨念生民久陷于胡倡义举兵恢复中原东逾齐鲁西出函秦南过闽广北抵幽燕悉皆款附。如饥者之得膏粱病者之遇药石。”（《高丽史·恭愍王传》）十一月红巾军前锋渡鸭绿江。十二月红巾军在毛居敬率领下攻占义州、静州、麟州、西京（今平壤）等地。翌年正月红巾军在西京战败退走。三月红巾军从海路进攻高丽西北沿海诸州旋退去。二十一年九月关先生、沙刘二、破头潘等率十余万红巾军渡鸭绿江攻朔州。十二月攻占开京（今开城）迫使高丽恭愍王南逃。二十二年正月高丽军收复开京关先生、沙刘二被杀破头潘率余众败退辽阳。四月辽阳行省兵邀击红巾军余众破头潘被俘。中路军残部投降孛罗帖木儿。
刘福通在动三路红巾军北伐的同时意图倚托益都、曹州两行省比较巩固的基地展开对汴梁的攻击使之成为名副其实的宋政权都城。至正十七年六月刘福通攻汴梁不下。八月取大名、卫辉（今河南汲县）两路形成对汴梁包围的态势。十月元廷增派知枢密院事达理麻失里攻雷泽、濮州被刘福通杀死节制河南元军的答失八都鲁被迫退至石村。“朝廷颇疑其玩寇失机使者促战相踵”。刘福通又使反间计“诈为答失八都鲁通和书遗诸道路使者果得之以进。答失八都鲁觉之一夕忧愤死十二月庚子也”（《元史·答失八都鲁传》）。其子孛罗帖木儿袭职退驻井陉。至正十八年五月刘福通再次进攻汴梁元守将竹贞逃遁福通据汴梁为都迎韩林儿居之。时毛贵虽进攻大都失利但山东形势甚好中路军转战山西西路军趋关中出现了鼎盛局面。《元史·察罕帖木儿传》称：“安丰贼刘福通等陷汴梁造宫阙易正朔号召群盗。巴蜀、荆楚、江淮、齐鲁、辽海西至甘肃所在兵起势相联结。”在这一形势下元河南行省平章周全以怀庆路降。刘福通命其进攻据洛阳的察罕帖木儿“守将登城以大义责全。全愧谢退兵刘福通杀之”（《元史·顺帝纪》）。
宋政权鼎盛局面没有维持多久很快生了逆转。至正十八年九月孛罗帖木儿统领诸军夹攻曹州。十月元军破曹州擒杀曹州行省武宰相、仇知院。曹州陷落使宋政权与山东红巾军联系切断。十九年初孛罗帖木儿北上代州、丰州（今内蒙古呼和浩特东）、云内（今内蒙古土默特左旗东南）驻守大同以切断宋政权与中路红巾军的联系。而察罕帖木儿一直以重兵驻守渑池、洛阳时刻准备对汴梁起进攻。宋政权陷入孤立无援的境地。山东红巾军这时也生了逆转。毛贵北伐大都失败后返回山东与田丰配合其势仍很盛。至正十九年四月淮安失守赵君用逃奔毛贵竟阴险地把毛贵杀死。七月毛贵部将续继祖从辽阳回益都怒杀赵君用。山东红巾军自此一蹶不振这时王士诚也脱离中路军返回山东与田丰争夺势力田丰称花马王王士诚称扫地王互相攻伐。
至正十九年五月察罕帖木儿移军虎牢分兵南路出汴南攻陷归、亳、陈、蔡北路出汴东置战船于黄河内略曹州南据黄陵渡又陕西、山西各路元军包围汴梁。八月元军破汴梁刘福通奉韩林儿突围奔安丰元军俘获韩林儿妻及红巾军家属数万红巾军各级官员五千。至此宋政权虽曾布文告加封朱元璋官爵朱元璋名义上也仍奉龙凤为正朔所布榜文称“皇帝圣旨吴王令旨”但实际上宋政权已名存实亡。
至正二十一年（1361）夏察罕帖木儿向山东红巾军起总攻田丰、王士诚降之。十月察罕帖木儿进围益都毛贵部将陈猱头等坚持抵抗。次年六月田丰、王士诚杀察罕帖木儿参加益都保卫战。察罕帖木儿子扩廓帖木儿袭其父职继续围攻益都。十一月益都陷田丰、王士诚被杀陈猱头被俘送大都毛贵子小毛平章不知所终。接着莒州陷山东红巾军全部被镇压。在安丰的宋政权名义上只存下朱元璋的江南行省。
至正二十三年（1363）二月平江（今江苏苏州）张士诚乘安丰空虚之机遣其将吕珍进攻安丰。刘福通等进行了顽强的抵抗韩林