仗着新皇帝是自己拥立上去的，马士英入朝之后，耍尽手段，终于把史可法赶出朝廷。
在马士英的怂恿下，朱由菘于顺治元年五月十五日在南京正式称帝，是为弘光元年。第二天，弘光帝就迫不及待地宣布马士英为兵部尚书，相当于取代了史可法的地位。
这个安排一出来，舆论一片哗然。大家纷纷为史可法叫屈，说皇上啊，你怎么能放着济世良相不用，用跟阉党有关系的人呢？
朱由菘当然不会理会这些，他选择阉党一方面是对东林党不放心，另一方面确实是想自己放心淫乐，把朝政都交托给马士英、阮大钺这些人。不管朱由菘选择哪个党派，都注定了南明政权的悲哀，因为最高领导者朱由菘就这样。他宠信奸臣，无所作为，没有防备清军，整日坐在秦淮河上的船上，沉沦在情歌艳舞之中，过着醉生梦死的生活。据说，当时秦淮河上的灯船之盛，天下其他地方是找不到的。
秦淮河两边的房子，雕栏画槛，一片珠帘，粉纱红帐，醉客熏熏，简直是腐败到了极致。
弘光皇帝就整天沉溺在灯红酒绿之中，估计连老祖宗朱元璋都忘记了。真是要死也要快活，当时的形势简直危在旦夕，随时都有亡国的命运。
国家都已经不像个国家了，弘光皇帝仍然大兴土木、选拔宫女、穷奢极欲。在当上皇帝之前，弘光曾经承诺，豁免练饷，取消崇祯期间老百姓的欠粮等等，免掉各种加派。结果呢，这些政策一项也没有实行，赋税反而有增无减，老百姓们叫苦连天。
俗话说，百足之虫死而不僵，南明政权如果能够争点气，也不是没有希望的。南明政权除了搞得老百姓民不聊生，内部也出现了很大的问题，最典型的就是“三疑案”，即大悲案、太子案、童妃案。
我们先来说说大悲案，大悲姓朱，是一个和尚。他跟潞王的关系比较好，潞王信佛，两人经常在一起切磋，聊出感情了以后，两人还互相认了本家。东林党之前一直想立潞王为皇帝，所以弘光帝对潞王非常防范，害怕潞王夺走自己的皇位。后来，大悲和尚来到南京，弘光帝怀疑他是潞王的刺客，到这里来刺探军情，便将大悲和尚抓起来，没过多久就将他杀掉了。太子案的情况跟这个很类似，有一个叫朱慈粮的年轻人自称是崇祯的儿子，也从北方来到南京。弘光帝非常没有安全感，担心这个年轻人夺走自己的皇位，便先下手，将这个年轻人抓起来，关进大牢里。
最荒唐的是童妃案，李自成攻破洛阳之时，弘光帝还只是福王朱常洵的儿子，当时朱由菘侥幸逃脱，沦为落难王孙。在逃亡过程中，他认识了一个姓童的女子，该女子对朱由菘非常好，两人结成患难夫妻，私定终身。朱由菘当上皇帝后，童妃千里寻夫来到南京，谁知弘光帝翻脸不认人，演绎了一个现实版的陈世美。他不光不认这个妃子，还把她关进牢里，折磨致死。
这三大案犹如三大石头，激起了千层浪，在整个社会引起了巨大反响。特别是太子案，从弘光帝急不可耐地收十“太子”时，大家就可以看出他内心那种仓皇和恐惧，这种恐惧是对自己地位的一种不自信。不免让其他人联想到，你这样做是不是因为你觉得自己的皇帝之位来路不正。
左良玉是明末一个特别厉害的将领，张献忠就是被他打得抱头鼠窜，据说左良玉曾经把张献忠逼入绝境，完全有机会灭了他。后来张献忠跟左良玉说：“你现在之所以受重视完全是因为我啊，我一死的话，你不但前途没了，还会因为以前的罪过被处死。”就这样，左良玉放过了张献忠。
左良玉是东林党人一手提拔起来的，跟东林党人的关系非常密切，因为这个原因，朱由菘上台之后对他非常排斥。太子案爆发后，左良玉压抑已久的怒火终于爆发出来，他以“清君侧”的名义领军沿江开往南京。与此同时，豫亲王多铎率领大军攻占西安，打败了李自成，正以疾风扫落叶的势头横扫中原。多铎的大军已经快到达淮河了，弘光帝这时候非但没有考虑和左良玉“议和”，一起抵抗清军，反而命令江北防线的明军掉头攻打左良玉。
