得知这个消息后，清军主帅额勒登保率兵赶过来，将起义军包围在苍溪的人头山上，清军由三路对起义军发起了进攻，企图全歼冉天元。冉天元并没有被清军的势头吓住，他从容指挥，坚守高地，巧设埋伏，持刀士兵在前面，弓箭手在后面，杀得清军死伤成片，这一战清军副将以下的将官损失了二十四名。随后，冉天元突围出来，到达巴州阴背场。额勒登保失败后，自知过失重大，主动向嘉庆“请罪”。
第三场战役是高院场战役。这场战役还是由冉天元指挥的，从苍溪离开后，他带着四千起义军准备经由川北到甘肃与其他起义军会师。冉天元的部队经过成都和重庆，进驻川西时，部队从四千发展到七八万人。看到白莲教众蔓延得如此迅速，连嘉庆都感到失望，他说贼众像蝗虫一样铺天盖地，光凭人力简直不可能捕杀干净。
嘉庆五年（1800年）正月十九，冉天元的大部队到达西充县的高院场。清政府火速派川北总兵朱射斗前去扑灭，朱射斗到了以后，火炮狂轰，弓矢狂射。面对清军凶猛的火力，起义军并没有畏缩，反而内心更加愤懑。他们恨透了朱射斗这个清廷鹰犬，组成了一支敢死队，为了躲避敌人的炮火和箭雨，匍匐前进，一直爬到朱射斗的大营前，举起大刀砍杀了清军的这个“巴图鲁”，并歼灭了一千多名清兵。
起义军再次获得了这场战役的胜利，冉天元在起义军中确实是个不可多得的将领。
第四次战役是马蹄岗战役，这次战役的主要指挥者还是冉天元。高院场战役后，冉天元带着部队北上到达梓潼和江油一带，并任命部将张子聪向成都挺进，以迷惑清军。此计果然见效，三月的一个晚上，冉天元率领大部队从太和镇成功渡过潼河。嘉庆得知这个消息，非常气愤，下令四川总督魁伦自尽。
随后，冉天元来到马蹄岗，德楞泰率领清军企图再次包围义军，结果两军激战，清军又一次被打得落花流水。起义军反将清军包围，眼看清军就要被全歼，这时清军援军杨遇春和乡勇头目罗思举赶过来。战场形势很快扭转过来，起义军败走，冉天元因为战马受伤，落马被俘。
等待冉天元的是清廷残酷的刑讯，而其终究是一个汉子，始终不肯向清廷低头，最后被斩首。
马蹄岗战役是反清起义的一个转折点，自此以后，起义军逐渐转为劣势，直至最后被清廷扑灭。
第四章海上烽烟
蔡牵的势力庞大到什么地步呢？他已经取代了清廷水师维护海上秩序，海上商船但凡购买了蔡牵颁发的执照，就能平安无虞地到达目的地。这是官府之外另一种维护秩序的暴力，暴力集团的最终目的总是获利。
海患成灾
清廷对海上活动有很多限制，这是闭关锁国维护统治的一种手段。为了一家的江山，而将全国人民都与世隔绝起来，这显然是一种非常自私，而且违背客观规律的做法。
乾隆末年，海上洋盗势力猖獗，这些活动可能跟安南的新任统治者阮氏家族有关系。当时清廷高层将“海事”“苗事”和“教事”称为对帝国有威胁的三件大事。
这些海洋盗贼的背景复杂，但有一点清政府几乎可以肯定，那就是这些活动背后有安南国王阮光平和阮光缵父子的支持。这些海盗跟今天的海盗没啥区别，他们对海上来往的商船进行打劫获利。海盗的活动严重地损害了清政府的利益，嘉庆刚即位不久，就着手打击海盗活动。
嘉庆任命福州将军魁伦、广东巡抚朱圭、浙江巡抚吉庆缉拿海盗。当时清廷的水师并不足以远洋出行，只能在近海进行搜捕，同时切断海盗岸上的补给。
不久，魁伦缉拿了一百三十名海盗，其中有五十人是无照出海捕鱼的渔民，嘉庆发现这事后，对魁伦进行了严厉的谴责，认为他将无照渔民和海盗混为一谈，分明是冒功。
元月过后，嘉庆谕示军机大臣：海盗长期生活在船上，油盐柴米从哪儿来的？一定是靠沿海的渔民接济，这些渔民卖给海盗食物虽然是为了谋生，但势必助长海盗的气焰，所以一定要对渔民严加盘问。
魁伦后来抓住了一个海上贩子蓝三世，最后虽然查明他并没有向海盗贩卖物品，但为了杀一儆百，魁伦还是把蓝三世处以绞刑。嘉庆获知此事，不但没有责备魁伦，反而夸奖他办事有方法。
