库利所持）、《讫瑟刹夜摩利经》（为鸟底衍那的游戏金刚所持，他似乎也属于这一批法师们的同时期人）、《合十经》（或“四修女合十经”）、《顶严经》（或“大密印顶严经”，九世纪初，这两部经为讫瑟吒沙利耶或讫瑟吒般提多所获得，两个或更多这个名字的作家的第一个）、《瑜伽女修行无碍经》（卢夷波陀所持，十一世纪）、《金刚殒灭经》（深妙金刚所持，十一世纪初）、《时轮经》（庇多所获，公元1040年左右）（注：详见［英］渥德尔著《印度佛教史》454—455页）。其中值得特别指出的是《时轮经》，这部经典是继《大日经》和《金刚顶经》之后产生的密教重要经典。从藏传佛教的角度讲，《时轮经》比前两部经典更加重要。从时间上看，《时轮经》正如上述迟至1040年才获得或问世，所以在印度流行的时间比较短，对此经的注疏也相对较少，据史料记载，只有四家对《时轮经》作过注疏，即妙吉称、陀利伽和护无畏，以及无名氏的《无垢光注》。后来阿底峡尊者入藏，他在西藏宣讲《时轮经》，使《时轮经》最终在西藏得以流传，并发扬光大，做出了一定的贡献。
从内容结构看，《时轮经》属于阿提瑜伽体系，是一部包括无上瑜伽在内的密教最高大法。据考证，《时轮经》很可能是阿提瑜伽现存唯一的重要著作，经中提出的部分禅定制度类似于瑜伽女体系，因为其修习者在他的身体里面看到全宇宙，有一个增添的特点，时间相等地以呼吸过程的形式潜藏在身体里面，对如此理解的时间的禅定思维产生了这个新法门的名物——时轮乘。《时轮经》比其它密教经典更加强调神经系统作为瑜伽基础的理论，虽然这也在《大悲空智金刚王经》、《宝箧经》中和它处出现过大体轮廓。没有身体，成就最高幸福是不可能的，这一陈述是以身体的成就为基础，与《大悲空智金刚王经》是相类似的。现在的目的是与无所不包的佛陀的时轮相结合。这里也强调无差别性，但这完全不是新的。不过有些新的着重点，尤其与禅定对比的瑜伽（此指身体锻炼），将时间和空间的宇宙带进统一的体系（注：详见［英］渥德尔著《印度佛教史》466—470页）。这里主要说明了《时轮经》与其它密教经典之间的相似处和不同点，从而强调了《时轮经》的突出特点。
对于《时轮经》，已故著名佛学家吕澄先生也曾作过研究，他指出：“密教发展到最后，还有所谓‘时轮乘’。他们特别崇拜的是本初佛，认为释迦牟尼之上还有最初的佛，是那个最初佛发生一切的。同时，他们还对人的生理作了很多研究，提倡用瑜伽的方法来控制身体内部的所谓‘有生命的风’（相对外部自然界的风说的），就可以使人的生命不受时间流转的影响，而得长寿，以致于脱胎换骨，变人身为佛身。”（注：吕澄著《印度佛学源流》252—253页）。实际上，《时轮经》是一部详述密教独特的修行仪轨的既神秘又复杂的甚深秘奥经典，有待专门深入地研究。
根据藏传佛教的传承，密教可分为四部：事部、行部、瑜伽部、无上瑜伽部。现列表如下：
以上列表不一定十分准确。只是为了弄清楚各种分类法的相互关系，以便有利于掌握密教这个庞然大物的真实概貌。
另外，密教最重视法统的师承，传受密法，必须有金刚上师（秘密阿阖梨）的灌顶。修持密法的仪轨，还须请金刚上师的加持。因为金刚上师是师师相承的大日如来的代表，也必须是修法有了成就的瑜伽行者。密教是心法，不同显教可借语文而领受，密教必须师弟秘密授受。这一观念在婆罗门教的梵书至奥义书时代，已很风行。在密教仪轨中，将许多印度教的神，吸收到曼陀罗中，并依据自己的信仰特色，对包括佛、菩萨在内的诸神形象作了严格规定。这样，诸神形象包括其姿态面相等等，虽呈现各种各样、千姿百态的外貌，但实质不变。总之，“密教很重视修行实践，仪轨复杂、繁琐、对设坛、供养、诵咒、灌顶（入教法仪式）等皆有严格规定，由阿阖梨（导师）秘密传授。他们认为：众生如果依法修‘三密加持’，即手结印契（特定的手势）、口诵真言（咒语）、心观佛尊，就能使身、口、意‘三业’清净，与佛的身、口、意相应，即身成佛。”（注：《东方佛教文化》50页，罗照辉、江亦丽著，山西人民出版社1986年版）。所以，对广大信教群众来说，密教具有很强的吸引力。