南明这时候仍然把“流寇”视为最大的敌人，弘光政权的基本国策是联合清军消灭起义军，也就是一句老话，攘外必先安内。包括民族英雄史可法也是坚持这种看法，联合清军灭掉流寇，然后再跟清军争雄。
在你势力衰弱的时候，你想联合一个比你强大的人，肯定是要付出代价的。这个代价南明愿意出，出多少价钱却存在争议。有人主张和清朝以两淮为界，有人主张以河间为界限，甚至有人说弘光应该效法石敬瑭，给顺治当儿皇帝。有人觉得顺治那么小，你给他当儿皇帝脸上实在挂不住，还是尊顺治为叔叔好听点。弘光想想，给人当侄子也没什么，便派出陈洪范等使臣出使清廷，请求与清帝结为“叔侄之君”，希望两家同心协力，共灭流寇。
可惜，清朝根本看不起南明，多尔衮只认礼物，不认人。收下礼物后，非常傲慢地说：“我们很快就会发兵江南。叔侄的事就没必要提了，我们不吃这一套。”
南明的使团在北京备受侮辱，弱国无外交，说的真是一点没错。首席使臣左懋第和马绍愉还被清军扣押，陈洪范甘愿降清（做内应），清廷才放走使团。
清军这么傲慢，跟南明政权的软弱无能有很大关系。刚开始入关的时候，清军没想到可以统治全中国，抱着捞多少是多少的心理，对南明的态度还是非常有分寸的。但是入关之后，清军的心理就发生了变化，清军万万没有想到泱泱大国居然这么没有抵抗力，几十万人的军队进入人口接近一亿五千万的国家居然好像如入无人之境。这至今仍然是华夏民族的悲哀，就像马克思说的，中国人就像装在一个大麻袋里的土豆，如果不把袋口系得紧一点，就会散落一地。
在古代，将天下所有中国人联系在一起的绳子是皇权，如果没有皇权这根绳子，中国人都会变成流寇，所谓流寇不一定是指盗贼，流寇可以说是没有公民意识趁火打劫的人。唯一能够取代皇权这根绳子的就是公民意识，而公民意识的基础是人民是国家的主人。
公民和臣民是两个完全不同的概念，臣民属于过去，公民属于未来。回首过去，我们更寄希望于未来。
就在多尔衮的事业芝麻开花节节高的时候，南明政权却像一艘漏水破船，缺口越来越多，整个统治从上层到下层都不稳定。弘光政权如此不稳，清军全看在眼里，所以态度越来越强硬。再加上越来越多的汉奸加入清军阵营，这些汉奸对于平定江南、统一全国比主人的兴趣还大，急着要做“开国奸臣”。这些汉奸们极力鼓吹不要和南明结盟，一定要让南明俯首称臣。
怪不得多尔衮给史可法的回信中一改往日谨慎谦虚的态度，突然嚣张地命令南明削号归藩。听到这个消息，南明崩溃了，装孙子别人都不待见。
弘光政权前后不到一年时间。1645年5月，多铎带领清军在扬州屠杀十天之后，迅速扑向南京。警报传来，弘光还在搂着美女喝花酒，听到多铎大军来袭的消息。弘光手中的酒杯掉在地上跌碎，愣了好一会儿，忽然醒悟过来，立即带着爱妃连夜出逃。
朱由菘逃到芜湖后，来到黄得功的军中。黄得功在南明也算是一个名将了，但是明朝气数已尽，保护明朝难免要搭上自己性命。朱由菘来了以后，也意味着清军尾随而至，黄得功立即摆开架势，和清军在水上列阵，展开决战。不幸的是，战争中黄得功被冷箭射死，至于放冷箭的是清军还是汉奸就无人能知了。反正，黄得功死后，部将田维马上叛变，将朱由菘和爱妃捆起来，送给清军。第二年，朱由菘在北京宣武门外被处决。
南明三大谜案
我们回过头来再看看南明三大谜案，这三大谜案确实非常扑朔迷离，值得我们进一步深究。
我们先来说说真假太子之谜，从顺治元年底到顺治二年初，不到半年的时间，北京和南京同时出现两个太子，这两人都称自己是崇祯的太子朱慈烺，一个是由南向北来，一个是由北向南来。
弘光帝正在花天酒地，忽然接到一个报告，鸿胪寺少卿高梦箕声称，他北方家里的一个仆人在南下逃难的过程中，认识了一个十六岁的少年，自称是崇祯的太子，讲得有鼻子有眼的。高梦箕觉得这事非同小可，立即向弘光帝禀报。
崇祯自杀之前，曾经让太子换上布衣逃难，但太子最后还是落入李自成的手中。李自成还封他为宋王，山海关一战李自成大败，太子也就因此失踪。