由于当时国家危机四伏，嘉庆叮嘱魁伦对海盗采用剿抚并用的手段。盗贼首领纪培投诚之后，嘉庆决定“以盗制盗”，利用纪培缉拿海盗。海盗熟悉海盗，嘉庆用海盗来制服海盗，在当时的情况下是成本最低的一种选择，国家内忧太重，分不出太多的力量对付海盗。尽管如此，在治理海患方面嘉庆还是严格要求的。
嘉庆的老师、两广总督朱圭曾经抓获了一个海盗头目何玉理，发现此人在乾隆五十八年（1793年）就在海上打劫。这本来是应该奖励的，但是嘉庆却降旨责备朱圭，说这个海盗猖獗这么长时间直到现在才抓住，充分说明各级官员办事不力，要求刑部对朱圭严加议处。
朱圭是嘉庆非常尊敬的一个老师，嘉庆应当不至于吃饱了没事去为难自己的老师。当然，很有可能是和谇∶媲八盗耸裁矗吻觳坏貌蛔龀鲆恢肿颂Ｓ纱艘沧阋运得骷吻於院５烈皇碌闹厥印�
当时的海盗不仅打劫中国的商船，远洋来华的外国商船也未能幸免。
嘉庆元年（1796年）九月，两广总督吉庆发现了一个英国商人，根据这个英国商人的说法，他乘坐的商船在两个月前被劫持，船中共有十人，其中六人被害，三人被劫走，他侥幸抱着木板漂流逃走。类似的事件经常在中国近海附近发生，以至于英国政府几次提出派遣军队协助清政府征剿海盗。嘉庆当然不能接受这个建议，清政府的主权意识是相当强的，决不允许外国舰船开进中国海域。
不过，英国提出这个问题，足以说明当时海盗情况之严重。海盗的活动，严重地损害了中国的海上贸易。
对于安南阮氏幕后支持海盗的行为，嘉庆当然是非常反感的，不过嘉庆不便公开谴责安南，甚至让下面的人不要张扬。这是从大局来考虑，国内局势很不稳定，不宜跟安南结仇。
嘉庆二年（1797年）正月，两广总督吉庆又上奏发现安南的海盗，请示要不要照会安南国王。虽然已经掌握了一定的证据，但谨小慎微的嘉庆还是主张不声张，他认为不能轻易挑起国家之间的矛盾。
嘉庆五年（1800年）六月，发生了一件特别的好事，这件好事用瞎猫碰死耗子来形容一点都不过分。安南有三十艘海盗船，纠合中国水澳帮、凤尾帮海盗船六七十只，在浙江沿海汇集，准备进逼台州。恰好当时海上雷电交加，风雨大作，海盗船只覆没殆尽。一些抱着浮木，或者泅水上岸的海盗都被定海镇总兵李长庚俘虏。在这些俘虏中，有安南的四个总兵，这足以证明安南政府跟此事脱离不了关系。
这四个总兵被处以极刑，嘉庆把他们的官印归还安南国王——这一招非常厉害，看你脸往哪儿搁，看你如何解释这事。当时安南内战一触即发，安南新旧势力争权夺利呈白热化。新阮代表阮光缵为了讨好清廷，抓住六十多名海盗送往广东，这些海盗可能都是旧阮操控的，阮光缵做出这种姿态，丝毫不能改变他是海盗幕后头头的事实。
但阮光缵讨好清廷的自作聪明的做法，引来了一系列灾难性的后果。许多海盗因此不再相信他，纷纷投降清政府，表示愿意配合清廷消灭海盗。
嘉庆七年（1802年）八月，阮福映打败了阮光缵，为了得到清廷的支持和册正，阮福映抓住海盗首领莫观扶等三人，送到广东正法。经过审讯得知，莫观扶等人本系内地盗犯，后来投靠了阮光缵，阮光缵封他们为总兵，让他们从事海上盗窃。
阮光缵政权覆灭后，海盗问题终于告一段落。新任的阮福映政权在嘉庆的软硬兼施之下，不敢再肆意妄为。
两个海上黑社会老大
嘉庆八年（1803年）以后，海盗行业发生了一些变化，这一时期海上主要首领是蔡牵和朱。
蔡牵和朱都是海盗行业的元老级人物，在此之前，他们是货真价实的海盗，海上打劫，勒索绑票，无所不为。
蔡牵的势力庞大到什么地步呢？他已经取代了清廷水师维护海上秩序，海上商船但凡购买了蔡牵颁发的执照，就能平安无虞地到达目的地。这是官府之外另一种维护秩序的暴力，暴力集团的最终目的总是获利。