然而，到了十一二世纪，印度波罗王朝末期及斯那王朝时代，伊斯兰教军队更加深入，佛教的最后据点之东印一隅，也被一扫而光。于是，密教的大师们四处逃脱，其中许多经克什米尔进入西藏避难，部分则逃至尼泊尔一带。当时，那烂陀寺也仅剩七十余人，不久，王室又改信伊斯兰教，未能逃出的佛教徒，只好改信伊斯兰教或并入印度教。公元十三世纪初，伊斯兰教军队把印度仅存的超戒寺烧毁，以此为标志，印度密教乃至整个佛教在印度本上便宣告绝迹。
二、密宗的特色
除了大乘和小乘两大派别外，佛教在其内部又有显、密之分。至于显、密两宗（教）的主要区别，按照古代学者的一般说法，显教是释迦牟尼所说的种种经典；密教是毗卢遮那（大日）佛（即法身佛）直接所传的秘奥大法。显教主张公开宣道弘法，教人修身近佛；密教重视传承、真言、密咒，以求即身成佛。显教要人悟道，密教要人修持。显教典籍，主要是经、律、戒、论；密教除此以外，在修持方面主张三密（详后），更有颂、赞、法、咒、仪轨、瑜伽、契印等等。显教有行、住、坐、卧四种威仪；密教除此以外，尚需“观想”。对此，有学问的喇嘛又有自己的看法。他们认为，显教是一种弃世之道，可以求得智慧，知晓现象世界的不善和无常，以努力提升自己。密教，不管是否起源于原始状况，在理论上则较显教为进步。因为密教将凡是已有的东西都视为固然，并积极加以利用，以求得理论认识和灵性发展。所以说提升的过程，不再是物质身体的放弃，而是利用物质身体。
由于理论观点上出现分歧，密教信徒嘲笑显教的唯心论者，说放弃物质身体等于追求影子，放弃造成影子的东西，不承认那个东西，一旦物体与心灵的矛盾被承认，便永远纠缠不清。不管是物质还是心灵，有一方特别重要，就会纠缠不清，假如以任何一方作为出发点，都视为“固然”，视为“本性”，则可对于任何事物没有偏见，没有误解，一视同仁。当一个人没有偏见、没有误解的时候，他就是“自由”本身，这就是解脱或得救或永存的意义。密教经典里有这样一段话：“好信徒，基本上任何是就是是。本性，包括你自己，本来不是纠缠的，为什么要避免纠缠呢？本来不被诱惑的，为什么要避开它寻求真理呢？”对此又作了更进一步的说明：“行为而没有了解，是盲目的，了解而没有实践，是浅薄的。当二者为一，便有自我控制。”这个自我控制，自然不是抑制，而是自由，是正确努力或思想与行为现实的结果，任何懒人都不能享受它。
用正确的理解和实践，求得对于事物的适应，以获得控制，一般叫作科学态度。不过，我们认识到，社会并不能被诅咒它的人改变。发展真理的人，要提高真理的人，必须认识真理本身的价值，参加现实活动，而不与它隔离，更不该徒然指手划脚。在这一方面，密教则处于正视现实，而有意识地求得升华，而一般的显教则与传统的道德一样，以控制而告终。
以上所述，仅仅作为显、密两教的区别及其意义的一般性简单介绍，因为显、密两教关系到佛教的整个理论体系以及仪轨、实践、修炼等一连串复杂问题。