这次太子突然出现，吓得弘光帝头顶冒汗。弘光帝这人没什么志向，当上皇帝只是为了吃喝淫乐，他对自己皇帝的合法地位非常不自信，加上朝中有一股反对势力在，太子这一出现，甭管真假，首先让他提心吊胆。
马士英早就有言在先，如果太子回来，立即把国政还给太子。尽管担惊受怕，弘光帝还得非常小心地处理这件事情。他先派人把太子接到南京，同时附上一封信，表示自己以绝对的诚意欢迎太子回京。
太子接回来之后，最关键的就是判断真假。说实话，在座的诸位基本上都没见过太子，有人见过太子，也是很多年以前的事了。
鉴别太子必须由那些曾经在太子身边工作过的人来完成，方拱干、刘正宗、李景廉三位先生以前是太子的老师，他们在太子面前瞅了好一会儿，结果都摇了摇头，说毫无印象。
太监邱执中是整天陪太子玩的人，看了好半天，也说不是。
后来又问了一些细节的问题，这人回答不出来，于是大家一口咬定：这个是假太子。
既然是假的，那么就打吧！打完之后，这人终于承认自己不是太子，原名王之明，是驸马王昺的侄子，也算是皇亲国戚，了解一些宫廷的掌故。
据王之明供认，他冒充太子并没有别的企图，只是想整点银子花。
案子到这里，可以结了，冒充太子砍头都不过分，但事情远远没有我们想象的那么简单。
这个案子还存在着另一种可能性，而且这个可能性也不小。那就是参与辨认太子的人都说了谎话，王之明的供认很可能是屈打成招的结果。这个自称太子的人曾经非常高调地对外讲述自己逃离皇宫的种种经历，对宫里的一些情况也能说出个子丑寅卯，还能叫出一些太监的名字，再加上他的年龄和身材都跟太子比较吻合。所以，很多人怀疑这人就是真太子。
这件事情激起了民愤，底层群众大肆炒作这事，发泄对弘光政权的不满。对于老百姓来说，太子是真是假无所谓，关键是弘光下台。
就这样，一个简单的诈骗案演化成一场政治危机。
当然，这个太子确实是个假冒产品，史可法在当时就凭借自己的经验判断出来，这个太子一定是假的。一般北来的人口进入南方都要经过淮安防区，在淮安防区过境人口的记录，并没有什么太子。史可法断定这个人一定是一直待在南方，根本不是什么北来的太子。
在此之前，史可法曾经派出使者到北京和多尔衮议和，根据这些使者的禀报，多尔衮在崇祯岳父周奎的家里杀死了太子，清廷以假冒的名义迫不及待地把太子处死。史可法相信，被清廷处死的是真正的太子。
根据《清实录》的记载，周奎曾经向清廷报告了太子的情况，清廷便派遣明朝的贵妃袁氏过来认，袁氏一看是假的。多尔衮立即顺水推舟，下令把这个冒充太子的人处死。一本清史就是一部谎言史，清史的话没几个人相信的。根据专家考证，真正的袁妃早已随崇祯殉难，让一个死人来指正太子，太荒唐了。所以，结论是多尔衮杀人灭口，这个人就是真正的太子。
大悲案还有另外一种说法，就是这个大悲和尚并不是潞王的什么奸细，只是一个流浪和尚而已。
顺治元年（1644年）十二月的一个深夜，一个衣衫褴褛的和尚在南京洪武门外叫门，而且这个和尚叫门的方式非常高调，把门弄得哐啷响。守门士兵一听，好大个胆，立即把这个和尚抓了起来。
“深更半夜的，你居然叫门，找死啊？”士兵们抡起拳头准备揍他。
这时，这个和尚说出的话让士兵们吓了一跳：“我是崇祯皇帝。”
士兵一听，赶紧收起拳头，甭管真假，先好好款待他再说，等验明真假再来处置。士兵们都知道崇祯皇帝在煤山上吊了，但乱世中，什么都有可能发生，崇祯或许找了个人替他去死也说不定。士兵们赶紧把这事上报给领导，领导听了也很吃惊，领导毕竟是领导，临危不乱，让人赶紧验明是不是皇帝。
可惜，这个和尚的心理素质非常差，见到领导吓得两腿打颤儿，说话哆哆嗦嗦，竭力想模仿皇帝的腔调，露馅得更快。和尚说了好半天，大家都不知道他想说啥，和尚也撑不住了，