蔡牵出洋的历史非常早，乾隆五十九年（1794年）就在海上活动。嘉庆也很早注意到此人，在嘉庆三年（1798年）八月，他在上谕中点了蔡牵的名，把蔡牵当成江洋大盗中头号通缉人物。蔡牵和朱都是当时海盗集团的头目。蔡牵有百来艘舰艇，朱也有几十艘，舰艇中配备有新式西洋大炮，这些装备比当时清廷的水师还先进。
蔡牵和朱通过垄断海上秩序大发洋财，成为巨富后，他们有了新的目标——将巨资投入到反清活动中。这个转变对嘉庆来说是非常严重的一件事，以前他认为这些人不过是求财，现在才发现这些人根本目的还是推翻清王朝，这些海盗的犯罪活动也由“盗”变成“逆”。
蔡牵和朱不约而同地选择了跟内地反清会党联合，并在台湾和沿海一带攻城略地。嘉庆对此非常担心，让吉庆等人一定要尽最大努力切断海盗与内地反清会党的联系。
嘉庆七年（1802年）五月，蔡牵率领部队袭击了厦门附近的大担山和二担山炮楼，捣毁炮楼，抢走大炮。这是蔡牵第一次向清军主动出击，这次出击的目的不是攻城略地，仅仅是抢夺大炮，但也暴露出了清廷海防的废弛。事情发生后，照例是上面对下面一通责备，要求下面要加强训练、搜捕盗贼，等等。
嘉庆八年（1803年）正月，蔡牵又进攻香普沱山。水师提督李长庚匆匆赶来御敌，蔡牵兵力不足，败走而去。李长庚一路追到福建省三沙洋面，将蔡牵围住。蔡牵眼看就要全军覆没，突然灵机一动，利用闽浙总督玉德贪功的弱点，向玉德诈降，请求玉德不要让浙江水师把自己赶尽杀绝。玉德居然相信了他的话，让浙江水师回港。
然而，当玉德派人前去招降蔡牵时，蔡牵早已逃之夭夭。玉德被耍后，后悔莫及。
蔡牵死里逃生，不敢再心存侥幸，立即耗费巨资打造更先进、更高大、火力更勐的战舰，他打造的巨艇甚至比清廷最大的舰艇还大。总之，这一阶段，蔡牵以加强自己的海上力量为主要任务。
遭受巨大挫折后，蔡牵也意识到盟友的重要性，这次失败也促成了蔡牵和朱的结盟。蔡、朱联合后的第二年六月，首次袭击了清军。其时，温州总兵胡振声率领二十四艘运输船，装载木料送往福建造船。蔡牵和朱袭击胡振声后，玉德让胡振声全力迎敌，打贼众一个落花流水。可惜，福建水师却不支持，不知是不是被蔡牵收买了。
胡振声孤军作战，在蔡牵刚勐的火力之下，船只全部被击沉，八十一名清军包括胡振声本人全部光荣牺牲。
胜利之后，蔡牵和朱又领着水军进攻浙江水师。李长庚带领水师主动迎敌，对面是蔡、朱庞大的舰队，一百一十艘舰艇一字排开，整装待发。面对黑洞洞的炮口，李长庚并没有畏惧，亲自指挥作战。李长庚的战术是将敌舰一分为二，自己带队亲自攻击蔡牵的部队，部将则围攻朱的舰队。
最后，李长庚终于击败了蔡牵和朱。这两人败退后，产生了矛盾，蔡牵责怪朱指挥不力，朱很不服气，带着自己的队伍离开，蔡、朱首次同盟宣告破裂。
李长庚不愧是清廷水师一个出色的将领，嘉庆九年（1804年）冬，李长庚又在甲子洋击败了朱；嘉庆十年（1805年）夏，在青龙港大败蔡牵。
经过这些打击，蔡牵并没有一蹶不振。嘉庆十年（1805年）十一月，他倾巢出动，在台湾登陆，发动了起事以来规模最大的一次战争。也就是在这次进攻中，蔡牵打出了“镇海王”的旗号，换句话说，他不再满足于做一个打家劫舍的盗贼，想当王了。在台湾登陆后，蔡牵立即联络天地会等一些反清的会党，由此形成里应外合的局面，清军防不胜防。
攻克洲仔尾后，蔡牵全歼陈廷梅的部队。随后又攻入凤山，击毙清军千总苏明荣。此时，蔡牵可以说与清廷彻底决裂了，不是你死就是我亡，绝对没有第三种选择。敢造反的人首先要具备的条件是不怕死，其次要有相当的领导能力，还要有非凡的胆识和谋略，否则的话，造反就是活腻了。
蔡牵多少有些胆识，考虑到现在对自己威胁最大的是清军从内陆调来的援兵，所以他命人火速砸沉港口附近的清军大船。一切安排妥当后，蔡牵带着万余人围攻台湾府外围屏障安平镇和嘉义城，这两城的清军选择死守，等待大陆方面的援兵。嘉庆