印度古代哲学顺世论曾提出过“四大说”，即把地、水、火、风四大物质元素作为万物的本原，密教吸收了这一学说，在地、水、火、风四大上，又加进去“空”和“识”，形成“六大元素”。密教实际上是把物质元素和精神元素作为世界本原，成为心物平行的二元论。认为宇宙的本体和森罗万象的现象界是合二为一的，二者相互联系，缺一不可。宇宙的本体和现象都是由“六大元素”（地、水、火、风、空、识）所构成。佛和众生也是由“六大元素”构成。前“五大”为色法，属于“胎藏界”（理、因），后“一大”“识”为“心法”，属于“金刚界”（智、果），色心不二，胎金为一。二者统摄宇宙万有，又存在于众生心中，佛与众生体性相同。密教又把“六大元素”分为“随缘六大”（随缘而起的六大）和“法尔六大”（固有的六大）。“法尔六大”是一种本体的绝对实在，有相应的属性和作用。地性坚，有保护万物的作用；水性湿，有摄受万物的作用；火性暖，有促使万物成熟的作用；风性动，有长养万物的作用；空性无碍，有不起障碍的作用；识性了别，有决断或判断的作用。这些就是宇宙万有的本性和根本作用。
“随缘六大”是假托于“法尔六大”而存在的一种相对的现象界，是随因果条件而显现出来的。“法尔六大”与“随缘六大”是能生和所生的关系，就像月亮和月光的关系，离开了“法尔六大”就没有“随缘六大”，若离开了“随缘六大”，也同样没有“法尔六大”了。
密教又认为，“六大法体”也是“六大法身”（即佛的真身）。“六大法身”可以变现宇宙万物，宇宙万物无一不是“六大法身”的各别显现。地、水、火、风、空、识“六大”构成的万物都是诸佛菩萨的化身，有着诸佛菩萨的灵性。这样，密教又从心物平行的二元论走向万物有灵论。
密教的别名中有“真言乘”这一称谓，这是因为密教崇尚真言而得其名。“真言”是指现在所谓的“咒语”，也可称为“明咒”，属于“三密”中的“口密”或“语密”。它在密教中占有极其重要的地位，因而也成为密教的最大特点之一。“真言”或“咒语”，最初出现于印度的《梵书》和《夜柔吠陀》，后来被佛教密宗加以利用，并发挥巨大作用。按照佛教密宗的说法，密教中的咒语有五种来源，即如来说、菩萨说、二乘说、诸天说和鬼神说。实际上，许多咒语是毫无意义的文句，然而一向尊重音声的印度人，好像认识到了声音在物质世界中具有的不可思议的力量，反而把咒语进行神圣化，并赋予特异功能，人们念诵咒语，不但能根除人间的一切灾难，而且更能齐送幸福，并发挥极大的威力。密教还认为咒语是圣音，其意思是咒语系父音与母音之结合而形成的神圣之声音，在密教仪轨中可象征阴阳两性。这是因为真言乘继承古印度思想，把小宇宙（指人体）视同大宇宙（指自然界），而相信大宇宙必能显现于小宇宙。尤其是宇宙以及天地间的万事万物的产生、创造等等，都离不开阴阳两性，而阴阳两性可在人的特别在瑜伽行者之肉体上反映。在现实世界，般若智慧是阴性，大悲方便则为阳性；同时，此二性必在瑜伽行女和瑜伽行男的对立中实现。所以，人类的最终解脱不能离开现实社会，必须在现实社会的欲望中实践、觉悟，方能成就到达彼岸世界，实现人类的远大理想。
上述真言乘的学说，也称怛特罗思想。它大约始自七世纪内，其著名代表人物为因陀罗菩提，传说他著有《密集》一书。由于怛特罗思想形成于印度的边疆地带，即位于东西交通要道的迦湿弥罗，所以其思想的形成受到外来文化的巨大影响。
除了上述特色之外，密教还具有许多与众不同的理论学说及其修持仪轨，下面就择其中经常出现的几种概念性的特色作简要介绍。
A、象征阳刚之气的金刚
“金刚”系密教术语，梵音为跋折罗（Vajra），意译金刚，即金中最精最坚之金刚石。《三藏法教》五说：“金刚者，金中最刚。故云金刚。”以金刚所造之作，名为金刚，或曰金刚杵，早先是古代印度的一种兵器，后来演变成为密教的一种法器。《大日经》一说：“一切持金刚者，皆悉集会。”即金刚杵之略名也。《大日经疏》一说：“梵云伐折罗陀罗。伐折罗陀罗即是金刚杵，陀罗是执持义。故曰译云执金刚。又为天神名，持金刚杵之力士，谓之金刚，执金刚之略名。”《行宗记》二上说：“金刚者，即侍从力士，手持金刚杵，因以为名。”金刚又表示法力坚不可摧。金刚杵在密宗中又为男根的象征（注：参见《佛教密宗百问》李冀诚等著，中国建设出版社1980年版）。
金刚在密教金刚乘里指表不坏义。认为这是超越大乘